Лишившись привычных льгот, Лоренцо был вынужден в июле 1478 года просить у миланского канцлера Симонетты огромный аванс в 30—40 тысяч дукатов. С мая по сентябрь того же года он занял у своих внучатых племянников Джованни и Лоренцо, младших сыновей Пьерфранческо Медичи, целое состояние — 53 643 флорина. В 1485 году молодые люди, достигнув совершеннолетия, потребовали вернуть деньги. Не имея средств заплатить, Лоренцо должен был отдать им виллу Кафаджоло и другие поместья в Муджелло, но полностью расплатиться с племянниками так и не смог. Значительную часть занятой суммы Лоренцо удержал якобы как долю участия Джованни и Лоренцо в убытках лондонского отделения и в многочисленных крупных расходах, к которым их отец Пьерфранческо на самом деле не имел ни какого отношения.

Пришлось переналаживать торговые и банковские связи смотря по обстоятельствам. В Риме в декабре 1481 года, как раз когда папа мирился с Флоренцией, Джованни Торнабуони заключил компромиссное соглашение с Апостолической палатой. В уплату долга Медичи Рим передавал свои запасы квасцов. Лучше было бы получить долг звонкой монетой, ибо сбывать сырье стало очень трудно: всю торговлю квасцами держали в руках генуэзцы, а филиалы Медичи в Лондоне и Брюгге, куда можно было бы вывезти минерал, уже не существовали. Впрочем, несколько позже (в 1485 году) фирме удалось вернуться в прибыльную торговлю квасцами, но ненадолго: время доходной торговли прошло. Оставалась банковская деятельность. Возвратив себе фавор у папы, Джованни Торнабуони вернул и доверие постоянных клиентов — вкладчиков. В 1483 году фондовые операции принесли значительную прибыль, а убытков зафиксировано не было. Так продолжалось как минимум до 1487 года. В этом году Торнабуони заключил со своим племянником Лоренцо Медичи новый партнерский договор. Прежняя компания была ликвидирована, 18 783 дуката разделены: три четверти отошло к Лоренцо, одну четверть получил его дядя. Доходы должны были делиться в той же пропорции, что и капитал старой компании. Новая компания должна была обеспечить контроль над филиалом. Было оговорено, что Джованни Торнабуони может забрать три тысячи дукатов, вложенные в лионский филиал, дела которого тогда сильно хромали. Тем самым он фактически готовился отойти от дел. Вскоре Джованни уехал из Рима во Флоренцию, возложив управление банком на своего племянника Онофрио. На положении конторы плохо сказывались крупные займы, которые Джованни в угоду брачной политике Лоренцо был вынужден выдать папе Иннокентию VIII, его сыну Франческетто, а также Орсини.

Франческо Сассетти, основного компаньона Лоренцо и главного управляющего банком Медичи, неприятности римского филиала задели лишь косвенно. Но зато но нему тяжело ударило дурное управление лионским филиалом, где он был в доле с Лоренцо. Филиалом заведовал Лионетто Росси — муж незаконной сестры Лоренцо Марии. После смерти жены в 1479 году Лионетто уже не мог как родственник пользоваться снисходительным отношением Лоренцо. Ему следовало вести свои дела как можно осторожнее. Он же, наоборот, втянул контору в рискованные операции, вынудившие Лоренцо и Сассетти дважды посылать в Лион ревизора Лоренцо Спинелли — агента Медичи в Монпелье. Ревизии показали, что капитал филиала по большей части вложен в дорогие товары, ювелирные изделия и ковры, которые невозможно быстро продать, чтобы исправить торговый баланс Лион извлекал из римского банка такие суммы, что Джованни Торнабуони пришлось несколько раз отказываться от уплаты по его векселям. Наконец, выплаты французского духовенства Риму за свои патенты так долго задерживались в Лионе, что у этой конторы постоянно оставалась недоимка перед Апостолической палатой. Традиционные взаимозачеты международных банков на Лионской ярмарке также подпортили положение филиала банка Медичи.

Стало ясно, что Лионетто Росси своими действиями довел банк до неплатежеспособности. В 1485 году Лоренцо вызвал зятя во Флоренцию, где, по согласованию с Сассетти, арестовал его и посадил в Стинке, в 1487 году ненадолго отпустил и вновь посадил: Лионетто был должен прежним компаньонам 30 тысяч флоринов, заплатить которые никак не мог. Новый ревизор Агостино Билиотти установил, что дефицит филиала достиг астрономической суммы 50 тысяч экю. Чтобы спасти лионский банк от банкротства, необходимо было распустить старую управляющую компанию и создать новую в составе Лоренцо, Франческо Сассетти и Джованни Торнабуони — последний, очевидно, вступил в нее не без давления племянника. Лоренцо Спинелли назначили управляющим. Но ему не удалось восстановить дело. В мае 1488 года недужному старику Сассетти пришлось отправиться в Лион приглядеть за конторой, и оказалось, что новый управляющий ничуть не лучше старого. Спинелли присвоил себе огромную часть компенсации (3 тысячи экю), вынес из банка ювелирные изделия и другие драгоценности. Он давал займы самому себе — не из личной корысти, а чтобы отчетность выглядела лучше. Сассетти провел во Франции год и пять месяцев, пытаясь вернуть суммы, данные взаймы дворянам и высшему духовенству. Возврат этих кредитов позволил филиалу вновь удержаться на плаву. Но банк Медичи разделил общую судьбу всех итальянских банковских отделений в Лионе. В марте 1484 года правительство Карла VIII запретило вывозить золотую монету в Италию, а также ввозить шелк и предметы роскоши во Францию. Впрочем, филиал продолжал играть важную роль в сношениях Флоренции с королевским двором: так, он вел переговоры с Людовиком XI о предоставлении юному Джованни Медичи аббатства Фондус. Но времена процветания филиала прошли. В марте 1490 года умер Сассетти, вместо него компаньоном стал его тщеславный и бестолковый сын Козимо. После этого дела покатились под гору еще быстрее.

Что касается других отделений банка Медичи, весьма разнообразные операции вел банк, находившийся в самой Флоренции — так называемая «Тавола», то есть «меняльная лавка». У него были большие торговые связи, особенно с Испанией и Левантом, откуда вывозились золото, серебро и другие ценные товары, в том числе шелк-сырец. Но основную прибыль «Тавола» получала от спекуляций с долговыми обязательствами «Монте» — флорентийского городского казначейства: банк покупал их по низкой цене, взимал по ним проценты и выгодно перепродавал. Немало давали и пункты обмена денег, открытые банком.

Во время заговора Пацци ответственность за флорентийское отделение возлагалась на Франческо Нори (он возглавлял лионский банк, но был изгнан из Франции, не сойдясь характером с Людовиком XI). 26 апреля 1478 года он был убит в Санта-Мария дель Фьоре, прикрывая бегство Лоренцо, и это место занял его помощник Лодовико Мази. В 1482 году в управление «Таволой» входили мажоритарные компаньоны Лоренцо и Франческо Сассетти, а с 1484 года также Джованни Торнабуони и Агостино Билиотти. Постепенно и во Флоренции дела пошли на спад.

В 1487 году крупные компаньоны, которым хватало и собственных проблем, вышли из дела, и Лоренцо остался один с мелким компаньоном Джамбаттистой Браччи. В 1494 году, после политического поражения Медичи Браччи пришлось ликвидировать «Таволу», конфискованную республикой вместе со всем состоянием Медичи. Но к этому времени банк Медичи, как и все флорентийские банки, уже утратил свои позиции. Некогда процветавший цех менял практически сошел со сцены.

Положение дел в Неаполе, Милане и Пизе

14 июня 1478 года король Фердинанд объявил о конфискации всей собственности Медичи. Его чиновники арестовали товары на складах в апулийских Трани и Остуни, заняли помещение банка в Неаполе и отобрали кассовые книги. В марте 1479 года после заключения мира произошла реституция, но она не позволила возобновить дела: компромисса с двором достичь не удалось, сомнительные долги не вернулись. Джованни Торнабуони в Риме пришел в отчаяние, когда в 1481 году узнал, что неаполитанский филиал задолжал римскому 10 тысяч дукатов, ведь сам он вложил в этот филиал 7 тысяч и теперь не имел никакой надежды на их возмещение. В 1483 году строгая ревизия счетов показала, что убытки Медичи в Неаполе составили 30 тысяч дукатов. Франческо Нази поручили ликвидировать эту компанию. Нази справился с поручением успешно и даже основал новую компанию со сравнительно скромным капиталом 9500 дукатов, в которой наряду с Лоренцо был главным пайщиком. В 1490 году ей удалось стать прибыльной.