20 октября Генеральный штаб флота неофициально принял оперативный план флота и 29 октября дал Объединенному флоту соответствующие указания, также неофициальные. Эти инструкции содержали указание о нанесении авиаудара против флота Соединенных Штатов в районе Гавайев в начале войны, однако численность назначаемых для этой операции воздушных сил не уточнялась. Считалось, что численно определить количество сил для операций в районе Гавайев невозможно ввиду того, что Соединенные Штаты и Великобритания усиливали свои воздушные силы в ключевых пунктах южных территорий, поэтому могли потребоваться дополнительные воздушные силы для Южных операций.

В то же время отмечалось, что, так как силы авиации флота наземного базирования значительно увеличены, а их истребительные подразделения могут эскортировать соединения бомбардировщиков в утреннем ударе по Маниле, то не возникнет нужды использовать авианоснцы для первых воздушных ударов против Филиппин.

В начале ноября Императорский генеральный штаб и правительство решили приступить к военным действиям в начале декабря. 3 ноября в Токио приехал главнокомандующий Объединенным флотом адмирал Ямамото. Начальник Генерального штаба флота Нагано, готовивший инструкции по оперативному плану действий против Соединенных Штатов, Великобритании, Нидерландов и Китая, разрешил Ямамото использовать все имеющиеся силы быстроходных авианосцев (шесть кораблей) для внезапного удара по американскому флоту в районе Гавайев и дал соответствующие указания.

Первоначально карликовые подводные лодки были спроектированы для использования в генеральных сражениях в открытом море. Их предполагалось доставлять плавучими базами подводных лодок. (В то время единственной такой плавбазой была «Тиёда».) Они должны были в больших количествах соскальзывать с кормы плавбаз и выпускаться против вражеского флота наподобие торпед на малых дистанциях.

Изучение и испытание этого оружия началось в обстановке строгой секретности в 1940 году. К началу войны имелось около пятнадцати или шестнадцати таких лодок.

Идея использования карликовых субмарин (в то время по соображениям секретности именовавшихся «мишенями Ко») против флота Соединенных Штатов в Пёрл-Харборе одновременно с началом военных действий возникла в среде молодых офицеров флота, вероятно, в августе 1941 года, когда учебные силы карликовых подводных лодок начали отрабатывать способы атаки кораблей в гавани.

В начале октября использование таких подводных лодок на начальном этапе военных действий в Пёрл-Харборе предложил один из штабных офицеров Императорского генерального штаба. План заключался в том, чтобы доставить карликовые подводные лодки на палубах обыкновенных подводных лодок и при подходе ко входу в неприятельскую гавань отцепить их в подводном положении и тем самым позволить им проникнуть в порт.

План операций Отдела флота Императорского генерального штаба

В соответствии с решением совещания в присутствии Императора от 5 ноября о том, что «военные приготовления должны быть окончены к началу декабря», Императорский генеральный штаб в тот же день издал нижеследующие приказы по флоту и директивы главнокомандующему Объединенным флотом.

«Приказ Императорского генерального штаба по флоту № 1 5 ноября 1941

К: Ямамото, главнокомандующему Объединенным флотом

1. Ввиду высокой вероятности вступления в войну против Соединенных Штатов, Великобритании и Нидерландов в целях самосуществования и самообороны, Япония приняла решение завершить различные оперативные приготовления в течение первых десяти дней декабря.

2. Главнокомандующий Объединенным флотом произведет необходимые оперативные приготовления.

Детали операций будут сообщены начальником Генерального штаба флота.

По приказу Императора

Начальник Генерального штаба флота

Нагано, Осами».

Приказ Императорского генерального штаба по флоту № 2, адресованный главнокомандующему Китайским флотом, и Приказ Императорского генерального штаба по флоту № 3, направленный Тоёда, коменданту военно-морского округа Куре, Сумияма, коменданту военно-морского округа Сасебо, Хирата, коменданту военно-морского округа Йокосука, Кобаяси, коменданту военно-морского округа Майзуру, Сакамото, коменданту малого военно-морского округа Тинкай, Ямамото, коменданту малого военно-морского округа Мако, Окума, коменданту малого военно-морского округа Оминато и Укита, коменданту малого военно-морского округа Порт-Артур[112], по содержанию были сходны с Приказом Императорского генерального штаба по флоту № 1.

«Директива Императорского генерального штаба по флоту № I[113]

К: Ямамото, главнокомандующему Объединенным флотом

1. В течение первых десяти дней декабря, до начала военных действий, Объединенный флот в подходящее время выдвинет необходимые силы в пункт сосредоточения, с тем чтобы быть готовым на случай неизбежного начала военных действий против Соединенных Штатов, Великобритании и Нидерландов.

2. Во время вышеупомянутого выдвижения будет поддерживаться постоянная готовность к неожиданным нападениям.

3. Оперативная политика в отношении Соединенных Штатов, Великобритании и Нидерландов приводится в отдельном томе.

Начальник Генерального штаба флота Нагано Осами».

Директива Императорского генерального штаба по Флоту № 2 содержала аналогичные приказы Кога, главнокомандующему Китайским флотом.

«Директива Императорского генерального штаба по флоту № 3 3 ноября 1941 года

К: Тоёда, коменданту военно-морского округа Куре

Сумияма, коменданту военно-морского округа Сасебо

Хирата, коменданту военно-морского округа Йокосука

Кобаяси, коменданту военно-морского округа Майдзуру

Сакамото, коменданту военно-морского округа Тинкай

Ямамото, коменданту военно-морского округа Мако

Окума, коменданту малого военно-морского округа Оминато

Укита, коменданту малого военно-морского округа Порт-Артур[114]

1. Каждый из комендантов военно-морских округов будет осуществлять оборону в соответствии с принципами Оборонительного плана Императорского флота на 1941 год, с тем чтобы находиться в готовности к неизбежным военным действиям против Соединенных Штатов, Великобритании и Нидерландов в первые десять дней декабря.