Осенью 1943 года возможностей для проведения крупной десантной операции было еще меньше. Полностью отсутствовали транспорты и высадочные средства специальной постройки. За два года войны Черноморский флот понес тяжелые невосполнимые потери: 1 крейсер, 3 лидера, 11 эсминцев, 28 подводных лодок, десятки катеров, сотни вспомогательных судов и вооруженных пароходов. Буквально накануне, 5 октября, три стратега — Кузнецов, Петров и Владимирский — послали отряд в составе лидера «Харьков», эсминцев «Беспощадный» и «Способный» в набег на Ялту. Отработав стрельбу по берегу, в результате которой погибло несколько жителей города и ни одного солдата противника, корабли утром легли на обратный курс. 6 октября на отходе они были настигнуты и уничтожены немецкими пикировщиками.

От такой бессмыслицы Сталин пришел в ярость. Верховный велел от греха подальше все крупные боевые корабли Черноморского флота вывести в резерв Ставки.

Азовская военная флотилия только в августе 1942 года при прорыве в Новороссийск потеряла 107 катеров и вооруженных судов, 14 кораблей были взорваны в базах. Немцы, в свою очередь, оставляя Таманский полуостров, уничтожили или увели в Крым все, что могло держаться на воде. Флотилия создавалась заново.

Таким образом форсировать Керченский пролив было фактически не на чем, об огневой поддержке со стороны боевых кораблей нечего было и заикаться, а большая часть полевой артиллерии до крымского берега не доставала. К тому же надвигался сезон осенних штормов.

Но задача была поставлена, Петрову и курировавшему фронт маршалу Тимошенко предстояло ее выполнять. На подготовку отводилось две недели. Итоговый замысел операции сводился к высадке крупных сил севернее и южнее Керчи. После захвата плацдармов войска должны были ударами по сходящимся направлениям овладеть портами Керчь и Камыш-Бурун, далее развивать наступление на запад и во взаимодействии с войсками Южного фронта освободить Крым.

Это решение предусматривало создание двух отрядов. Первый отряд образовали Азовская флотилия и войска 56-й армии генерал-лейтенанта К.С. Мельника, которые должны были осуществить вторжение в северо-восточную часть Керченского полуострова и овладеть Керчью. Командовал отрядом командующий Азовской флотилией контр-адмирал С. Г. Горшков. Во второй отряд вошли корабли Черноморского флота, сосредоточенные в Новороссийске, и войска 18-й армии генерал-лейтенанта К.Н. Леселидзе. Они должны были осуществить высадку в восточной части полуострова в районе рыбацкого поселка Эльтиген. Этой группой командовал командир Новороссийской ВМБ контрадмирал Г.Н. Холостяков.

На флангах основных десантов предусматривалась выброска двух демонстративных: в районе мыса Тархан, на северо-восточном побережье Керченского полуострова, и в районе горы Опук, юго-западнее Эльтигена.

Для обеспечения высадки создавались 16 отрядов, основу которых составили базовые и речные тральщики, рыбацкие сейнеры, мотоботы, а также гребные баркасы и плоты из пустых железных бочек. Пестрота в типах высадочных средств, различная их вместимость, скорость хода и мореходность усложняли организацию, «тюлькин флот» требовал соответствующего дооборудования для обеспечения быстрейшей погрузки и выгрузки живой силы и техники. Из бронекатеров и морских охотников сформировали два отряда прикрытия и два отряда артиллерийской поддержки. Всего привлекалось 119 катеров различного класса и 159 вспомогательных судов, считая самодельные «понтоны».

На косе Чушка и западной оконечности Таманского полуострова было сосредоточено 667 орудий калибром от 203 до 76 мм и 90 установок PC. Общая численность советских войск составляла 150 000 человек.

Воздушное прикрытие должны были обеспечить свыше 1000 самолетов 4-й воздушной армии и авиации флота.

Несмотря на явную материальную необеспеченность, в войсках царило оптимистическое настроение. Господствовало мнение, что понесшая потери на Кубани и при эвакуации с Тамани 17-я армия, которой грозила к тому же полная блокада, не станет упорно держаться за Крым, и высадиться на Керченском полуострове будет не слишком трудно. Имелись даже «не проверенные пока данные», что немцы якобы уже начали отход.

Общее руководство операцией возлагалось на командующего Северо-Кавказским фронтом генерала Петрова и его помощника по морской части командующего Черноморским флотом вице-адмирала Л.А. Владимирского. Высаживаемые войска оставались в подчинении своих командармов, которые руководили их действиями как в период подготовки, так и после высадки.

Операцию планировалось начать в ночь на 28 октября одновременно на обоих направлениях, однако из-за разыгравшегося шторма ее пришлось отложить на три дня.

На Керченском полуострове на широком фронте оборонялись части 98-й немецкой пехотной, 6-й румынской кавалерийской и 3-й румынской горнострелковой дивизий с частями усиления, всего около 60 000 солдат и офицеров. На побережье были развернуты 175 орудий полевой и противотанковой артиллерии, 11 минометных и 23 зенитные батареи. Керченский пролив и подходы к нему были минированы. В портах Керчь, Феодосия, Камыш-Бурун была сосредоточена корабельная группировка, насчитывавшая 30 быстроходных десантных барж, 25 сторожевых и торпедных катеров, 6 тральщиков и другие вооруженные суда. Зная уникальную способность советских генералов наступать на одни и те же. грабли, германское командование просто не могло не ожидать высадки крупного десанта противника на побережье Керченского полуострова. Более того, минная обстановка в южной части пролива позволяла с большой вероятностью прогнозировать, что высадка наиболее вероятна в северной части побережья.

Вечером 31 октября в Темрюке и на Тамани началась посадка войск на корабли и суда. На керченском направлении в качестве первого эшелона десанта должны были высаживаться две дивизии 11-го гвардейского стрелкового корпуса генерала В.Ф. Сергацкого. В качестве штурмового отряда с ними шел 369-й отдельный батальон морской пехоты. Через сутки в качестве второго эшелона планировалась высадка еще одной стрелковой дивизии. Вслед за 11-м гвардейским должен был высаживаться 16-й стрелковый корпус под командованием генерала К.И. Провалова. В район Эльтигена в первом эшелоне десантировались 318-я Новороссийская и 117-я гвардейская стрелковые дивизии, 255-я морская бригада и 386-й батальон морской пехоты. За ними должны были последовать остальные части 20-го стрелкового корпуса.

Десантные отряды должны были выйти на старт к 24 часам. Однако погода вновь подвела синоптиков: усилился ветер, на Азове и в проливе начинался шторм. Все это сказывалось на соблюдении графика, сдвигая все этапы операции на полтора-два часа. Артиллерийские огневые позиции на косе Чушка почти полностью оказались в воде. Адмирал Горшков предложил отложить операцию, однако командующий Черноморским флотом его не поддержал. На запрос Петрова адмирал Владимирский авторитетно заявил: «Шторма не будет. А если пролив и будет шуметь, то это усыпит бдительность противника».

Когда отряды Азовской флотилии вышли в открытое море, шторм достиг силы шести баллов. Сборище из 150 маломореходных и вовсе немореходных, перегруженных людьми, боеприпасами и снаряжением плавсредств, просто физически не могло в таких условиях, да еще ночью, преодолеть 20 миль от Темрюка до крымского берега. Часть из них туг же утонула или была выброшена на берег. Поэтому командующий фронтом вынужден был дать распоряжение Горшкову и командарму Мельнику вернуть десанты в исходное положение.