Ожесточенные бои в районе Красногвардейска (Гатчины) продолжались с 9 по 18 сентября. Войска 42-й армии вынуждены были отойти на новый оборонительный рубеж Лигово — Пулково. Отход войск прикрывался железнодорожными батареями № 20, 21, 22, 23, 24 и двумя бронепоездами. Дальнобойной морской артиллерии, предназначенной для поражения удаленных целей, нередко приходилось вести огонь но ближним целям — танковым и пехотным колоннам, поражая их прямой наводкой.

6 сентября вступила в бой батарея «А», занимавшая позицию в районе Дудергофа, прикрывая передний край но Гатчинскому шоссе. Артиллеристы уничтожили до 20 танков и большое количество пехоты. 13 сентября немцы ворвались на огневую позицию. Моряки взорвали уцелевшие орудия и отошли.

4 сентября Ленинград впервые подвергся артиллерийскому обстрелу, а 8 сентября немецкая авиация совершила первый налет на город. Когда после 10 сентября германские войска вышли к Финскому заливу в районе Стрельны — Петергоф, под воздействие их артиллерии попал Морской канал — главная коммуникация между Кронштадтом и Ленинградом. 8 сентября немецкие войска завершили окружение Ленинграда.

В начале сентября обстановка вокруг Ленинграда сложилась настолько критической, что руководители его обороной не исключали возможность сдачи города. Был подготовлен план уничтожения всех важных объектов города — заводов, вокзалов, мостов, телеграфа и т.д. Корабли Балтийского флота также подлежали уничтожению.

Нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов вспоминал: «Сталин считал положение Ленинграда исключительно серьезным. И, прохаживаясь по кабинету, опять задал мне несколько вопросов о составе Балтийского флота.

— Ни один боевой корабль не должен попасть в руки противника, — сказал он.

— Составьте телеграмму командующему и отдайте приказание, чтобы все было подготовлено на случай уничтожения кораблей» (Н.Г. Кузнецов. На флотах боевая тревога С. 78).

Был разработан план уничтожения кораблей и судов, которые должны были своими корпусами перегородить подходной фарватер к Кронштадту, его рейды, ворота его гаваней, Морской канал, Ленинградский морской порт, акваторию Невы и притоков.

Этот план был утвержден 13 сентября директивой Ставки ВГК, отправленной за подписью Б. Шапошникова и Н. Кузнецова Военному совету Ленинградского фронта.

На основе директивы была составлена «Таблица по распределению корабельного состава по закупорке гаваней, фарватеров и рейдов». Согласно ей, на подходах к Кронштадту с запада предполагалось затопить две группы кораблей: эсминцы «Стойкий» и «Сильный» у банки Олег (западная оконечность Котлина), крейсер «Киров», эсминцы «Сметливый» и «Стерегущий» — на входе на Большой Кронштадтский рейд. Линкор «Октябрьская Революция», базовые тральщики и транспорты должны были перегородить проход между Котлином и Кроншлотом. В самом Кронштадте заградитель «Марти» топился поперек Лесных ворот (вход в Среднюю гавань), «Урал» — Западных (вход в Купеческую гавань), плавбаза «Иртыш» — Военно-почтовых ворот (вход в Купеческую гавань), учебный корабль «Курсант» и транспорт «Леваневский» — Ряжевых.

У входа в гавань Ораниенбаума должны были затонуть крейсер «Аврора» и гидрографическое судно «Базис». Лидер «Ленинград» и эсминец «Грозящий» планировали уничтожить у входных буев Морского канала. Северо-восточнее Кронштадта на северном фарватере между фортами № 4 и № 5 затапливались транспорты «Берута», «Артуза», «Минна» и спасательное судно «Сигнал». Линейный корабль «Марат» планировалось затопить поперек закрытой части Морского канала. В средней части канала поперек должен был встать плавучий док и транспорт «Иосиф Сталин».

В Ленинградском морском порту должны были затонуть крейсера «Максим Горький», «Петропавловск», учебное судно «Комсомолец» и три крупных транспорта. Остальные корабли и суда подлежали затоплению там, где их застанет приказ, но при этом они должны были затонуть поперек русла реки.

Но об этом плане знал только узкий круг командиров соединений и кораблей. Моряки продолжали сражаться, несмотря на критическое положение.

В связи с создавшейся обстановкой рождались различные, порой самые фантастические, предложения. Так, например, предлагалось крейсеру «Киров» прорваться в Атлантику для перехода на Север. Командиры бригад подводных лодок предложили Военному совету флоту идею прорыва подводных лодок на Северный морской театр. Но все эти предложения были отклонены высшим командованием Наркомата ВМФ.

Во второй половине сентября бои за Ленинград, казалось, достигли кульминации. Руководству города и фронта, а вместе с ними и КБФ, иногда казалось, что германские войска вот-вот перешагнут городскую черту.

К 27 сентября положение под Ленинградом стабилизировалось, и план уничтожения кораблей был «сдан в архив».

С выходом противника на южное побережье Финского залива создалась реальная и непосредственная угроза активных десантных операций против острова Котлин. Создается сухопутная и противодесантная оборона по плану, утвержденному ВС КБФ 7 сентября 1941 г. Принимались меры по укреплению обороны Кронштадта с юго-восточного направления. Это должно было позволить более действенно поддерживать огнем войска на Ораниенбаумском плацдарме и успешнее вести контрбатарейную борьбу с настолово-беззаботинской группировкой артиллерии гитлеровцев. В течение сентября — ноября 1941 г. в Кронштадте установили десять батарей среднего и крупного калибров. Вошли также в строй несколько батарей среднего калибра в Ижорском УС.

После того, как немецкие войска перерезали железные дороги, связывающие Ленинград с остальной страной, город, фронт, а также и флот стали испытывать недостаток в продовольствии, боезапасе и топливе. 4 сентября Главнокомандующий Северо-Западным направлением подписал приказ, в котором говорилось: «В связи с тем, что общие запасы боеприпасов для тяжелой морской артиллерии ограничены, а также во избежание преждевременного износа материальной части прекратить расточительный расход боезапаса». Теперь орудия 180-мм и большего калибра могли использоваться только по тяжелым батареям и скоплениям танков, 152-мм орудия — по батареям противника, группам танков и оборонительным сооружениям, 100 — 130-мм — по скоплениям пехоты. Приказом были также назначены нормы среднего расхода боезапаса при стрельбе морской артиллерии по сухопутным целям

Стрельба морской артиллерии с полной скорострельностью могла вестись не более 2 минут. При необходимости длительного обстрела цели допускается следующая скорострельность орудий: 356- и 305-мм — 1 выстрел в 15 мин., 180-мм — 2 — 3 орудийный залп в 15 мин., 100 — 130-мм — 1 залив 15 мин.

Уже с 10 сентября 1941 г. решением ВС КБФ среднесуточный отпуск бензина был ограничен и составлял для бригады торпедных катеров 2 т, для ОВРа — Ют (полный запас топлива «малого охотника» типа МО-4 — 6 т).

7 сентября наступавший с юго-западного направления противник вошел в зону огня корабельной артиллерии. В этот день открыли огонь крейсера «Максим Горький» и «Петропавловск» (немецкие пушки обрушили на немецкие войска снаряды, изготовленные в Германии). С 7 по 17 сентября, в наиболее критические дни напряженных боев, они систематически обстреливали наступавшие вражеские войска в районе Красное Село, Тайцы. 9 сентября линкор «Марат» открыл огонь главным калибром, а через шесть дней — противоминным (120-мм). Стрельбы по наступающим войскам противника велись ежедневно, по нескольким целям, и ежесуточный расход 305-мм выстрелов достигал 177.