Многие полагали, что все могло поменяться в одночасье. В любом случае, первая фаза планирования подошла к концу, а потому ожидалось, что в ближайшие месяцы (желательно до наступления зимы) экспедиция должна была начать свой путь. В конце сентября Бегер в одном разговоре сказал, что «все готово, надо было только дождаться соответствующего приказа». Четыре недели спустя тот же самый Бегер писал в письме Эндресу, что экспедиция «выдвинется где-то после Рождества». Днем ранее, 23 октября 1942 года, Шефер был вызван Гиммлером. Во время встречи, как и стоило предполагать, обсуждалась подготовка к кавказской экспедиции. Шефер обращал внимание рейхсфюрера СС на то, что его группа наполовину укомплектована венгерскими фольксдойче, а потому для поддержания дисциплины ему требовалось несколько унтер-офицеров или младших чинов СС. Вечером того же дня Шефер сообщил Бегеру, что кавказское предприятие начнется в декабре 1942 года.

Однако и Шефер, и его сотрудники напрасно ждали приказа о выступлении. С каждый днем им становилось все очевиднее, что запланированная экспедиция срывается. Гиммлер не мог себе позволить послать столь важных для него людей в регион, где шла ожесточенная Сталинградская битва. Более того, на юге России в срочном порядке стали сворачивать свою детальность и все остальные зондеркоманды, которые грабли музеи, архивы и институты. 4 февраля 1943 года Гиммлер сообщил Шеферу о том, что экспедиция на Кавказ откладывается: «Уважаемый Шефер! Из сводок Вермахта и прочих источников Вы наверняка знаете, каково наше нынешнее военное положение. А потому я полностью исключаю возможность, что в ближайшие месяцы Ваша экспедиция может отправиться в путь. По этой причине я отдал приказ главному управлению СС не распускать «Зондеркоманду Кавказ», а использовать ее в каких-нибудь других целях. Поддерживайте постоянные связи с членами команды, чтобы они могли в случае необходимости в предельно сжатые сроки начать новую операцию». Не упоминая ни словом Сталинград, Гиммер возлагал всю ответственность за срыв экспедиции на сложившуюся военную обстановку. Даже если и делались намеки относительно последующего возобновления деятельности «Зондеркоманды К», то это было всего лишь попыткой скрыть тот факт, что в своих научных притязаниях рейхсфюрер СС потерпел поражение.

Впрочем, подобное решение Гиммлера не стало неожиданностью. Еще 20 января 1943 года в Главном управлении СС в Берлине Шеферу сообщили, что по решению рейхсфюрера СС дата начала экспедиции переносилась на неопределенный срок. «Выезд на Кавказ вряд ли возможен в обозримом будущем». Но при этом руководство СС приказывало сохранять команду для выполнения кавказской миссии, для которой в будущем предполагалось выделить подразделения дивизий СС «Гогенштауфен» и «Фрундсберг».

Уже в январе 1943 года, буквально накануне приказа Гиммера, Шефер сдал командование «Зондеркомандой К». По-видимому, он уже получил некие распоряжения не продолжать подготовку к экспедиции. Шефер и Бегер очень болезненно восприняли крушение своих планов. «С таким трудом составленная команда фактически распускалась в момент, когда все было готово для начала экспедиции». В разговоре в Эгоном Форауэром, служащим Имперского министерства оккупированных восточных территорий, Бегер выказывал глубокое разочарование, которое было характерно почти для всех сотрудников «Аненэрбе». Бегер с грустью говорил, что «нынешнее положение на фронте, к сожалению, поставило крест на планах, которые вынашивались целое десятилетие».

Сложно сказать, верили ли сотрудники «Наследия предков» в то, что данный проект будет когда-то возобновлен. Если они и высказывали подобную мысль в переписке, то это было всего лишь желанием верить в победу Германии. Возможности повторного «освобождения» Кавказа немецкими войсками активно обсуждались в «Аненэрбе» едва ли не до мая 1943 года. В официальной переписке говорилось об оперативных мероприятиях, которые позволили бы стартовать экспедиции в считаные дни. Но отказ Гиммлера от кавказской экспедиции вновь поставил перед многими сотрудниками «Наследия предков» вопрос: что можно было сделать, чтобы избежать призыва в действующую армию? Многие из них реально опасались, что, невзирая на некое привилегированное положение в СС, их пошлют на фронт. Опасения оказались не напрасными.

Шеферу удалось избежать призыва в силу двух причин. Он решил придерживаться в данном вопросе очень хитрой тактики. С самого начала ему было понятно, что он не сможет обеспечить «бронь» всем своим сотрудникам. По этой причине на следующий день после получения письма от Гиммлера он пишет ответное послание. В нем Шефер говорил: «Я благодарю Вас за то, что Вы поручили мне руководить оставшимися членами «Зондеркоманды Кавказ». В течение многих дней мне не давала покоя мысль, что множество молодых энергичных людей находятся без дела. От всей души благодарю Вас, что могу использовать этих людей в случае, если проект будет возобновлен». А вот с выделенными для экспедиции солдатами Шефер мог расстаться без лишних колебаний. Он пытался без лишней на то необходимости не использовать свои связи.

В качестве второго пути для продолжения своей исследовательской деятельности Шефер избрал достаточно вольную, но в то же время дословную трактовку приказа Гиммлера. Он решил прикрыться наименованием своей рабочей группы «Зондеркоманда К». Даже если кавказская экспедиция не могла состояться в силу поражения немецких войск в Сталинграде, то это вовсе не означало прекращения деятельности самой команды. При каждом удобном случае Шефер мог сослаться на тайный проект рейхсфюрера СС Действительно, Гиммлер приказал прекратить подготовку к кавказской экспедиции, но он не распускал саму «Зондеркоманду К». Шефер мог продолжать заниматься расовыми или техническими изысканиями. И те и другие попадали под определение «тайного задания» Гиммлера.

В итоге, после повальной мобилизации сотрудников гуманитарных отделов «Аненэрбе», центром исследовательского общества СС стал замок Миттерзилль в Пинцгау. При этом возглавляемый Шефером Институт исследования Центральной Азии имени Свена Хедина использовался им только для продолжения академической карьеры, что также позволяло в определенной мере продолжать исследования. После открытия в январе 1943 года Института Свена Хедина Шефер был постоянно привлечен к таким мероприятиям, как чтение лекций или ведение семинаров. Примечательно, что отмена кавказской экспедиции и основание в Мюнхене нового института происходили почти одновременно. Возможно, это было не простым совпадением. Шефер уже давно вынашивал планы о создании собственной исследовательской структуры. Но в глаза бросается тот факт, что он активизировал пропаганду собственных достижений именно в тот момент, когда под угрозой оказалась дальнейшая деятельность «Зондеркоманды К». Показ фильма Свену Хедину, равно как и само появление шведского путешественника на открытии мюнхенского института, вызвали большой резонанс. Шефер надеялся, что, грамотно организовав работу с общественностью, он мог избежать повальной мобилизации среди сотрудников его отдела.

Но когда выяснилось, что «Зондеркоманда К» была распущена не полностью, а Шефер и Бегер получили от Гиммлера своего рода карт-бланш на осуществление дальнейших исследований, то Шефер более не мог (да, наверное, и не хотел) быть связанным Мюнхенским университетом. В летнем семестре он должен был читать студентам курс лекций «Евразийская зоологическая топография». Но буквально накануне начала нового учебного семестра Шефер обращается к декану естественнонаучного факультета Мюнхенского университета с просьбой освободить его от чтения лекций. В своем заявлении он привел следующее обоснование: «В настоящее время наряду с исследованиями в институте Свена Хедина я выполняю поручение рейхсфюрера СС по подготовке экспедиционной группы из состава «Зондеркоманды К». Выяснилось, что как руководитель данной команды я буду обязан пребывать в месте подготовки экспедиционной группы (Габахталь — Зальцбург). Поступление на службу в Вермахт не позволит мне прочесть запланированный на летний семестр курс лекций. Поэтому прошу Вас, господин декан, освободить меня от данных учебных мероприятий». Вообще не удалось выяснить, читал ли действительно Шефер лекции в Мюнхенском университете или только собирался сделать это по конъюнктурным соображениям. На допросах после войны он утверждал, что чтение лекции осуществлялось непосредственно в замке Миттерзилль. В мае 1944 года из-за массированных бомбардировок баварской столицы центральные офисы Института исследования Центральной Азии имени Свена Хедина окончательно переносятся в этот замок. В итоге Шеферу так и не удалось сделать университетскую карьеру, о которой он мечтал всю жизнь.