Других мятежей в присутствии Магеллана на протяжении всей остальной части этой очень длительной и невероятно трудной экспедиции больше не возникало. Генерал-капитан проявил себя жестким, но справедливым руководителем и пользовался заслуженным авторитетом прежде всего у рядового состава как за эти качества, так и за его высочайшие знания навигации. Именно эти люди составляли ту основную опору, которая помогала ему бороться с мятежными капитанами его флотилии. Зная, что экипажи нельзя оставлять без дела, чтобы избежать их разложения в праздности на берегу, он все время занимал их ведением охоты и рыбной ловли, приготовлением одежды и продуктов из шкур и мяса местных животных, починкой корпусов судов и ремонтом их оснастки или разного рода полезными для всех другими делами.

Во время этой длительной стоянки в Сан-Хулиане Магеллан дал разрешение неутомимому и инициативному капитану Серрану в ответ на его просьбу отправиться на поиски провианта на юг и одновременно провести обследование побережья в поисках пролива на каравелле «Сантьяго». В ходе этой экспедиции 3 мая 1520 года во время неожиданно поднявшегося шторма «Сантьяго», стоявший на рейде недалеко от южного берега реки, названной Магелланом потом Санта-Крус, потерял якоря из-за порвавшихся от сильного ветра кабелей и был вынесен на прибрежную песчаную косу. Но через несколько дней потоки воды вынесли его снова в море, но он опять попал на мель, и на этот раз освободить его оказалось невозможно. Однако его груз несколько позже спасти все-таки удалось. После первой аварии два члена экипажа вызвались отправиться в Сан-Хулиан за помощью. Им пришлось использовать часть досок каравеллы для строительства лодки, без которой они не могли пересечь находившуюся на их пути реку, а затем по заснеженной пампе в течение 11 труднейших дней преодолевать пешком свыше 60 миль почти без еды и без какого-либо укрытия. Магеллан немедленно направил потерпевшим помощь, и после целого месяца страданий все люди были благополучно спасены. После этого инцидента в экспедиции осталось уже четыре судна.

В сентябре, когда приближалась местная весна, глава экспедиции принимает решение покинуть унылый Сан-Хулиан и дождаться потепления в районе реки Санта-Крус, куда его каравеллы прибыли 14 числа. После некоторого времени пребывания в этом новом месте ряд офицеров поставили перед Магелланом вопрос о прекращении поисков пролива и изменении маршрута к Островам Пряностей вокруг мыса Доброй Надежды. Генерал-капитан решительно отклонил это предложение, но пообещал вернуться к нему, если поиски дальше на юге континента пролива не обнаружат. Такой ответ не понравился ряду офицеров, а один из них — лоцман на «Сан-Антонио» Эстебан Гомес — пытался организовать новый мятеж, но не получил нужной поддержки у своих коллег. Погода постепенно теплела, и 17 октября Магеллан вывел свои четыре каравеллы из устья реки Санта-Крус, взяв курс вдоль побережья к новым южным широтам.

Как сообщает нам Пигафегга, «в день Одиннадцати тысяч девственниц (21 октября) при приближении к 52 градусу южной широты они обнаружили пролив в 110 лиг, или 440 миль, длиной. И поскольку они сочли это за великое чудо, они назвали его (начало) мысом Одиннадцати Тысяч Девственниц. Он составляет около половины лиги в ширину и ведет в другое море... Если бы не генерал-капитан, они бы не смогли найти этот пролив, так как полагали, что он скрыт. Однако капитан знал, что ему нужно будет проплыть через очень скрытый пролив. Вот почему они нашли его с великой трудностью». Действительно, искомый пролив тщательно скрыт природой от глаз человека окружающими его скалами, а водные подступы к нему огорожены множеством разбросанных каменных глыб и опасных отмелей, которые вместе с сильными течениями приливов и отливов отпугивают мореходов от приближения к этому разрыву в прибрежной линии континента

Упоминаемая Пигафеттой карта с изображением искомого пролива Мартина Богемского из Нюренберга, которую Магеллан видел в архиве короля Португалии, вызывала немало дискуссий у исследователей этого знаменитого плавания. Их общее мнение сходится на том, что, скорее всего, этот итальянский участник экспедиции ошибся относительно авторства упомянутого документа, так как приводимый им картограф на его известных картах такого пролива не изображал, а изобразил его и при этом очень отчетливо нюренбергский коллега Мартина Иоганнес Шонер на своем глобусе 1515 года. На этом же глобусе Шонер ошибочно представил океан между Америкой и Азией в невероятно сокращенном виде, поместив, в частности, Японию и Острова Пряностей совсем недалеко от западного побережья нового континента. По всей вероятности, именно этот глобус послужил главным ориентиром в определении маршрута Магеллана, где огромнейшие пространства открытого им Тихого океана выглядели уже, чем воды между Европой и Америкой, что не могло не воодушевить этого мореплавателя, который рассчитывал после пролива на расстояние не большее, чем переход через Атлантику.

Теперь, когда четыре каравеллы Магеллана обнаружили разрыв в линии материка, он решил обследовать его, чтобы убедиться, что он был действительно началом пролива. Обойдя с большой осторожностью водные скалы и мели с юга мыса Девственниц, генерал-капитан обнаружил там небольшой залив Посесьон, где решил оставить на стоянку флагман «Тринидад» и «Викторию», отправив своего друга Серрану, переведенного теперь капитаном на «Консепсьон», и своего двоюродного брата Мескиту во главе «Сан-Антонио» вперед для проведения обследований незнакомых вод и берегов. Но в ночь с 21 на 22 октября мощным порывом невероятной силы поднялся северо-восточный ветер, который буквально крутил на якорях оставшиеся на стоянке парусники, в то время как каравеллы, вошедшие в пролив, неудержимым шквалом понесло между довольно узкими скалами на запад. Казалось, что эти последние могут разбиться о каменные берега в любую минуту, но на их пути пролив вдруг неожиданно расширился до двух миль и дал им возможность найти там небольшое укрытие и переждать бурю на якорях. Пройдя это первое расширение, они проследовали дальше по сузившемуся снова каналу и оказались во втором, еще большем его расширении, а затем перед ними возникла крупная бухта.

Здесь Серрану и его лоцман Карвальу посоветовались друг с другом и пришли к заключению, что они действительно находились в проливе. Этот вывод поддержали и на «Сан-Антонио», после чего оба парусника поспешили доложить об этом потрясающем открытии Магеллану, хотя опасались, что оставшиеся на рейде каравеллы погибли в пронесшемся могучем шторме. Такие же опасения переживали и на борту флагмана и «Виктории». Но теперь, когда возвращавшиеся суда увидели, что их два собрата дожидаются их возвращения, они, подняв флаги, объявляющие огромный успешный результат похода, разразились пушечными выстрелами, мощными победоносными звуками труб, салютующей стрельбой и неудержимыми криками радостной новости. Это огромной важности событие произошло 1 ноября 1520 года в день Всех Святых, что и побудило Магеллана назвать пролив Всесвятским, но история оставила за ним имя его великого первооткрывателя.

После торжественного проведения хвалебного молебна в благодарность Всевышнему и Деве Марии воодушевленные историческим открытием мореплаватели устремились в скалистые каньоны пролива. В канале между двумя расширениями пролива Магеллан послал с «Тринидада» лодку на берег — это был первый выход европейцев на южной оконечности американского континента. В этом месте высадившиеся обнаружили труп погибшего кита и кладбище местных обитателей, где около двухсот умерших покоились на поднятых сваях, но живых людей они нигде не встретили. Обилие высоких скал со всех сторон пролива и целый ряд гористых островов порой создавали впечатление, что этот водный проход ведет в тупик, но затем появлялись его новые, иногда многочисленные ответвления, уходившие в разные, а то и в противоположные направления. В одном из таких мест к югу от сегодняшнего мыса Пунта-Аренас Магеллан снова разделил экспедицию, направив «Сан-Антонио» и «Консепсьон» в два очень широких рукава, один из которых уходил на восток, а другой — на юго-восток. Сам же он вместе с «Викторией» продолжил путь по руслу, шедшему на юг. Рукава оказались тупиками, а южный канал вывел Магеллана к множеству островов и водных лабиринтов, где было трудно ориентироваться.