Сведения о новых открытиях распространялись быстро и под громкие возгласы одобрения, но Галилей одновременно стал громоотводом для всей той критики, насмешек и ярости, которых страшился Коперник. Отчасти из-за щедрой похвалы Галилея «О вращениях» попала под подозрение Священной конгрегации Индекса — созданного в XVI веке надзорного органа Церкви, запрещавшего книги, которые, по его мнению, угрожали вере или морали.

Коперник предвидел неприятности от «болтунов, считающих себя знатоками астрономии, но совершенно не разбирающихся в этом предмете», которые будут искажать смысл Священного Писания, чтобы осудить его. Ретик тоже ожидал потока клеветы и пытался сдержать его, дополнив положения системы Коперника главами и стихами Библии с искреннего одобрения епископа Гизе. Даже Осиандер, чье анонимное обращение «К читателю» так задело Гизе и Кеплера, вероятно, хотел лишь защитить книгу, списав смелые утверждения Коперника на хитроумные вычислительные приемы. И действительно, как и ожидалось, «О вращениях» практически сразу же спровоцировала гнев религиозных властей.

Папа Павел III, которому была посвящена книга, учредил Священную римскую и вселенскую инквизицию в 1542 году, то есть за год до публикации книги, в рамках кампании по борьбе с лютеранской ересью. Стараниями Ретика или Гизе его святейшество получил экземпляр «О вращениях». Он передал его личному теологу Бартоломео Спина из Пизы — префекту Священного и апостольского дворца. Однако Спина заболел и умер, не успев отрецензировать книгу, и эту задачу передали его другу и брату-доминиканцу Джованни Марио Толосани. В приложении к трактату «Об истине Священного Писания», изданному в 1544 году, Толосани называл покойного Коперника хвастуном и дураком, рискнувшим отойти от веры.

«Соберите людей, сведущих во всех науках, и дайте им почитать первую книгу Коперника о движущейся Земле и недвижимом звездном небе, — бросал свой вызов Толосани. — Несомненно, они обнаружат, что его аргументам не хватает прочности и их легко можно опровергнуть. Ибо глупо противоречить убеждению, принятому всеми очень давно по чрезвычайно веским причинам, если только скептик не использует более серьезные и неоспоримые доказательства, совершенно опровергнув противоположные доводы. О Копернике этого никак нельзя сказать».

Раскритикованная таким образом книга «О вращениях» на время избежала официального осуждения. Однако все работы Ретика, наряду с произведениями Мартина Лютера, Иоганна Шёнера и многих других протестантских авторов, в 1559 году попали в римский «Индекс запрещенных книг». Имя Петреуса в том же году было включено в прилагаемый список запрещенных печатников, что побудило некоторое количество католических фанатиков уничтожить свои экземпляры «О вращениях» из-за их связи с опальным издательством. К счастью, в 1564 году его имя из «Индекса» исчезло. Два года спустя, когда его родственник Петри выпустил свое базельское издание, несколько читателей-католиков покорно вырезали вошедший в него текст «Первого повествования» ножницами и ножами. Некоторые также удалили имя Ретика с титульной страницы, перечеркнув его или заклеив кусочком бумаги.

В протестантских краях, где Индекс не имел никакого веса, «О вращениях» все равно подвергалась нападкам по религиозным соображениям. Поэтому Кеплер отстаивал идею Коперника во вступлении к своей «Новой астрономии» 1609 года. Он утверждал, что Священное Писание то разговорным, то поэтическим языком говорит об обычных вещах, таких как видимое движение солнца в небе, «о которых у него нет цели учить человечество». Учитывая акцент Библии на спасении, Кеплер советовал читателям «считать Святой Дух божественным посланником и воздерживаться от того, чтобы без всякой причины тянуть его в область физического».

Галилей поддержал Кеплера в вопросе интерпретации Библии. «Я считаю, что целью Священного Писания было убедить людей в истинах, необходимых для спасения, — объяснял он свою позицию в 1613 году, — которые не могли бы сделать убедительными ни наука, ни какие-либо другие средства, а единственно голос Святого Духа. Но я не считаю необходимым верить, будто Бог, наделивший нас чувствами, речью и разумом, учил бы нас таким вещам вместо того, чтобы мы сами, с их помощью, познавали устройство природы. Особенно это относится к наукам, о которых в Писании лишь несколько слов, и особенно к астрономии, которой вообще не уделяется внимания, ведь в нем не упомянуты даже названия планет. Очевидно, что если бы священные тексты должны были учить людей астрономии, то они не обошли бы стороной этот предмет».

Галилей сильно расширил свои комментарии два года спустя, в 1615 году, в ответ на слухи о том, что инквизиция планирует внести «О вращениях» в Индекс. Обращаясь к великой герцогине Тосканы Кристине Лотарингской, он указывал на недальновидность такого действия:

«Запретить Коперника сейчас, когда его доктрина ежедневно подкрепляется многими новыми наблюдениями и учеными, читающими его книгу; после того, как это мнение долгие годы допускалось и терпелось, еще не являясь сильно популярным или подтвержденным, было бы, по моему мнению, противоречием истине и попыткой скрыть и подавить ее, обнаружившую себя так ясно и несомненно. Если не уничтожить и не запретить всю его книгу, а лишь осудить как ложные отдельные части, то это нанесло бы (если я не ошибаюсь) еще больший ущерб сознанию людей, поскольку позволило бы им увидеть доказанное утверждение, верить которому считается ересью. А запретить всю науку — едва ли не то же самое, что предать цензуре сотни отрывков Священного Писания, которые учат нас, что слава и величие Всемогущего Бога чудесным образом различимы во всех Его творениях и читаются в открытой книге Небес».

Галилео Галилей, философ и математик при дворе великого герцога Тосканского. Картина Оттавио Леони

Галилей решительно высказался и по поводу Иисуса Навина. Он рассмотрел это чудо сначала с птолемеевской (геоцентрической и геостатичной) точки зрения, а затем заявил, что Вселенная Коперника гораздо больше способна ответить на молитвы Иисуса.

«Теперь давайте рассмотрим, в какой мере верно то, что знаменитый отрывок из Книги Иисуса Навина можно понимать буквально, и при каких условиях день мог быть сильно удлинен в результате исполнения Солнцем данного ему Иисусом приказа остановиться.

В птолемеевской системе это вообще невозможно. Дело в том, что в ней движение Солнца по эклиптике происходит с запада на восток, а значит, оно противоположно направлению движения primum mobile (самой дальней от Земли небесной сферы, которая считалась причиной движения всей системы небес), которая в этой системе вызывает смену дня и ночи. Таким образом, очевидно, что если бы Солнце прекратило собственное движение, то день стал бы короче, а не длиннее. Продлить день можно было бы, ускорив собственное движение Солнца; а чтобы Солнце оставалось над горизонтом некоторое время в одном месте, не клонясь к западу, необходимо было бы подгонять это движение, пока оно не сравнялось бы по скорости с primum mobile. Для этого общепринятую скорость Солнца пришлось бы увеличить примерно в 360 раз. Следовательно, если бы Иисус Навин хотел, чтобы его слова были поняты буквально в их истинном и точном смысле, он бы приказал Солнцу ускорить свое движение так, чтобы движущая сила primum mobile не увлекала его на запад. Но поскольку его слова предназначались для людей, которые, вероятно, ничего не знали о движениях небесных тел, кроме движения Солнца с востока на запад, то он снизошел до их способностей и говорил соответственно их разумению, поскольку намеревался не объяснять им расположение сфер, а лишь показать им величие своего чуда».