Основные части патриотов шли по главной дороге, оттесняя испанскую артиллерию и великолепный батальон «Валенсия». Батальон «Валенсия» отступал не беспорядочно, но с большим достоинством. Патриоты зажали его с трех сторон. «Валенсия» вынуждена была бросить свои пушки, но отходила в правильном порядке, соблюдая дисциплину. В этом бою был убит Седеньо. Батальон предложил его место Ла-Торре и его штабу. Под проливным дождем он отступил в Пуэрто-Кабельо. Во время этого отступления патриоты не раз нападали на них. В битве при Карабобо испанцы лишились почти половины армии — это были убитые, раненые и захваченные в плен.

Боливар отправил Паэса преследовать отступавших к побережью испанцев. Сам же 28 июня вошел в Каракас. Прошло семь долгих лет с тех пор, как он покинул его. В Пуэрто-Кабельо Боливар и Ла-Торре обменялись дружескими посланиями. Такое джентльменство в поведении противников проявилось впервые за все время этой войны. Освободитель гарантировал безопасность беженцам, отступающим в Ла-Гуайру. Он запретил проводить какие-либо репрессии в отношении побежденных. Разыскав Франсиско Итурбиде, своего бывшего покровителя, который очень бедствовал, Боливар восстановил его в правах собственности.

После этого Освободитель удалился в свое поместье в Сан-Матео. Там осталось всего трое из более чем тысячи рабов. Боливар освободил их. На развалинах своей асьенды он размышлял о грядущих опасностях. Среди его подчиненных нарастали серьезные противоречия. Боливар говорил об «ужасном хаосе: патриоты, эгоцентристы, спекулянты, белые, черные, федералисты, центристы, республиканцы, хорошие и плохие аристократы — невероятное множество иерархий, подразделенных на различные группы». Теперь, когда общий враг — Испания — был свергнут, Боливар больше всего боялся распада государства на отдельные провинции, гражданской войны и анархии. Он попытался организовать управление страной: Паэс контролировал центральный регион, Бермудес — восточный, а Мариньо — западный. В отчаянии Боливар писал:

В Кукуте собрался конгресс, который должен был принять конституцию нового государства Великая Колумбия (Новая Гранада, объединенная с Венесуэлой). Конгресс проигнорировал многие рекомендации Боливара. Его не устраивало то, что конституция, которую утвердил конгресс, «имела слишком много поправок и… в некоторых местах не выдерживала никакой критики». Но хуже всего было то, что Освободитель начал ссориться с Сантандером, который был его проконсулом в Санта-Фе-де-Боготе.

За десятилетие войны Венесуэла была совершенно обескровлена. В стране не имелось денег. Следующим этапом освободительной миссии Боливара было выдворение испанцев из их последней в Южной Америке и самой укрепленной цитадели — вице-королевства Перу. Разоренной Венесуэле это было не под силу. Только процветающая и ныне мирная Новая Гранада могла справиться с этой задачей.

Сантандер не хотел участвовать в войне за освобождение другой страны. Этой же позиции придерживалось большинство его сограждан. Они гораздо больше были озабочены поддержанием мира и процветанием своей страны. Сантандер — искусный политик, он обладал правовым мышлением, был расчетлив и практичен. Боливар писал ему: «Мы прекрасно дополняем друг друга. Ты хорошо делаешь расчеты, я строю планы. Простой человек сказал бы, что ты практичнее меня, но это ошибка. Настоящее уже позади. Будущее — вот что действительно принадлежит человеку, потому что он живет в мире иллюзий и несбыточных желаний».

Это было проницательное замечание, но отношения Боливара с Сантандером ухудшались. Боливар попросил у него четыре или пять тысяч солдат. С их помощью, говорил Боливар, Сантандер отнимет у Перу «двух сестер для Бойаки и Карабобо». Сантандер считал себя единственным правителем Новой Гранады, а Боливара — лишь удобным временным союзником. Он сохранял внешние приличия, но внутри у него все кипело.

Тем временем Бермудес выбил последних испанцев из Куманы, что на востоке Венесуэлы. Монтилья после четырнадцати месяцев осады наконец-то взял Картахену.

Ла-Торре уплыл в Кадис, оставив Моралеса, заклятого врага Боливара, контролировать последнюю цитадель испанцев — Пуэрто-Кабельо. В городе Панама произошел революционный переворот, свергнувший власть испанцев. Жители Панамы высказали желание присоединиться к Колумбии. Теперь Боливар контролировал территорию, равную двум третям Западной Европы. Однако независимость Великой Колумбии стоила жизни двумстам пятидесяти тысячам человек.

Пришло время готовить поход на округ Кито и вице-королевство Перу. Боливар уже послал Сукре и батальон Альбиона в горы на юге Новой Гранады. Сражаясь, они спустились по главному горному хребту на юг — к городу Попаян. У них были отважные и опытные командиры. Перу — одна из красивейших стран мира, но территория ее труднодоступна — высокие горы сменялись очень глубокими ущельями. Боливар приказал Сукре идти морем до Гуаякиля, который находился на два градуса южнее экватора. Гуаякиль — исторический порт древней империи инков. Теперь это был порт округа Кито. Начав свой путь в порту Буэнавентура, Сукре без боя высадился в Гуаякиле.

Ему нелегко пришлось в этом городке, служившем прибежищем для контрабандистов и пиратов. Многочисленные трущобы, построенные на высоких сваях, тянулись над заболоченными морскими топями. Единственным продуктом экспорта было какао. Сукре начал переговоры со старейшинами города. Они проходили очень напряженно. Старейшины, по всей вероятности, были готовы присоединиться к любому из командиров патриотов: не важно, будет ли это Боливар с севера или генерал Сан-Мартин с юга. Важнее другое — кто больше заплатит.

Неожиданно на кораблях Сукре вспыхнул мятеж. Группа солдат захватила шесть кораблей и, заявив о своей верности королю Испании, покинула Гуаякиль. Сукре с солдатами батальона Альбиона начал преследовать мятежников. Они были схвачены и возвращены в город. Сукре продолжил переговоры с городским советом. Но однажды он и тысяча его солдат обнаружили, что находятся в осаде.

В течение августа — ноября 1821 года Сукре совершил ряд неудачных попыток отстоять город, но затем был вынужден подписать трехмесячное перемирие с испанским командиром Аймеричем. За время перемирия Сукре получил подкрепление. Сан-Мартин направил с юга несколько сотен перуанцев под командованием генерала Санта-Круса. Теперь у него было достаточно сил, чтобы выйти из города и пойти на Кито, который был расположен в горной местности. У местечка Пинчинча (теперь — Рио-Бамба) Сукре разбил малочисленную испанскую армию. Аймерич отступил к Кито. Батальон Альбиона двинулся в лобовую атаку на испанцев. Армия роялистов была рассеяна, три испанских батальона уничтожены. Оставшиеся в живых отступили в Кито. Там 24 мая 1822 года они были взяты в окружение. Сукре захватил в плен две тысячи солдат, а также оружие — тысячу семьсот мушкетов, четырнадцать пушек, большое количество снаряжения и припасов.