Выход на политическую сцену арабов серьезно изменил общую ситуацию. Их вторжения начались в 640 году, и в 652 году армянский военачальник Теодор Рштуни был вынужден признать сюзеренитет арабов.

С возобновлением войны между византийцами и арабами города и провинции неоднократно переходили из рук в руки противоборствующих империй. Ситуация усложнилась разногласиями в рядах нахараров, одни из которых отдавали предпочтение византийцам, а другие становились на сторону арабов, вначале проявлявших себя более либеральными властителями, чем греки. Сирийский историк Дионисий из Тель-Мара, который был в Армении в 716–717 годах, утверждает, что страна, когда-то отличавшаяся множеством жителей, обилием виноградников, засеянных злаками полей и роскошных садов, была пустынной и безжизненной. Арабское правление стало более жестоким, когда Аббасиды свергли династию Умайадов, и бунты были безжалостно подавлены. Многим нахарарам вместе с семьями и сторонниками пришлось искать убежища на византийских землях. Этот массовый исход имел самые серьезные последствия. Причем они заключались не только в том, что люди лишились своих предводителей и защитников. Покинутые земли немедленно населили мусульманские эмигранты. Так появился ряд арабских эмиратов, ставших преградой для объединения страны после ее освобождения от иностранного ига.

Война между арабами и Византией возобновилась в середине IX века, и успехи византийских армий благоприятствовали тем, кто, как армяне и грузины, страдали от арабского угнетения. Армянское восстание 851 года было подавлено только после долгой и отчаянной борьбы, и все нахарары были отправлены пленниками в Самарру. Но по мере победоносного наступления византийцев страх перед другими восстаниями вынудил арабов выбрать более мягкую политику по отношению к армянам. В 861 году калиф освободил нахараров и назначил Ашота Багратуни «князем князей Армении, Грузии и земель Кавказа». Этот титул, помимо всего прочего, давал право устанавливать налоги.

Багратуни – знатная феодальная династия того времени. Они не участвовали в армянском восстании 774–775 годов и сохранили свои земли и положение. Калифату была необходима помощь Багратуни против арабских эмиров Армении, стремившихся к независимости, поэтому Гарун аль-Рашид пожаловал главе дома титул князя Армении и назначил младшего брата генералом армянских вооруженных сил. С тех пор семейство Багратуни постепенно увеличивало свое благосостояние, а их владения раскинулись от Тарона на юго-западе Армении до провинций Ширак и Аршаруник на севере. После смерти главы семейства Мамиконян он стал обладателем провинции Багреванд. В это же время он вступил в союз и установил дружеские отношения с семейством Артструни из Васпуракана и феодалами восточной провинции Сюник. Более того, его поддерживал глава церкви – католикос, резиденция которого находилась в его владениях. В 885–886 годах собрание нахараров и высшего духовенства избрало его царем Армении. Калиф подтвердил это избрание, прислав Багратуни корону, хотя все еще продолжал считать армян своими вассалами и требовать дань. Ашот был достаточно осторожен, чтобы держаться подальше от войны между Византией и арабами, и вскоре после своего избрания получил корону еще и от императора Василия I, также армянина.

Монархия, восстановленная после перерыва в более чем три столетия, сталкивалась с серьезными трудностями. Они возникли, когда на трон взошел Смбат (890–914), которому явно не хватало мудрости и осмотрительности его отца Ашота. Род Арцруни из Васпуракана, соперничавший с Багратуни, располагал обширными владениями, которые протянулись от провинции Айрарат на севере до озера Урмия на юго-востоке. Ашот заручился поддержкой этого могущественного семейства, но неумный шаг Смбата разрушил союз: он уступил князю провинции Сюник город Нахичевань, находившийся в пределах провинции Васпуракан. Оскорбленный этим Гагик Арцруни стал искать помощи у Юсуфа, эмира Азербайджана и давнего врага царя Смбата. Ничто не могло быть более приятно для арабов, чем эта просьба о помощи, ведь одной из постоянных целей их политики было разжигание вражды между феодальными родами, призванной ослабить авторитет центральной власти. По рекомендации Юсуфа калиф в 908 году даровал корону Гагику, и, таким образом, регион Васпуракан стал отдельным царством, первым из нескольких, появившихся в течение столетия. Юсуф и Гагик объединили силы и в 914 году разгромили царские армии. Юсуф убил Смбата, предварительно подвергнув его жестоким пыткам, и отправил его тело в Двин, чтобы прибить к кресту. Неудовлетворенный этой победой, Юсуф снова повел армии в бой, чтобы уничтожить царство Багратидов, и он вполне мог одержать победу, если бы не смелость и энергия сына Смбата Ашота II, ставшего преемником отца. Вокруг царя сплотились многие нахарары, а Гагик, раскаявшийся в своем необдуманном поступке, вышел из союза с Юсуфом. В партизанской войне, которая продолжалась несколько лет, армянам помогали союзники из Иберии и Албании. Иберийский правитель Адарнас возложил корону на голову Ашота, так же как он сам в свое время получил ее из рук его отца. Сближение с Византией было достигнуто при посредничестве историка Иоанна Католикоса, который состоял в переписке с патриархом Аттиком и императором Константином Порфирогеном. По приглашению императора Ашот посетил Константинополь, где был принят с пышными почестями, вернулся домой с богатыми подарками и, что более важно, в сопровождении византийского контингента. Ашот и его союзники успешно сражались со своими врагами, так же как и с непокорными нахарарами, и арабам пришлось уступить. Ашот получил корону и титул царя царей. Это сделало его теоретически сюзереном всех остальных правителей Армении, и после примирения Гагик согласился считаться только царем Васпуракана.

Однако царь из Багратидов был лишь немногим более чем primus inter pares, и его власть редко распространялась за пределы царских владений. Феодальная организация Армении была одновременно ее силой и ее слабостью. Известные своей смелостью, превыше всего ставящие свою независимость, нахарары энергично защищали свои владения. Наличие этих очагов сопротивления не позволяло оккупационным силам установить полный контроль над страной. Но если бы нахарары сумели объединиться и подчинить свои личные амбиции общественным интересам, они спасли бы свою страну от многих несчастий, даже если бы в конце концов не устояли перед превосходящими силами могущественных соседей.

Обычай выделения территории для младших сыновей был еще одной причиной слабости. Частично из-за этих операций, частично из-за действий князей, имевших обыкновение возвышать свои владения до ранга царств, страна оказалась разделенной на множество отдельных государств. В 961 году Ашот III позволил своему брату стать царем Карса, уступив ему провинцию Вананд. Своему третьему сыну он отдал область Ташир и прилегающие регионы. В 982 году они составили отдельное царство со столицей Лори. К концу правления Багратидов все, что осталось от царских владений, было поделено между двумя братьями – Ашотом IV и Иоанном-Смбатом III. В 968 году царство Васпуракан было поделено между тремя братьями. К списку отдельных государств следует добавить Тарон и Сюник, возвысившиеся до ранга царств.

Несмотря на раздробленность, Х и начало XI века стали эпохой процветания и благополучия. Аббасиды, находившиеся под постоянным давлением византийских армий, были не в том положении, чтобы серьезно вмешиваться в армянские дела. Местные мусульманские эмиры приняли сюзеренитет Багратидов, и нашествия соседних мусульманских династий, в первую очередь Хамданидов, были непродолжительными. Внутренняя ситуация давала больше поводов для размышлений. Знать, торговцы и ремесленники выгадали от возрождения торговли, но численность свободного крестьянства в стране снизилась. Крупные землевладельцы, среди которых были и важные монастыри, имели тенденцию поглощать собственность мелких владельцев, сводя крестьянина к положению раба. Произошло несколько народных восстаний, главным образом в области Сюник, где богатый монастырь Татев приобрел, путем покупки или пожертвования, несколько деревень. Крестьяне не желали отказываться от своей земли, они нападали на монастырь, но были подавлены после вмешательства княжеской армии. Серьезные беспорядки происходили под влиянием еретической секты тондракийцев, последователей павликан. В Х и XI столетиях в нескольких армянских областях тон-дракийцы имели множество приверженцев преимущественно в среде простых людей. Последние, несомненно, видели в отдельных принципах доктрины тондракийцев, таких как отрицание деятельности церкви, религиозных таинств и обрядов, и особенно в отрицании власти духовенства, выражение своей оппозиции богатым классам. В преследовании тон-дракийцев светские власти объединились с церковными, но остатки этого движения просуществовали довольно долго.