Министерства как государственные организации, ответственные за конкретные отрасли производства, вкладывали крупные средства и в академические исследования, и в науку высшей школы. Многие «бюджетные» институты АН СССР в действительности давно уже на две трети финансировались министерствами, а питание вузовской науки на 90 % зависело от хоздоговоров с отраслями. Масса проблемных лабораторий в вузах быстро исчезла, и в каждом случае речь идет о крупном потрясении. В России происходило невидимое обществу, прямо не объявленное уничтожение научной системы. Наука ликвидировалась мимоходом, как щепка, отлетевшая при рубке леса.

Причина была вовсе не в отсутствии средств для сохранения науки. Разрушенная первой мировой войной и революцией Россия имела гораздо меньше средств, чем в 90-е годы, для поддержки науки. Но в 1918–1919 гг., в разгар гражданской войны было открыто 33 крупных научных института, ставших затем ядром советской научной системы. Самой главной утратой стала потеря большой части кадрового потенциала российской науки. К 1999 г. по сравнению с 1991 г. численность научных работников в РФ уменьшилась в 2,6 раза.[34]

Кризис научной системы сопровождался резким изменением статуса науки в обществе. В советское время наука была гордостью народа и пользовалась уважением в массовом сознании. В обществе не было ни антиинтеллектуальных, ни антинаучных настроений. Общий культурный кризис и подрыв рационального мышления разрушили систему координат, в которых люди оценивали отечественную науку. В 2002–2004 гг. в шкале престижности профессий в США наука занимала первое место («член Конгресса» — 7 место, «топ-менеджер» — 11, «юрист» — 12, «банкир» — 15 место). В Китае — второе место после врача. В России ученые занимали в те годы 8-е место после юристов, бизнесменов, политиков. В США 80 % опрошенных были бы рады, если сын или дочь захочет стать ученым, а в России рады были бы только 32 % [32].

В 90-е годы наука была фактически отстранена от просветительской деятельности, которая раньше позволяла ей поддерживать непрерывный контакт с большей частью населения и быть постоянно «на виду». Телевидение перестало производить и транслировать отечественные научно-популярные программы, закупая их за рубежом, ученые перестали появляться на экране в дебатах на общие темы (да и дебаты эти были прекращены или превращены в шоу). Резко сократился выпуск научно-популярной литературы, которая имела раньше массового и постоянного читателя.

Важным проявлением кризиса стала активизация в 90-е годы антинаучных течений. Тот факт, что государство встало на их сторону в столкновении с наукой, повергло научное сообщество в шок, от которого оно так и не смогло оправиться.

Главным инструментом обскурантизма стали СМИ, особенно телевидение. По сообщению агентства «Росбалт» (ноябрь 2006 г.), «Архиепископ Уфимский и Стерлитамакский Никон обратился с письмом к гендиректору Первого канала К. Эрнсту с требованием «остановить производство телепередач, пропагандирующих оккультные антинаучные знания и методы оздоровления». В своем обращении священнослужитель выразил даже изумление: «Это просто невероятно! XXI век на дворе, и я, архиерей Русской Православной Церкви, не раз ложно обвиняемой в противлении научному прогрессу, встаю на защиту науки и просвещения, в то время как «прогрессивная элита» масс-медиа тиражирует на многомиллионную аудиторию лженаучные знания, средневековое мракобесие и суеверия».

Попытки ученых противостоять широкой пропаганде антинаучных взглядов через СМИ оказалась безуспешной, причем полностью, в принципе. В 1999 г. на заседании Президиума РАН председатель Комиссии по борьбе с лженаукой и фальсификацией научных исследований академик Э.П. Кругляков заявил: «С помощью СМИ и неконтролируемой книжной продукции значительная часть нашего народа систематически подвергается оболваниванию… Дело дошло до того, что астрологи, получившие доступ в высшие эшелоны власти, прогнозируют ухудшение экономического положения ряда областей страны не за счет тотального разворовывания ресурсов, но по причине неблагоприятного расположения звезд! Государственное телевидение (программа «Вести», 4 апреля 1995 г.) прямо-таки директивно навязывает населению мысль о том, что «астрология является прикладной наукой, а врачи, ученые и политики должны учитывать в своей деятельности предсказания астрологов» [33].

Последняя иллюстрация — пуск в начале сентября 2008 года большого ускорителя элементарных частиц (коллайдера) в ЦЕРНе. Перед этим почти целую неделю по российскому телевидению выражались опасения, как бы эксперимент на этом ускорителе не привел к возникновению черной дыры, которая поглотит планету. При этом никому из ученых не дали слова, чтобы спокойно и внятно разъяснить иррациональность этих страхов. Если кто-то из физиков, практически неизвестных широкой публике, все-таки появлялся на экране, они давали такие невнятные и бессвязные реплики, что было ясно: из их объяснений режиссеры телевидения вырезали и дали в эфир вырванные из контекста фразы.

Видимое непонимание смысла и роли науки в жизни общества никуда не ушло и после 2000 г. В 2004 г. снова стали реформировать Академию наук. Академик В.Л. Гинзбург сказал в интервью: «Недавно мы все с ужасом смотрели по телевидению, как министр экономического развития Герман Греф излагал свое понимание роли науки, ученых в рыночном «хозяйстве». Вернее — хроническое, неизлечимое непонимание. И вот в этом непонимании, демонстрируемом людьми, от которых зависит государственная политика, — в нем главная опасность и для академии, и для страны».

Теперь оговорки о «непонимании» уж совсем не кажутся убедительными. Министры — люди образованные, в советниках у них ученые, несколько аналитических служб давали свои заключения на всех этапах реформы. В этих заключениях было сказано, что принципиальные положения доктрины реформирования науки являются ложными, они противоречат знанию. В таких случаях министр просит разъяснений у консультантов, но этого не было ни разу за все годы реформ. Более того, акция по «реформированию» РАН готовилась настолько скрытно, что население РФ о ней практически ничего не знало!

В июне 2005 г. Фонд «Общественное мнение» провел в 44 регионах РФ опрос об отношении населения к плану реформирования науки, предложенному правительством. Был задан вопрос: «Знаете ли Вы, что-то слышали или слышите сейчас впервые о планах правительства провести реформу Российской Академии наук?» Только 5 % ответили на него: «Знаю». 67 % «слышали впервые», остальные «что-то слышали», но не знали сути дела.

Реформа длится уже 17 лет. Разрушается наука, одна из несущих опор государства и страны. И за все эти годы не состоялось ни одного совещания или слушания с обсуждением причинно-следственных связей между действиями правительства и разрушительными результатами. На фоне приватизации и разрушения промышленности попытка устранения РАН многим кажется мелочью. Вице-президент РАН академик А.Д. Некипелов, выступая в МГУ, сказал, что в 2005 г. РАН получила 19 млрд. рублей — меньше, чем в США выделяется одному университету. Вся Российская Академия наук, все ее 450 институтов, получила в год меньше денег, чем Абрамович истратил за два месяца на покупку «Челси» и яхт.