В каждый свой отпуск Сергий стремился в обязательном порядке побывать на родине — в Арзамасе. Летом 1896 года по дороге домой он завернул в Казань, где его друг архимандрит Антоний (Храповицкий) в те годы был ректором Казанской духовной академии. Вечерами у отца ректора традиционно собирались гости: студенты, преподаватели академии и иных светских и церковных учебных заведений. Вот и в этот раз среди собравшихся вдруг зашел разговор о «быстротечности» и «незначительности» человеческой жизни.

— Жизнь пустяшна и коротка, — говорил приват-доцент местного университета, — клочок синего тумана в снежном облаке. И только у немногих людей она проходит легко, «в тепле и свете», а у большинства же переполнена страданиями. И не все ли равно, как прожить эту жизнь, ибо краткость ее и является разрешением задачи и нельзя быть слишком несчастным на протяжении мига.

Последовал обмен мнениями, спор, но все сошлись в том, что, пожалуй, наиболее убедительным был архимандрит Сергий, говоривший: «Да, жизнь быстротечна, но от каждого зависит сделать ее наполненной и если не совершенной, то значительно приближенной к совершенству. Смерть не является полным уничтожением человеческой жизни, она лишь звено в цепи, посредством которой открывается новая, теперь уже бесконечная жизнь. Она же будет развиваться в направлении нравственно ценном или бессодержательном, мучительно-ничтожном — в соответствии с тем, как и в каком направлении шла земная жизнь человека, данная для приуготовления к жизни небесной».

Эти мысли молодого архимандрита свидетельствовали о его намерении сделать свою земную жизнь содержательной, временем приготовления к переходу в мир иной. Отсюда и его стремление к иночеству, уход от мира сего, «во зле лежащего».

К уходу в иночество он призывал и других. И в этой устремленности он во многом сходился с архимандритом Антонием, что и стало «почвой» для их многолетней дружбы. Уезжая из Казани, Сергий сделал некоторым студентам подарки, привезенные из Афин, которые без слов выражали благопожелание о принятии монашества. Для некоторых из них оно стало свершившимся фактом, изменившим всю последующую жизнь.

В 1897 году судьба вновь привела Сергия в Японию, на этот раз в качестве помощника начальника миссии. Здесь его застает приятное известие из России: на 8 марта 1898 года назначено возведение Евгении Страгородской в сан игуменьи арзамасского Алексеевского монастыря. В подарок своей тетушке Сергий заказывает живописцам в мастерской миссии перламутровый посох ручной работы, обложенный серебром, с изображением Алексия, человека Божия. Когда посох был готов, любящий племянник отправил его в Арзамас. В этот раз в Японии Сергий пробыл до осени 1899 года. Состояние здоровья не позволило ему надолго остаться в стране, которую он успел сердечно полюбить. Дело в том, что на пути в Японию корабль попал в жестокий шторм, Сергий простудился и заболел воспалением среднего уха. Последствия этой болезни будут его сопровождать всю жизнь.

Так завершалось десятилетнее миссионерское служение.

По возвращении в Петербург архимандрит Сергий назначается ректором в Санкт-Петербургскую духовную семинарию. Однако ему не пришлось работать на этом посту, поскольку 6 октября 1899 года его переводят в alma mater — Санкт-Петербургскую духовную академию на должность инспектора с одновременным предоставлением ему кафедры истории и обличения западных исповеданий.

С академией будут связаны последующие шесть лет его жизни. Немало трудов было отдано учебно-административной и научной работе; повышению качества преподавания таких дисциплин, как литература, психология; упорядочению и систематизации фондов библиотеки и архива. Одновременно Сергий читает курсы лекций, рецензирует научные духовные работы питомцев академии, выступает в различных аудиториях по богословским и общественным проблемам; печатается в церковных журналах, деятельно участвует в научных, благотворительных и просветительских обществах.

Вместе с отцом инспектором пришли в академию и некоторые новшества. Он сделал правилом проведение по субботам после всенощной и ужина чаепитий, на которые приглашались все желающие со всех курсов. Здесь же, в покоях инспектора, в простой домашней обстановке читались студенческие рефераты на религиозно-философские темы и на темы современной художественной литературы. Затем происходило оживленное и непринужденное обсуждение услышанного. Эти «субботники» привлекали массу студентов всех курсов и бесспорно имели образовательное и главное — воспитательное значение.

24 января 1901 года указом Святейшего синода архимандрит Сергий был назначен на должность ректора академии. А спустя два дня, 26 января 1901 года, Николай II утверждает решение Синода о возведении ректора в сан епископа Ямбургского, третьего викария Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора академии.

Чин наречения, который состоялся 23 февраля в Троицком соборе Александро-Невской лавры, возглавил первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский). Сергий в речи своей, обращаясь к маститым иерархам церкви, говорил о предназначении епископского служения. Были в ней и такие слова: «Внешняя обстановка епископского служения может быть весьма разнообразная. Епископы могут быть в почете и богатстве, могут пользоваться обширными гражданскими правами и преимуществами, но могут быть и в полном бесправии, в нищете и даже в гонении. Все это зависит от причин случайных и внешних, от государственного положения христианства, от народных и общественных обычаев и т. п. С изменением этих внешних причин может измениться и внешняя обстановка. Но само епископское служение в его сущности, в том настроении, какое требуется от епископа, всегда и всюду остается одним и тем же апостольским служением, совершается ли оно в великом Цареграде или в ничтожном Сасиме. Оно есть „служение примирения“, служение пастырское. Быть же пастырем — значит жить не своею особою жизнью, а жизнью паствы, болеть ее болезнью, нести ее немощи с единственной целью: послужить ее спасению, умереть, чтобы она была жива. Истинный пастырь постоянно, в ежедневном делании своем „душу свою полагает за овцы“, отрекается от себя, от своих привычек и удобств, от своего самолюбия, готов пожертвовать самой жизнью и даже душой своей ради Церкви Христовой, ради духовного благополучия словесного стада»[2].

В тот момент молодой епископ и не предполагал, что судьба уготовила ему именно такие обстоятельства жизни и проверит его на верность служения пастве.

В воскресенье 25 февраля там же, в Александро-Невской лавре, состоялась хиротония преосвященного Сергия, совершенная собором девяти иерархов во главе с митрополитом Санкт-Петербургским Антонием, в присутствии профессоров и студентов академии и при огромном стечении молящихся. Редкий случай: на хиротонии присутствовал отец посвящаемого — протоиерей Николай Страгородский. Вручая новопосвященному иерарху архиерейский жезл, митрополит Антоний произнес назидательное слово, а по окончании богослужения новый епископ долго благословлял устремившихся к нему богомольцев.