Приговоры приводились в исполнение «лицами по указанию председателей троек». Расстрелы следовало осуществлять «с обязательным полным сохранением в тайне времени и места приведения приговора в исполнение». Протоколы с приговорами троек, учётные карточки на осуждённых и следственные дела следовало направлять в Учётно-регистрационный отдел НКВД СССР. Интересно, что на папках со следственными делами ставили штамп «Хранить вечно».

Общее руководство проведением операции возлагалось на заместителя наркома внутренних дел, начальника Главного управления государственной безопасности комкора Μ.П. Фриновского. Операцию следовало начать 5 августа 1937 года и закончить в 4-месячный срок, то есть в начале декабря, именно когда намечалось проведение выборов в Верховный Совет СССР. Таким образом, массовые репрессии явились угрожающим фактором, на фоне которого стала проходить вся избирательная кампания — от выдвижения кандидатов, агитации в их поддержку и до самих выборов. Случайным такое совпадение не назовёшь, поскольку оно явно преследовало вполне определённые, заведомо необходимые её организаторам результаты.

В связи с ожидавшимся наплывом арестованных подготавливалась материальная база, для чего из тюремных камер убирались кровати, а вместо них оборудовались более человекоёмкие двухъярусные нары, приобретался полезный опыт пересылок з/к з/к (так во множественном числе обозначалось слово заключённые) и организации новых исправительно-трудовых лагерей на пустом месте. По всей стране стали выделять специальные зоны, предназначавшиеся для массовых захоронений расстрелянных. Сейчас известны такие места, как Бутовский полигон и район совхоза «Коммунарка» под Москвой, Левашовская пустынь под Ленинградом, Куропаты под Минском, Золотая гора под Челябинском, Быковня на окраине Киева.

Вот так началась страшная полоса в жизни СССР, окрещенная в народе ежовщиной. Массовые репрессии оказались направлены в основном против тех, кому Советская власть только что вернула избирательные права и кто в соответствии со сталинской Конституцией при всеобщих, равных, прямых, альтернативных и тайных выборах мог стать в противовес старой бюрократии депутатом Верховного Совета СССР.

Как вспоминал впоследствии В.М. Молотов, когда под предлогом борьбы с врагами народа в начале массовых репрессий стали убивать сталинских сторонников, вождь озверел. Иосиф Виссарионович вынужден был осознать, что единственным методом обуздания безмерно распоясавшейся, откровенно сопротивлявшейся новой Конституции и фактически начавшей прямой террор против народа партократии является физическое уничтожение тех, кто пытался привязать его к себе прочными нитями совместно пролитой крови. В результате ленинская (точнее, троцкистская) гвардия продолжала попадать под топор ею же спровоцированных репрессий. Уже не прибегая к излишним формальностям, из состава ЦК, КПК и ЦРК (Центральной ревизионной комиссии) за три месяца были выведены 16 первых секретарей, почти сразу арестованных, а затем расстрелянных. В их числе: Воронежского обкома Е.И. Рындин, Красноярского П.Д. Акулинушкин, Саратовского А.Д. Криницкий, СевероОсетинского Г.В. Маурер, Мордовского В.М. Путнин, Винницкого В.И. Чернявский, Татарского А.К. Лепа, Харьковского М.М. Хатаевич, Молдавского В.З. Тодрес, ЦК КП(б) Белоруссии В.М. Шарангович и др. К ним следует добавить кандидата в члены ЦК, второго секретаря Дальне-Восточного крайкома В.В. Птуху и члена ЦК, председателя Центросоюза И.А. Зеленского.

А вот как летом и осенью 1937 года проводились репрессии по обращениям периферийных партийных руководителей в ЦК КВП(б). Первый секретарь ЦК Компартии Узбекистана А.И. Икрамов попросил санкцию московского ЦК на снятие Ф. Хаджаева с поста председателя Совнаркома республики, а в сентябре пленум ЦК КП(б) Узбекистана исключил его самого из партии. Оба руководителя республики оказались вместе на скамье подсудимых и как участники Антисоветского правотроцкистского блока позже были расстреляны в один день. Первый секретарь Омского обкома Д.А. Булатов провёл решение о снятии с работы «за связь с врагами народа» председателя облисполкома Кондратьева. А в октябре сам партсекретарь решением обкома «за игнорирование решений пленумов ЦК и покровительство врагам народа» был снят, потом арестован и расстрелян. По направленной в Москву шифротелеграмме секретаря ЦК КП(б) Казахстана Л.И. Мирзояна председатель Казахского ЦИК Ку-лумбетов был снят, арестован и расстрелян. Через год его судьбу повторил сам Мирзоян. По просьбе первого секретаря ЦК КП(б) Туркмении Анна-Махамедова Политбюро санкционировало снятие с работы, исключение из партии и передачу дел в органы НКВД на председателя Туркменского ЦИК Н. Айтабекова и ряд других работников. Через полтора месяца был репрессирован и Анна-Махамедов. На Украине, несмотря на несогласие московского ЦК, по настоянию первого секретаря ЦК республики С.В. Косиора был снят с работы и исключён из партии председатель СНК УССР П.П. Любченко. Опасаясь ареста, он застрелился.

Помимо центральных партийных органов, большой урон был причинён и правительству СССР. С июля по сентябрь 1937 года были отстранены от занимаемых должностей, а вслед за тем арестованы и расстреляны 6 руководителей: наркомы связи И.А. Халепский, финансов Г.Ф. Гринько, лёгкой промышленности И.Е. Любимов, зерновых и животноводческих совхозов Н.Н. Демченко, председатели комитетов при СНК СССР заготовок И.И. Клейнер, по делам физкультуры и спорта И.И. Харченко. Все они имели много общего: большой партийный стаж, участие в революции 1917 года, служба в Красной Армии во время Гражданской войны и необычайно быстрая карьера в период трудовой деятельности. Наступил черёд рассчитаться и с В.А. Антоновым-Овсеенко за его письмо 1923 года с открытой угрозой отстранить от руководства тогдашнее Политбюро, а также за подозрение в организации троцкистского путча в Испании. Решением Политбюро от 15 сентября 1937 года его отозвали из заграничной командировки в Москву и здесь сразу же арестовали.

В плане продолжения «Операции прикрытия» 11 августа 1937 года нарком Ежов подписал очередной оперативный приказ № 00485, которым начиналась широкая операция по полной ликвидации «фашистско-повстанческой, шпионской, диверсионной, пораженческой и террористической деятельности польской разведки в СССР» и Польской организации войсковой (ПОВ). Из приложенных к приказу материалов было видно, что «подрывная деятельность польской разведки проводилась и продолжала проводиться настолько открыто, что безнаказанность этой деятельности можно объяснить только плохой работой органов ГУГБ и беспечностью чекистов».

Операция проводилась с 20 августа 1937 года силами работников НКВД, и на неё отводилось 3 месяца. При этом планировалось арестовать всех выявленных, а также до сего времени не разысканных активнейших членов ПОВ, всех оставшихся в СССР военнопленных польской армии, перебежчиков, политэмигрантов и политобмененных из Польши, бывших членов польских антисоветских политических партий и «наиболее активную часть местных антисоветских националистических элементов польских районов».

Операцию предписывалось провести в две очереди: сначала арестовать перечисленные выше контингенты, работавшие в органах НКВД, в Красной Армии, на военных заводах, в оборонных цехах, на железнодорожном, водном и воздушном транспорте, в электросиловом хозяйстве всех промышленных предприятий, на газовых и нефтеперегонных заводах. Во вторую очередь подлежали аресту все остальные, работавшие на предприятиях необоронного значения, а также в колхозах, совхозах и учреждениях.