В академии Малиновскому было присвоено научное звание ассистента. Что еще важнее, в июне 1940 года в связи с введением генеральских званий в Красной армии Родиону Яковлевичу присвоили звание генерал-майора. Между тем подавляющее большинство комбригов в 1940 году были аттестованы полковниками. То, что Малиновский стал одним из немногих комбригов, кто был аттестован генерал-майором, вероятно, было следствием того, что его очень ценил новый нарком обороны Семен Константинович Тимошенко, который лично знал Родиона Яковлевича, поскольку с августа 1933 по сентябрь 1935 года был заместителем командующего Белорусским военным округом.

Характеристика, данная Малиновскому во время аттестации в академии, была столь же блестящей, как и от парторганизации штаба Белорусского Особого военного округа. Она гласила:

«Предан партии Ленина — Сталина. Политически и морально устойчив. Прочно связан с массами и ставит перед ними конкретные задачи по овладению знаниями, обеспечивающими подготовку командира высокой квалификации. Систематически работает над изучением опыта последних войн и заканчивает диссертацию на соискание ученой степени кандидата военных наук.

Обладая широким военным кругозором и большим опытом строевой и штабной работы, а также боевым опытом последних войн, т. Малиновский добился в руководстве учебной группы слушателей, имеющих большой боевой опыт, четких знаний по теории вопроса и в целом хороших результатов. Предъявляя высокие требования на занятиях, поддерживая высокую дисциплину в учебной группе, проводит большую воспитательную работу.

Вполне владеет методикой ведения занятий, своевременно сдает поручаемые задания по разработке учебных материалов. Задачи разрабатывает хорошего качества. Лекции в особой группе прочитал содержательно на высоком теоретическом уровне (особая группа академии состояла из высших командиров, имеющих богатый боевой опыт, но не получивших систематического военного образования, а лекции наверняка были об Испании).

За проделанную работу удостоен звания “Отличник Академии”.

Лично дисциплинирован. Пригоден к походной жизни.

Занимаемой должности вполне соответствует. По своим деловым качествам может выполнять ответственные обязанности как в строю, так и в штабах.

В войсках может быть использован на должностях командира дивизии, начальника штаба корпуса или начальника оперативного отдела штаба армейской группы.

Начальник кафедры службы штабов

Генерал-майор Цветков».

В результате Малиновский был назначен не командиром стрелковой дивизии и не начальником штаба корпуса, а сразу же командиром 48-го стрелкового корпуса. Это было вызвано как дефицитом высшего командного состава после репрессий 1937–1938 годов, так и ускоренным развертыванием новых дивизий, корпусов и армий в связи с предстоящей войной с Германией.

В автобиографии 1948 года Малиновский писал:

«В сентябре 1939 года назначен преподавателем в Военную Академию им. Фрунзе, а в марте 1941 года командиром 48 стр. корпуса в Одесский военный округ.

В этой должности начал войну 22 июня 1941 года на р. Прут, от р. Прут корпус отходил с тяжелыми боями на Бельцы, Рыбницу, Котовск, Колосовка, Николаев, Херсон, Каховка, корпус в Николаеве был окружен, но пробился и вышел.

В конце августа 1941 года я принял в командование 6 Армию под Днепропетровском и в тяжелых боях благополучно отошел с Армией на реку Донец к Изюму, где с октября 1941 года фронт прочно стабилизировался.

18 декабря 1941 года назначен Командующим Южным фронтом, в этой должности провел Январскую операцию на Барвенково-Лозовая силами 57 и 9 Армий довольно успешно.

По приказу Ставки, в связи с неудачами под Харьковом и отхода войск ЮЗФ, начал в июле планомерный отход и Южный фронт во время этого отхода, будучи глубоко охвачен с фланга и тыла, не сумел удержать Новочеркасск и Ростов и оставил их без разрешения Ставки; Южный фронт был слит с Северо-Кавказским фронтом в один Северо-Кавказский фронт. Командующим был назначен Маршал Буденный, а я его первым заместителем и возглавлял группу войск правого фланга в составе 12 и 37 Армий, отходил на Кропоткин, Армавир, отсюда 12 Армия отходила на Майкоп, а мне было приказано части 37 армии, которая пробивалась из окружения, и некоторые другие отвести на реку Малку на Нальчик — где я после передал эти войска в состав Северной группы войск Закавказского фронта, а сам получил направление в распоряжение Начальника Генерального Штаба в Москву, куда прибыл в конце августа 1942 года.

27 августа 1942 года я был назначен Командующим 66 Армии, которую принял в районе Камышина и повел под Сталинград и прямо с ходу повел ее в наступление с рубежа реки Пичуга вдоль правого берега р. Волга — наступление имело очень мало успеха: продвижение на 4–6 км, а дальше пошли тяжелые затяжные бои. 14 октября я был назначен Заместителем командующего Воронежским фронтом, а 29 ноября 1942 года Командующим 2-й Гвардейской Армии, с которой выступил из района Тамбова под Сталинград, в конце декабря головные части 2 Гв. Армии вступили в тяжелые бои с прорывавшейся к Сталинграду группой Манштейна, на реке Мышанка — к югу от Сталинграда и 26 декабря 1942 года перейдя в решительное наступление разгромили группу Манштейна, заняли Котельниково, Дубовское, Зимовники, попутно разбив на фланге Тормосинскую группу противника.

В середине января 1943 года 2 Гвардейская Армия подошла к Новочеркасску и станице Аксайская. 29 января 1943 года я вновь назначен Командующим Южным фронтом (бывший Сталинградский) и продолжая наступление войсками фронта освободили Шахты, Новочеркасск, Ростов н/Д. и к концу февраля вышли на реку Миус, дальше продвинуться не смогли.

22 марта 1943 года я назначен Командующим Юго- Западным фронтом (затем переименован в 3 Украинский), которым командовал до 15 мая 1944 года, проведя ряд успешных операций по освобождению Донбасса, Левобережной и Правобережной Украины, включая Днепропетровск, Запорожье, Кривой Рог, Никополь, Херсон, Николаев, Вознесенск, Тирасполь, Одесса.

15 мая 1944 года назначен Командующим 2 Украинским фронтом, войска которого, начав свое наступление Ясско-Кишиневской операцией, разгромили крупную группировку врага и освободили Румынию, Венгрию и частью Чехословакию и Австрию, закончив войну на Западе в Праге и Вене.

В июле 1945 года Управление фронта прибыло в Читу и стало во главе войск Забайкальского фронта, войска которого 9 августа нанесли решительный удар по Квантунской Армии японцев через Монголию и заняли Чанчунь, Мукдэн, Порт-Артур — закончили войну с Японией».

Итак, 14 марта 1941 года Малиновский был назначен командиром 48-го стрелкового корпуса, расположенного в Кировограде. Интересно, что в первоначальном проекте приказа на эту должность назначался бывший командир 15-й моторизованной дивизии генерал-майор Николай Никанорович Белов, который этой дивизией успел прокомандовать всего три дня. Но нарком Тимошенко (или его порученец) от руки исправил эту фамилию на «Малиновский». А Н.Н. Белов погиб со своей дивизией в уманском котле 9 августа 1941 года. Он отказался эвакуироваться на присланном за ним самолете.