Каждому владельцу «О вращениях» надлежало самостоятельно внести в свой экземпляр книги указанные изменения. Галилей послушно внес их все, возможно, опасаясь проверки со стороны церковных властей. Сам он, будучи в 1616 году в Риме, получил от кардинала Беллармино указание прекратить преподавать и писать о Копернике и подчинился ему. Однако через несколько лет, в 1624 году, новый папа Урбан VIII, человек вроде бы широких взглядов, воодушевил Галилея написать детальное сравнение систем Птолемея и Коперника. Книга Галилея «Диалог о двух главнейших системах мира, Птолемеевской и Коперниковской», изданная во Флоренции в 1632 году, вскоре повлекла обвинения в ереси. Формальный суд инквизиции над Галилеем состоялся на следующий год и завершился его отречением. Затем «Диалог» занял свое место рядом с «О вращениях» в Индексе запрещенных книг. Оба произведения, вызывавшие непрерывные дискуссии и комментарии, оставались в нем на протяжении двух веков.

Осуждение идей Коперника Римской католической церковью, которое бы сильно огорчило католического каноника, доживи он до того момента, вероятно, сделало его книгу более популярной. Всего через год после того, как эдикт 1616 года связал его имя с преступлением ереси, в Амстердаме вышло третье издание «О вращениях» под названием «Возрожденная астрономия». Издателем выступил Виллем Янсзон Блау — уважаемый картограф и изготовитель глобусов, учившийся полгода у Тихо Браге на острове Вен. Николас Мюллер — профессор медицины и математики в университете Гронингена в Нидерландах — написал примечания и комментарии к этому изданию, вышедшему через 74 года после смерти Коперника. За ним последовали многочисленные юбилейные издания, включая выпущенное в 1873 году в Торуни в честь четырехсотлетия со дня рождения там автора. В 1943 году в Турине (Италия) появилось первое факсимильное издание в связи с четырехсотлетием книги. А в 1973 году пятивековой юбилей Коперника вдохновил на создание копии оригинальной рукописи — с чернилами двух цветов на состаренной бумаге ручного черпания, воспроизводившей даже случайные кляксы и помарки. Копии не хватает лишь одной детали — маленькой дырочки от ножки циркуля, которую Коперник оставил в своей рукописи, чертя восемь концентрических кругов на схеме небесных сфер.

В 1970 году, размышляя, как почтить память Коперника в его пятисотлетний юбилей, Оуэн Гингерич из Гарвардского университета задумал уникальный исследовательский проект. Осматривая хранилище редких книг по астрономии в королевской обсерватории Эдинбурга (Шотландия), он наткнулся на первое издание «О вращениях». В отличие от нескольких других экземпляров, которые ему встречались прежде, этот (к его большому удивлению) оказался «испещрен комментариями от начала до конца». Гингерич знал работу Артура Кестлера «Сомнамбулы» об истории ранней астрономии, где тот называл «О вращениях» «книгой, которую никто не читал». Но эдинбургский экземпляр явно читали очень внимательно, даже, можно сказать, изучали. По инициалам, отштампованным на переплете книги, и характерному почерку заметок на полях Гингерич вскоре идентифицировал первого владельца как Эразма Рейнгольда — старшего математика в университете Виттенберга. Именно этот том стал предвестником «Прусских таблиц». Гингерич задался вопросом: сколько других исписанных экземпляров может храниться в научных библиотеках и частных коллекциях по всему миру? «Большая коперникианская погоня», как он это называл, занимала его на протяжении следующих тридцати лет. «Аннотированный список сохранившихся экземпляров первых изданий De revolutionibus Коперника», опубликованный в 2002 году, представляет собой добытые ценой больших усилий описания 277 экземпляров первого издания и 324 — второго. Отыскав копии, принадлежавшие Рейнгольду, Кеплеру, Галилею и многим другим, Гингерич смог с уверенностью заявить, что «О вращениях» читали все.

Если бы кто-то собрал вместе шестьсот с лишним сохранившихся экземпляров XVI века в большом выставочном зале, то эти книги оказались бы совсем не похожи друг на друга, несмотря на одинаковое заглавие и текст. Поскольку в XVI веке книги продавались преимущественно без переплета, каждый владелец сам выбирал переплет из дорогой телячьей или более дешевой овечьей кожи, чаще всего белого, но также черного, красного, алого, коричневого, рыжего, синевато-серого, серого, зеленого, желтого или оранжевого цветов, которой обтягивали переплетные крышки из дуба или картона. Затем на переплеты наносили штампы с инициалами или золотистыми гербами, сцены из Библии, изображения святых или медальоны с Мартином Лютером или Филиппом Меланхтоном. Многие такие обложки когда-то плотно застегивались пряжками с изящными узорами или завязывались кожаными или шелковыми шнурками, в цвет крапчатых обрезов или дополнявших какой-то оттенок раскрашенных форзацев. Даже первые владельцы считали «О вращениях» большой и важной книгой, достойной некоторого беспокойства и расходов. Как Гингерич узнал из нескольких экземпляров, в которых была указана их стоимость, образованные люди платили за нее в Виттенберге и Стокгольме до семнадцати грошей, что примерно вдвое превышало размер семестрового взноса за зачисление в университет.

Широкие поля страниц рассказывают совсем другую историю — летопись интерактивного образования, в котором новая астрономия передавалась из рук в руки, от поколения к поколению. В некоторых экземплярах есть примечания, написанные двумя или даже тремя разными почерками, а иногда целые серии почти идентичных пояснений повторяются сразу в нескольких томах, что свидетельствует о большом влиянии определенных учителей.

Одна из наиболее обильно и основательно снабженных примечаниями копий принадлежала Иоганну Кеплеру и сейчас хранится в университетской библиотеке в Лейпциге. Это первое издание, которым сначала владел Иероним Шрайбер из Нюрнберга, получивший его в подарок от издателя. Дарственную надпись Петреуса все еще можно прочесть на титульной странице (где кто-то зачеркнул слова «небесных сфер»). Эти двое предположительно знали друг друга через Иоганна Шёнера, который преподавал Шрайберу математику, или через Ретика, который был однокашником Шрайбера в Виттенберге, а позже его коллегой на факультете. За четыре года, что Шрайбер владел книгой, пока не умер в возрасте 32 лет, он сделал в ней множество заметок. Он исправил каждую опечатку, отмеченную в списке ошибок, а также все те, которые нашел на оставшихся пятидесяти страницах, не учтенных в списке. Это те же изменения, которые Коперник собственноручно внес в свою рукопись. Вероятно, Коперник слишком поздно передал Петреусу свою окончательную редактуру, и тот не смог ее внести, но Ретик успел поделиться ею с узким кругом друзей. Гингерич обнаружил лишь девять копий «О вращениях» со столь тщательными исправлениями.