Пимене, я прекрасно знал, насколько тяжёл крест Патриаршего служения. Но я положился на волю Божию: если будет воля Господня на моё Патриаршество, то, видимо, Он даст и силы».

В начале 1990 года все уже знали, что Святейшего Патриарха Пимена скоро не станет. Ещё в октябре 1988 года врачи обнаружили у него злокачественную опухоль на поздней стадии развития. Министр здравоохранения Евгений Иванович Чазов по просьбе больного откровенно сообщил ему, что если не сделать операцию, то в ближайшие полгода он умрёт в мучениях. Больной от хирургического вмешательства отказался, преодолевая страшные боли, являлся в те собрания, где его присутствие было необходимо, и приезжал к председателю Совета по делам религий Христораднову, который сам не желал приехать в Патриаршую резиденцию, ибо, как и большинство советских чиновников, любил «вызывать на ковёр».

Больше года уже прошло после предсказанного Чазовым срока, состояние Предстоятеля с каждым днём ухудшалось, и уже было очевидно, что в 1990 году предстоят выборы нового Патриарха. Митрополит Алексий, безусловно, являлся наилучшим кандидатом на Патриарший престол. За годы своего архиерейского служения он сделал благих дел больше, чем кто бы то ни было, его более других уважали и в стране, и в мире, причём не только православном и не только христианском. Весь его облик, природа и поведение выявляли в нём, что называется, богоизбранность.

Тем не менее он нисколько не лукавил, говоря, что в 1990 году не рассчитывал, что его изберут Патриархом, поскольку волею обстоятельств чаша весов склонялась в пользу соискателей-украинцев — митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира (Сабодана) и митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко).

К началу 1990 года положение на Украине стало главной бедой Русской Православной Церкви. Пытаясь как-то уладить дело, Синод пошёл на разработку нового положения об Украинском и Белорусском Экзархатах, которое давало бы им больше автономии и финансовой независимости, разрешало иметь собственный Синод. Положение взялся разрабатывать новый председатель Отдела внешних церковных сношений архиепископ Кирилл (Гундяев), сменивший на этом посту митрополита Филарета (Вахромеева). Но к январю 1990 года раскол на Украине разлился во всю ширь. Сказывался сговор Горбачёва с римским папой, ведь раскольники получили поддержку не кого-нибудь, а человека, возглавляющего советскую империю!

Митрополит Филарет (Денисенко) ничего не мог поделать, да он и не имел к себе должного уважения в собственном Экзархате, поскольку, как пишет в своей книге «Автокефалистские расколы на Украине в постсоветский период 1989—1997» В. И. Петрушко, то была «личность откровенно коррумпированная и безнравственная. Ни для кого на Украине не было секретом, что митрополит открыто попирал монашеский обет безбрачия, сожительствуя с некоей Евгенией Родионовой». Эта властная женщина, дочь высокопоставленного украинского советского чиновника, с юности являлась его незаконной супругой. Денисенко был при ней подкаблучником, и в народе Евгению Петровну именовали «владычицей Киевской и всея Украины». «Одиозная личность Экзарха Украины немало способствовала дискредитации Русской Православной Церкви и её Украинского Экзархата. Митрополит Филарет, управлявший Киевской митрополией грубо и деспотично, стал причиной ухода из юрисдикции Московского Патриархата множества клириков и мирян, не желавших более испытывать на себе произвол первоиерарха Украинской Церкви».

В итоге под занавес 1989 года Синод принял решение о созыве внеочередного Архиерейского Собора, посвящённого именно украинским бедам. И он состоялся в два последних дня января 1990-го. Страдалец Пимен председательствовал на нём. Перед самой смертью ему — а потом точно так же перед самой смертью и его преемнику — пришлось расхлёбывать пересоленный и переперченный украинский борщ.

На Соборе открыто прозвучало, что после предательской встречи Горбачёва с папой Иоанном Павлом Войтылой Украинская раскольничья Церковь обрела законный статус и пошла в решительное наступление. На требование Патриарха Пимена пресечь узаконивание раскольников на Украине генсек Горбачёв ответить не соизволил.

В президиуме Собора между Патриархом Пименом и митрополитом Алексием сидел с недовольным видом Христораднов. Отделись Украинская Церковь, ему же меньше хлопот будет, вероятно, размышлял он, слушая взволнованные речи архиереев.

Собор выработал обращение к правителям СССР и Украины с просьбой «способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония со стороны униатских экстремистов». Горбачёву была направлена особая телеграмма с требованием вмешаться, хотя ясно было, что Михаилу Сергеевичу это безразлично, ведь он отрадно кивал, хлопая влюблёнными глазами, только когда к нему обращались с просьбами лидеры «прогрессивного человечества».

Разработанное архиепископом Кириллом Положение о Экзархатах Московского Патриархата было внесено в Устав об управлении Русской Православной Церкви. При этом Собор упразднил зарубежные экзархаты, подчинив девять зарубежных епархий Патриарху и Синоду.

Таким было последнее важное деяние Святейшего Патриарха Пимена. Впереди у него оставались мучительное угасание и рождение в жизнь вечную. Он принял Русскую Православную Церковь не в руинах, как Патриарх Сергий (Страгородский), но всё же изрядно измотанную за время хрущёвской «оттепели», а оставлял её хотя и в состоянии смуты, вызванной украинской самостийщиной, но окрепшей, имеющей более одиннадцати тысяч приходов.

Для митрополита Алексия его первый патриарший год начался с того, что он весь январь почти ежедневно служил в храмах Северной столицы, Новгородской и Таллинской епархий, о чём свидетельствуют его записи, по-прежнему вносимые бисерным почерком с немецкой педантичностью. Он мечтал вернуть Церкви два огромных питерских храма — Исаакиевский и Казанский соборы. Оба они оставались музеями. В Исаакии с потолка свисал маятник Фуко, наглядно показывающий посетителям, как вращается планета Земля, а в Казанском по-прежнему размещался Музей истории религии и атеизма. В праздничный день Рождества Христова 7 января 1990 года по распоряжению Гидаспова митрополиту Алексию разрешили отслужить в Казанском соборе молебен и литию.

В конце января он участвовал в Архиерейском Соборе, а по сути дела руководил им. В феврале, марте и апреле вновь очень часто служил в Таллине, в городе на Неве, в Пюхтице, в Новгороде. Он будто спешил как можно больше отслужить здесь, в огромной своей Северо-Западной епархии, поскольку при всех обстоятельствах душою-то чуял грядущую великую перемену в жизни. Ему предстояло взять патриарший жезл в эпоху глобальных перемен, сопоставимых с теми, что свершались, когда Патриархом стал Тихон. Падали все дальние и ближние бастионы империи, созданной Лениным и Сталиным, откалывались европейские союзники — ГДР, Польша, Чехословакия, Румыния, Венгрия, Болгария, прибалтийские республики, Закавказье. Скоро и сам великий и могучий Советский Союз рассыплется на составляющие. Третий съезд народных депутатов, состоявшийся в марте, избрал Горбачёва «Горби», как фамильярно-снисходительно именовали его на Западе, первым (и последним) президентом СССР и отменил однопартийную систему.