Когда возникла идея назначить Боливара верховным главнокомандующим военной экспедиции в Венесуэлу, многие выступили против. Но Брион поддержал кандидатуру Боливара. Без кораблей Бриона эта экспедиция в Венесуэлу не могла бы состояться. Подготовка к отплытию шла медленно и неорганизованно. На семи судах должно было отплыть триста человек, туда же погрузили снаряжение и артиллерию. Взяли с собой и многих офицерских женщин. Боливар был возмущен тем, что ему не позволили дождаться верную Хосефину Мачадо, сеньориту Пепа, и ее мать, которые хотели присоединиться к экспедиции.

В марте 1816 года экспедиция начала свой путь в Венесуэлу. Надев парадный мундир, Боливар произнес торжественную речь перед своими солдатами, сравнив их со спартанцами. Главные противники Боливара — Монтилья и Бермудес остались на острове. Позднее Монтилья уехал в Соединенные Штаты.

Небольшая флотилия Боливара достигла острова Маргарита, контролируемого Арисменди. Там он вновь провозгласил Венесуэлу независимой, а затем, набрав еще немного рекрутов, отправился на материк. Боливар захватил порт Карупано всего за два часа, не потеряв при этом ни одного солдата. Мариньо и Пиар были посланы на восток, чтобы обеспечить поддержку экспедиции. Вскоре они поняли, что местные жители враждебно к ним относятся и скрываются в глубине материка. Мариньо и Пиар решили не возвращаться под командование Боливара и последовали за ними. Боливар прибыл в небольшой порт Окумаре, за Гуайрой. Он надеялся, что сможет нанести удар в тыл испанцев.

Боливар отправил большую часть своих людей под командованием Сублета и Макгрегора в глубь материка, но они оказались отрезаны основными силами испанской армии, прибывшей в Валенсию. Когда это стало известно, корабли вышли в море, оставив Боливара с небольшой группой солдат, снаряжением и оружием. Агент-провокатор по имени Алсуру распространил слух, что Боливар побежден. Но в последний момент его все же подобрал небольшой корабль. На нем Боливар отправился на восток, подальше от армии Морильо. В Ла-Гуайре Боливар намеревался объединиться с Мариньо.

Сублет и Макгрегор, хотя и оказались в изоляции, все-таки сумели избежать ловушки. Пройдя сотни миль, они объединились с Пиаром, который на востоке рекрутировал отступивших главарей льянерос. Макгрегор одержал победы над Моралесом в Арагуа, над Себастьяном-де-лос-Плейесом и Кебрада Хондой при Ла-Виктории. Затем он объединился с Пиаром в Барселоне. После победы при Хункале они поссорились, и Макгрегор покинул страну.

Вместо того чтобы отправить Хосефину и ее мать в Гуирию, Боливар, совсем не веривший в свой успех, отправил их на корабле на север. Он решил, что так будет безопаснее. Прибыв в Гуирию в августе в надежде объединиться с войском Пиара, Боливар узнал, что с Гаити приехал Бермудес, который настраивает против него Мариньо и распространяет слухи, будто Боливар хочет сдать Гуирию испанцам. На улицах собрались толпы народа. Люди кричали: «Долой диктатора!», «Смерть Боливару!» Он пытался объясниться, но на него обрушился град камней. Боливар вынужден был ретироваться на побережье. Бермудес хотел захватить Боливара, но тот скрылся на корабле. Разгневанный Бермудес собрался прыгнуть за ним в воду, но его удержал один из его офицеров, а толпа все швыряла вслед камни.

Боливару уже в четвертый раз пришлось с позором покидать материк. На этот раз он был обманут своими же офицерами. Операция по завоеванию Венесуэлы была не продумана и не имела четкого плана. «Банда преступников, — с презрением писал об этом Моралес, — поверившая в то, что ей принадлежит Венесуэла, рассеялась как дым». Униженный своими же сторонниками, Боливар вовсе пал духом. Этот великий человек рисковал своей экспедицией только ради того, чтобы любовница успела присоединиться к нему. Он потерял уважение своих сторонников и уже не представлял угрозы для врага.

Предвидя гнев Петиона, Боливар прибыл на Гаити, но был на удивление тепло принят. Петион и Сатерленд даже предложили финансировать новую экспедицию, но Боливар больше не желал рисковать репутацией. Брион, прибывший со своим небольшим флотом, уговаривал Боливара попробовать еще раз. Арисменди с острова Маргарита умолял его сделать это. Группа местных повстанческих лидеров направила к Боливару своего эмиссара Франсиско Сеа с просьбой вернуться. Сеа также встретился с Петионом и сказал ему: «В Венесуэле еще есть настоящие патриоты. Страна живет надеждой, но человек, способный превратить эту надежду в реальность, покинул ее. Армия обратила свой взор на генерала Боливара».

31 декабря 1816 года Боливар вернулся в Барселону. Тогда он еще не знал, что больше никогда не покинет материк. Он объявил себя главнокомандующим и объединил свои войска с партизанской армией Сарасы. Вместе они двинулись на Каракас. Войско дошло до Кларинеса, но было обстреляно артиллерией и вернулось в Барселону.

В отчаянии Боливар обратился с письмом к своему давнему противнику Мануэлю Пиару, он писал, что возникла опасность сдачи Барселоны врагу. Однако Пиар вовсе не желал помогать Боливару. Он даже хотел, чтобы Боливар проиграл. Тогда Пиар смог бы занять место Освободителя. Один из современников оставил описание Пиара: «Молодой, среднего роста, с воинственным выражением лица, храбрый, импульсивный, действует не задумываясь, у него четкие представления о вещах, держится надменно, у него до такой степени свирепый характер, что иногда ему приходится извиняться перед подчиненными, которых он оскорбил». Говорили, что Пиар — незаконный сын одного из креольских аристократов, а несчастный Мануэль Рибас, обезглавленный два года назад, — его брат по отцу. Возможно, из-за этого Пиар ненавидел Боливара. Он считал, что в поражении, которое привело к смерти его брата, повинен именно Боливар. Относительно происхождения Пиара ходили и другие слухи. Некоторые считали его незаконным сыном бразильского принца Карлоса де Брагансы, другие говорили, что Пиар — отпрыск знатного венесуэльца и чернокожей рабыни.

Итак, Пиар решил оставить Боливара на произвол судьбы. Огромная армия Морильо приближалась к Барселоне. Из Пуэрто-Кабельо вышла флотилия. Она должна была отрезать Боливару путь к отступлению через море. Испанцы атаковали, и Боливар со своими людьми отступил к центру Барселоны. На улицах города завязались рукопашные бои. Барселона вновь была разрушена и усеяна трупами.

Когда по приказу Мариньо на помощь подошла армия под командованием Бермудеса, который также был настроен против Боливара, казалось, что битва уже проиграна. Мариньо опасался, что падение Барселоны неизбежно приведет к сдаче Куманы — цитадели, где он сейчас находился. Бои приобрели еще более ожесточенный характер. Постепенно патриоты стали теснить испанцев и в конце концов выбили их из города.

Боливар на коне подъехал к Бермудесу и со словами: «Я хочу обнять Освободителя» — распростер объятия. Простодушный и эмоциональный увалень Бермудес охотно обнялся с Боливаром, но пока оставался верным Мариньо.

Боливар попал в трудное положение: испанские войска в несколько раз превосходили его собственные, и к тому же они постоянно получали подкрепление. Путь вперед был закрыт. От моря Боливар также был отрезан. Единственным выходом было объединение с войсками Пиара в горах Гайаны, но Боливару не очень хотелось делать это. Он опасался своего давнего недруга.