В апреле 1945 года американские солдаты приблизились к баварской столице. Шефер как раз находился в Мюнхене. Он пытался получить деньги, чтобы даже в данной критической ситуации его институт продолжал работу. Его подвело то, что в свое время помогло сделать карьеру. Шефер был офицером СС, а стало быть, «автоматически подлежал аресту». Вскоре в Баварии была установлена новая власть. Замок Миттерзилль перешел в управление некоему Вили Рикмеру. Примечательно, что обширная коллекция азиатских экспонатов и собрание Шефера были почти сразу же вывезены.

Последующие годы Эрнст Шефер провел в лагере для интернированных. Затем его перевели в Нюрнберг, где должен был состояться процесс над немецкими военными преступниками. Шефер не был в числе обвиняемых, но проходил свидетелем по делу Фридриха Флика и других немецких промышленников, которые входили в «круг друзей Генриха Гиммлера». Позже Шефер опишет свое пребывание в заключении в самых мрачных цветах. Во время допросов он изображал из себя «латентного» борца Сопротивления, который при каждом удобном случае пытался (конечно, если позволяли обстоятельства) сорвать планы руководства СС. На «самом деле» он хотел лишь заниматься наукой, но емуприходилось защищать своих сотрудников. В конце апреля 1948 года во время судебного процесса по денацификации Эрнста Шефера квалифицировали как «попутчика», который отбыл свой положенный срок в лагере. Во время процесса на имя судьи пришло множество писем. Их писали приятели и знакомые Шефера. Среди них были и бывшие сотрудники из Миттерзилля и однокурсники по Геттингену. Все они заступались за исследователя, свидетельствуя, что тот с самого начала весьма негативно относился к национал-социализму.

Такая поддержка не оказалась лишней. Дело в том, что во время допросов в Нюрнберге следователи союзников характеризовали Шефера как «скрывающегося под маской науки бесцеремонного германского агрессора и ярого нациста». После войны подобные характеристики были весьма небезопасными. Ситуацию в некоторой мере исправил известный деятель Сопротивления австрийский ученый Генрих фон Фикер, который заверил трибунал в том, что Шефер очень хорошо обращался с посланными из располагающегося близ замка Миттерзилль концентрационного лагеря «толковательницами Библии» (так в Германии в те времена называли «свидетелей Иеговы»). Еще во время своего пребывания в 1946 году в лагере для интернированных Людвигсбург, в котором Шефер находился под именем Германа Кампледера, его бывшие сотрудники Гельмут Хоффман и Фелькмар Вареши добровольно сделали заявление, которое в те времена равнялось показаниям, данным под присягой. Они дали своему бывшему шефу характеристику как «искусному противнику нацизма», который постоянно жил на «вулкане», но, рискуя своей жизнью, все-таки помогал молодым ученым. Во время слушаний комиссии по денацификации было представлено письмо некого Греда Генриха, который до 1939 года проживал в Польше. Автор письма выступал в защиту Шефера, подтверждая, что исследователь использовал свое положение, чтобы спасать его от облав гестапо и СС. Помощь беглецу была оказана, несмотря на то, что они пересекались всего лишь пару раз на берлинской квартире Штреземана.

Определенный как «попутчик нацистского режима» Шефер покинул лагерь 29 апреля 1948 года, в тот же самый день, когда комиссия по денацификации фактически оправдала его. Впрочем, некоторое время спустя данное решение попытались опровергнуть. Но на этот раз Шеферу удалось добиться повторного рассмотрения его дела в Нижней Саксонии, куда он переехал вместе с семьей. Очередное судебное разбирательство закончилось тем, что Шефера классифицировали как «исследователя Тибета», который не может быть ущемлен в правах. Впрочем, суд все-таки признал, что Шефер поддерживал национал-социалистический режим, но из-за уважения к его работам и его имени его отпустили на свободу Суд полагал, что это надо было сделать, даже если бы общественность настаивала на обратном. Впрочем, в данном отношении у Шефера было все спокойно. «Из проверенных источников стало известно, что он оказывал сопротивление СС, помогая личностям, преследуемым по расовым или политическим мотивам».

В целом нет ничего удивительного в том, что Шефер, стремившийся к научной карьере, по оппортунистическим соображениям вступил в СС. Не исключено, что из тех же самых соображений он решил «стать» участником Сопротивления. В письменных источниках, датированных периодом до 1945 года, не сохранилось ни одного документа, который бы мог доказать оппозиционную деятельность ученого.

Опасаясь дальше оставаться в Германии, в 1949 году Шеферу с семьей перебирается в Венесуэлу Правительство этой страны само предложило ему на несколько лет переехать в Латинскую Америку В итоге Шефер поселился в вилле близ бывшего летнего правительственного дворца в парке Ранчо Гранд. Там он в основном занимался изучением мира птиц: в нем наконец-то взял верх орнитолог. Но в своей работе он так и не смог отказаться от «тотального принципа». Он исследовал не отдельные виды птиц, а совокупное влияние экологической среды на животный мир. В 1954 году Шефер, как страстный и умелый охотник, принимал бывшего бельгийского короля Леопольда. Между двумя «бывшими» завязалась дружба. Шефер стал его личным егермейстром. Идиллия длилась недолго. В 1959 году в прессу просочились слухи, что свергнутый немцами в 1940 году со своего престола бельгийский монарх финансирует отставного эсэсовца. Шефер был вынужден покинуть Бельгию, куда он переселился из Венесуэлы, и направился обратно в Германию. У себя на родине он тщетно пытался продолжить свою научную карьеру. Двери университетов оказались для него закрытыми. В итоге до самой пенсии талантливый исследователь должен был подрабатывать смотрителем естественно-научной экспозиции в земельном музее Ганновера (Нижняя Саксония). Он неоднократно пытался вырваться из нищеты, накануне своей кончины публикуя книги о Тибете, но все они не пользовались особой популярностью. О нем начинали забывать. С Шефером даже не считали нужным вступать в дискуссии об обстоятельствах тибетской экспедиции СС 1938–1939 годов, об «Аненэрбе» и об Институте Свена Хедина. Во многом все публикации были окутаны романтическим ореолом, который был присущ всем авантюристам. Со временем специалисты начали находить в его заметках и публикациях огромное количество интересных этнографических деталей. По мере того как удалялись ужасы войны, имя Шефера все прочнее и прочнее входило в мировую тибетологию.

Другим сотрудникам отдела Шефера все-таки посчастливилось продолжить свою научную карьеру. Так, например молодой исследователь Гельмут Хоффман, занимавшийся в замке Миттерзилль проблемами языкознания, после войны стал едва ли не идеалом германской тибетологии. Бруно Бегер благодаря супруге Шефера Урсуле смог некоторое время избегать ареста. В 50-е годы он попытался вернуться к исследованию Азии. Но его репутация мешала продолжить научные изыскания едва ли не до 60-х годов. Но все же Бегеру в отличие о Шефера удалось сделать хоть и не блестящую, но научную карьеру. Отношения бывших участников тибетской экспедиции СС до конца жизни оставались натянутыми. Оба они заочно обвиняли друг друга, но по соображениям безопасности не выносили свои споры на публику. В то время как Шефер работал в Венесуэле, Бруно Бегер, поддерживаемый своим учителем Людвигом Фердинандом Клаусом, в 1952 году (то есть всего четыре года спустя после выхода из лагеря) в Бонне смог убедить Министерство внутренних дел в необходимости продолжения исследования Тибета. Во время «обследования» американцами замка Миттерзилль в США было вывезено несколько тысяч уникальных экспонатов: книг, рукописей, ритуальных предметов, утвари, одежды и т. д. Стараниями Бегера часть этих тибетских находок была возвращена в Германию. Сейчас они большей частью находятся в Мюнхенском музее этнографии и в Баварской государственной библиотеке (если речь шла о книгах и манускриптах). После возвращения из США многие эти предметы были в удручающем состоянии. Для их консервации и реставрации надо было срочно создавать «тибетский институт». В данных условиях Министерство внутренних дел стало наводить справки о работах, проходивших в рамках Института исследования Центральной Азии имени Свена Хедина. Многие ученые стали предостерегать чиновников от поддержки Бруно Бегера, так как «речь могла идти о возрождении национал-социалистической науки». Прошло много лет, прежде чем Бруно Бегер попал на скамью подсудимых. Его посадили в тюрьму в 1970 году за пособничество убийствам в Освенциме. Но ирония судьбы заключалась в том, что Бруно Бегер намного пережил своего бывшего начальника Эрнста Шефера, который скончался в 1992 году