Тем временем арабы продолжали свое победное шествие по византийским владениям, захватив к лету 638 г. все земли к западу от Евфрата. Завоевателям покорились выдающиеся экономические и культурные центры ромейского востока – Халеб (Алеппо), Иераполь, Антиохия, Тир, Сидон, Берит (Бейрут). Большинство городов сдавались добровольно, подписывая договоры о «неприкосновенности их жизни, их имущества, их церквей и крестов». Важную роль в добровольном подчинении местного населения мусульманам играл тот факт, что устанавливавшиеся арабами нормы налогообложения были существенно меньшими (по крайней мере, на первых порах), чем существовавшие до этого византийские.

Знаковым стало покорение Иерусалима, бывшего ключевым религиозным центром одновременно иудеев и христиан. Поскольку ислам вобрал в себя множество элементов этих религий, не менее важным он был и для мусульман. Принимать капитуляцию столь значимого города явился лично халиф Омар, который находился в то время в Сирии. В 637 г. он въехал в город верхом на верблюде, поразив всех присутствовавших простотой и бедностью своих одежд – у великого халифа была лишь одна шерстяная рубашка. Халифа лично встречали патриарх Софроний и некий правитель города батрик (патрикий), которые провели его по всем местным святыням, показав, в том числе, и развалины ветхозаветного храма. Здесь Омар заложил мечеть, получившую название Масджид ал-Акса (Дальняя мечеть).

Не остановили продвижение арабов ни предпринятая императором Ираклием бывшая поначалу успешной высадка десанта на Финикийском побережье, ни пандемия чумы, унесшая жизни тысяч арабов, ни «год пепла» – 639-й, поразивший страшной засухой саму Аравию. От чумы, особенно свирепствовавшей в военном лагере арабов под Эммаусом (Амавасом), умерло около 25 тысяч воинов, в том числе многие участники битвы при Ярмуке – как простые воины, так и знаменитые военачальники Халид ибн-ал-Валид, Абу-Убейда ибн-ал-Джаррах, Шурахбиль-ибн-Хасан и другие. Это дало призрачную надежду одержать победу над воинством мусульман, но она оказалась ложной.

После 639 г. наступила очередь Северной Месопотамии (ал-Джазиры), византийской Армении, покоренный царь которой вынужден был поставлять арабам вспомогательные силы, хотя и при условии, что они не будут использованы против византийцев, и, наконец, житницы столицы Византийской империи Константинополя – Египта. 12 декабря 639 г. полководец Амр ибн-ал-Ас с небольшим отрядом арабской конницы в 3,5–4 тысячи всадников вторгся в Египет и осадил город Пелусий (ал-Фарама). До этого ему без боя сдалась пограничная крепость Ринокорура. Пелусий также вскоре был захвачен в начале 640 г., продержавшись всего около месяца. Показательно, что, покидая взятый город, Амр приказал разрушить его стены, поскольку опасался, что ромеи, вновь восстановив контроль над ним, могут отрезать для полководца-авантюриста, отправившегося на завоевание огромной страны с горсткой воинов, все пути для отступления или получения подкреплений. Оставить же даже 200–300 воинов для охраны Пелусия Амр не мог – даже такое незначительное число было весомым в его немногочисленном войске.

Развивая успех, арабы разбили нескольких византийских полководцев – Иоанна Варкайна, Мариана, – войска которых не отличались высокой боеспособностью и годились разве что для подавления крестьянских восстаний. Местное население, исповедовавшее преследовавшееся в Византии монофизитство, массово переходило на сторону завоевателей. Против захватчиков выступил префект августал Нижнего Египта Феодор, организовавший узел обороны в мощной римской крепости Вавилон (Баблийун или Бабалийун арабских источников) в районе современного Каира. Вавилон был весьма серьезным укреплением – его стены из перемежавшихся рядов обожженного кирпича и камней возвышались на 18 метров, двое ворот города выходили к Нилу, а сам он был связан понтонным мостом с речным островом ар-Рауд. Речное сообщение давало возможность получать припасы и подкрепления, что делало взятие крепости измором практически невозможным.

В июле 640 г. Феодор попытался сразиться с захватчиками и вышел из крепости. К тому времени арабы уже дважды получили подкрепления по 4–5 тысяч воинов и смогли, скрыв часть своих отрядов, выманить префекта на открытое пространство, ударив затем по нему из засады. Византийскому полководцу пришлось спешно отступить назад в крепость, ничего не выиграв, однако и Амру занять важный в стратегическом отношении Вавилон не удалось. Взять его арабам, захватившим к тому времени Файюм и Сиут, удалось лишь в начале апреля 641 г.

Тем временем, пока Вавилон еще держался, александрийский патриарх Кир попытался откупиться от арабов, получив взамен гарантию безопасности Египта. В источниках называют разные суммы контрибуции, однако важно другое: Ираклий, узнав о попытках Кира договориться с мусульманами, отозвал его в Константинополь, обвинил в государственной измене, пытал и бросил в темницу. Плата арабам, естественно, не пришла, и те возобновили военные действия, разоряя страну.

После смерти императора Ираклия 11 февраля 641 г. Кир был выпущен на свободу и направлен в Египет с целью заключить с мусульманами мир при условии, что дальнейшее сопротивление уже невозможно. Вот как описывает происходившее византийский хронист Феофан: «Кир, придя в лагерь сарацинский, оправдывался, что он невиновен в нарушении условий, и если они хотят, то он утвердит клятвой первое соглашение. Но сарацины не согласились и отвечали епископу: “Можешь ли ты сожрать этот огромный столп?” Он отвечал: “Это невместно”. Они сказали: “И нам невместно отступить из Египта”».

8 ноября 641 г. был заключен весьма тяжелый для византийцев мирный договор, состоявший из восьми пунктов, в соответствии с которыми, стороны условливались о прекращении военных действий и перемирии до 28 сентября 642 г. Александрийцы должны были выплатить дань в размере двух динаров с каждого мужчины и предоставить 150 воинов и 50 мирных жителей в качестве заложников под гарантии соблюдения мира. Взамен арабы обещали сохранность церквей и невмешательство во внутренние дела христиан, а также позволяли проживать в городе евреям. Через одиннадцать месяцев византийская армия должна была покинуть город по морю и не возвращаться. Особо оговаривалось, что ромейское войско, отступающее по суше, обязано было выплатить дань за месяц.

Вряд ли византийцы собирались соблюдать столь невыгодный для них мирный договор. Видимо, заключая его, патриарх Кир рассчитывал выиграть время, откупиться прямо сейчас, а затем разорвать условия договора, накопив собственные военные силы либо получив подкрепления. Арабы, появившись в декабре 641 г. под стенами Александрии и получив дань, спокойно ушли, выполняя свою часть договора. Они даже позволили дополнить его еще одним положением – о беспрепятственном возврате беженцев из города в места их постоянного проживания, что позволило александрийцам освободиться от бремени по их содержанию и стабилизировать обстановку.

Византийцы, таким образом, получили время собраться с силами, однако воспользоваться им не смогли. Арабы завершили завоевание Египта и начали обустраивать постоянный военный лагерь ал-Фустат (буквально «лагерь») в районе покоренного Вавилона. 17 сентября 642 г. префект августал Феодор оставил Александрию и отплыл на Кипр, а 22 сентября войска Амра заняли Александрию. Местное монофизитское население, несмотря на грабежи и налоговый гнет, в итоге положительно отнеслось к мусульманам, избавившим его от преследований со стороны византийцев-ортодоксов. Епископ Иоанн Никиусский писал, упоминая о тяготах, понесенных народом со стороны завоевателей: «И все же Бог в своей великой доброте посрамил тех, кто нас мучил, дал восторжествовать своей любви к людям за грехи наши и изничтожил злые козни наших притеснителей…» Мысль о том, что «Бог мести послал арабов, чтобы освободить нас от жестокости ромеев», была широко распространена в народе.