Бесплодные к этому времени поиски пролива и недавно введенное главой экспедиции сокращение рациона продуктов стали вызывать определенное роптание среди некоторых членов экипажей, подогревавшееся его недругами из числа офицерского состава. Желая предотвратить разрастание недовольства, накануне прибытия в Сан-Хулиан Магеллан собрал на флагмане представительные группы всех каравелл, чтобы выслушать их мнения о складывавшемся положении. Собравшиеся призывали капитана восстановить рацион, прекратить бесполезные поиски несуществующего, по их суждению, пролива и вернуться в Испанию, чтобы избежать голодной и холодной смерти. Магеллан ответил им, что он скорее был готов расстаться с жизнью, нежели нарушить приказ короля о нахождении пролива. Он заверил их, что на судах еще оставалось достаточно хлеба и вина, а остальное они могли найти в достатке прямо на месте, что залив существует и будет непременно найден, что он приведет их к великолепным тропическим островам, которые сделают их всех богатыми и счастливыми, но что до этого им необходимо проявить достойное кастильцев мужество и терпение. Рядовые члены экипажей поверили заверениям главы экспедиции и вернулись к своим обычным делам, но офицеры остались при своем мнении.

На следующий день выпало Вербное Воскресенье, и по этому случаю Магеллан пригласил офицеров на службу, которая должна была состояться на берегу, а затем в его каюту на праздничный обед. Однако это приглашение было принято только родственником главы экспедиции Альваро Мескитои, что было зловещим предзнаменованием мятежных действий со стороны остальных приглашенных. Ночью того же дня Кесада и Мендоса взяли под свой полный контроль каравеллы «Консепсьон» и «Виктория», на которых они были капитанами, а лишенный своего поста на «Сан-Антонио» Картахена серьезно ранил кинжалом распорядителя этого парусника и вслед за этим посадил в кандалы нерасторопного Мескиту. Все три судна оказались в руках мятежников.

Наступило утро понедельника, и Кесада, собрав подписи двух других восставших капитанов под письмом с их требованиями, направил длинную лодку во главе с Кокой к флагману. В письме мятежники обвиняли Магеллана в нарушении королевских указаний заведением флотилии слишком далеко на юг, отказывались выполнять его приказы в качестве генерал-капитана экспедиции, признавали его лишь как старшего капитана в случае его согласия на немедленное возвращение в Испанию. Для Магеллана и его не столь многочисленных сторонников положение в эту лунную ночь складывалось чрезвычайно серьезно.

Проявляя удивительную выдержку, потрясающую находчивость и дерзкую смелость перед лицом крайней опасности, вместо того чтобы дать ответ на полученное требование, он организовал захват всех людей присланной лодки, переодел в их одежды своих сторонников, посадил их в нее и, привязав ее к длинному кабелю, стал дожидаться скорого прилива, который мог отнести лодку в нужный момент к восставшей «Виктории». Затем Магеллан отправил свою собственную лодку с группой вооруженных людей во главе с верным Эспиносой, который вез для Мендосы его приказ подчиниться и незамедлительно прибыть на флагман. В случае отказа выполнить приказ де Эспиноса должен был убить мятежного капитана. Узнав, что Магеллан написал ему свое личное письмо, как настаивал Эспиноса, для передачи в его собственные руки, Мендоса пригласил прибывшего и одного сопровождавшего его офицера к себе в каюту. Прочитав записку Магеллана, Мендоса скомкал ее, чтобы выбросить, и разразился презрительным хохотом в лицо Эспиносы. Эспиноса протянул вперед левую руку якобы взять отвергнутое письмо, но вместо этого резко схватил Мендосу за бороду и, отбросив назад его голову, нанес ему молниеносный смертельный удар кинжалом в горло. Офицер сопровождения в свою очередь ударил Мендосу еще раз ножом в голову.

Расправа с Мендосой произошла так быстро и тихо, что никто из членов экипажа ничего не заметил. Вслед за этим Эспиноса вышел на палубу и взмахом платка подал условленный сигнал своим переодетым людям во главе с Дуарте Барбозой, дожидавшимся его в лодке на привязи около флагмана. Удерживавший ее кабель с «Тринидада» был отпущен, и несомая волнами прилива лодка через несколько минут бесшумно пристала к борту «Виктории». Сидевшие в ней вооруженные люди быстро поднялись на борт каравеллы, а назначенный предварительно ее капитаном Барбоса отдал приказ немедленно поднять якоря и парус даже до того, как ее экипажу стало известно о гибели капитана Мендосы. Под легким ночным бризом «Виктория» направилась к выходу из бухты и встала в нем рядом с «Тринидадом» Магеллана, а вскоре к ним присоединился и остававшийся верным ему капитан Серрану на своем «Сантьяго».

Теперь на стороне генерал-капитана было уже три каравеллы, которые контролировали выход из бухты, где оставались запертыми «Консепсьон» под комадованием Кесады и «Сан-Антонио», захваченный у Мескиты Картахеной. Перепуганный неблагоприятной переменой положения Кесада решил вместе с «Сан-Антонио» под покровом темноты незаметно проскользнуть мимо трех стоявших на выходе из бухты каравелл и выйти в открытый океан. Но еще до того как Кесада отдал распоряжение приготовиться к отплытию, верный Магеллану моряк разрубил якорный кабель, и «Консепсьон» на волнах уже начавшегося отлива стала дрейфовать к выходу из бухты. Когда она поравнялась с флагманом, Магеллан, приготовившийся к этой встрече, приказал произвести по ее борту прямой пушечный удар, за которым на ее палубу посыпался целый дождь из стрел арбалетов и копий. Кесада в латах метался среди них по палубе своей каравеллы в отчаянии, но тщетно, призывая ее экипаж оказать сопротивление. Никто выручать его не решился и не захотел. Теперь Магеллан сам отправился со своими людьми в лодке на «Консепсьон», поднялся на нее и с обнаженным мечом заставил Кесаду сдать ему его парусник.

Кока и Кесада были быстро посажены на флагмане в кандалы, и дело оставалось за ликвидацией мятежа на «Сан-Антонио». Магеллан отправляет к нему лодку во главе с неутомимым Эспиносой, который по установленному порядку приветствовал его из нее от имени генерал-капитана и, раздавленный еще одним унизительным поражением Картахена заискивающе ответил ему лояльной утвержденной протоколом фразой. Тогда Эспиноса поднялся на борт и арестовал Картахену, находившегося в латах и в полном вооружении. С очень опасным мятежом было покончено ценой всего лишь одного раненного верного Магеллану человека.

На следующий день тело Мендосы было вынесено на берег и, согласно установленному порядку, под официальный клич «Предатель!» было подвергнуто четвертованию. Вслед за этим был проведен военно-полевой суд, который признал казненного Мендосу, Картахену, Коку, Элькано, Кесаду и слугу последнего Молину виновными в измене и приговорил их к смертному наказанию. Кесада был казнен его собственным слугой Молиной, за что тому была сохранена жизнь. Магеллан помиловал всех остальных приговоренных, заменив им смертную казнь на каторжные работы в течение всего зимнего пребывания в Сан-Хулиане, когда они, соединенные длинными цепями в одну команду, пилили дрова и откачивали воду на судах. Генерал-капитан снова пощадил от наказания Картахену, который, однако, и на этот раз не оправдал его доверия, опять занявшись вместе с одним из капелланов подстрекательством людей к мятежу. После очередного военно-полевого суда Картахена и его сообщник в рясе были признаны виновными в преступном деянии и приговорены к оставлению на береге.