Но недолго Кронштадт оставался глубоким тылом. Уже 26 июня привели изувеченный взрывом крейсер «Максим Горький», затем эсминцы «Сторожевой» с оторванным носом, «Карл Маркс» с разрушенной кормой. 2 июля в Кронштадт пришли из Таллина линкор «Октябрьская Революция», минный заградитель «Урал», несколько вспомогательных судов. Вскоре Кронштадт, бывший тыловой базой, окажется на переднем крае боевых действий.

В начале июля, неся значительные потери в живой силе и технике, войска группы армий «Север» захватили Литву, Латвию и часть Эстонии и вышли на линию Пярну, Выхма, Тарту, Псков, Опочка. Создалась угроза прорыва гитлеровцев к Ленинграду.

Силы флота включились в оборону Ленинграда с первых же дней войны. Для руководства подготовкой флота к обороне города 5 июля, в соответствии с приказом наркома ВМФ, на базе Управления военно-морскими учебными заведениями и частями флота, дислоцирующимися в Ленинграде, был сформирован штаб Морской обороны Ленинграда и Озерного района (МОЛ и ОР), который приступил к формированию Онежской, Чудской и Ильменской военных флотилий, бригад морской пехоты, отрядов моряков. Было начато строительство дополнительных береговых батарей. Командующим МОЛ и ОР был назначен контр-адмирал Ф.И. Челпанов.

Штаб МОЛ и ОР принимал энергичные меры к ускоренному вводу в боевой состав флота недостроенных кораблей для использования их в обороне города — крейсера «Петропавловск», эсминцев «Опытный», «Стройный», «Строгий».

Чтобы усилить морские и сухопутные подступы к городу, строились новые береговые батареи. За июль — август предполагалось построить 14 стационарных береговых батарей из 58 орудий и 44 транспортера для железнодорожных батарей. В районе Дудергоф, Пулково были построены две батареи специального назначения: на Вороньей горе — батарея «А» из девяти 130-мм орудий, снятых с крейсера «Аврора», и на Пулковских высотах — батарея «Б» из десяти 130-мм орудий. Был сформирован бронепоезд «Балтиец», на который было установлено орудие с крейсера «Аврора».

На строительство бронированных артиллерийских и пулеметных точек под Ленинградом была использована вся броня, предназначавшаяся для новых кораблей. Из этой брони в 1941 г. было изготовлено 600 дотов. Таким образом, в обороне Ленинграда «участвовали» недостроенные корабли.

Директивой Ставки Верховного Командования КБФ с 14 июля был подчинен главкому Северо-Западного направления.

Уже в начале войны в Ленинграде из курсантов военно-морских училищ была создана курсантская бригада (1750 человек), которая вела борьбу с воздушными десантами и диверсантами противника на территории Эстонии и в западных районах Ленинградской области В июле началось формирование морских бригад из личного состава береговых частей, кораблей, учебных отрядов, школ и училищ. В течение июля — сентября были сформированы и направлены на фронт 2, 3, 4, 5, 6 и 7-я морские бригады. После эвакуации из Таллина была переформирована и пополнена 1-я бригада морской пехоты.

В июле началось создание Восточной минной позиции в районе островов Гогланд и Сескар, которая прикрыла восточную часть Финского залива от возможного прорыва кораблей противника, усиливая тем самым оборону Кронштадта — Ленинграда с моря.

В первый период войны в связи с наступлением немецко-фашистских армий возникла необходимость в обеспечении приозерных флангов наших войск и содействия им на озерах (огневая поддержка, обеспечение перевозок и переправ). По решению наркома ВМФ, на основе учебных отрядов кораблей на Чудском, Ладожском, Онежском и Ильменском озерах были сформированы флотилии, которые оказали существенную помощь нашим войскам в обороне.

Ладожская военная флотилия начала формироваться 25 июня на базе учебных кораблей и личного состава ленинградской группы военно-морских учебных заведений. Командующий — капитан 2-го ранга В.П. Барановский, капитан 2-го ранга С.В. Земляниченко (с 30.6.41), капитан 1-го ранга В.П. Боголепов (с 24.7.41), контр-адмирал Б.В. Хорошкин (с 8.8.41), капитан 1-го ранга B.C. Чероков (с 13.10.41). В состав флотилии были переданы некоторые корабли КБФ, а также суда, полученные в порядке мобилизации. В связи с выходом неприятельских войск на побережье Ладожского озера флотилия оказывала артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, высаживала десанты, обороняла острова, занималась грузоперевозками.

Чудская военная флотилия была создана 3 июля на базе дивизиона учебных кораблей Высшего военно-морского инженерного училища им. Ф.Э. Дзержинского. Командующий — капитан 1-го ранга Н.Ю. Авраамов. Поддерживая войска Красной Армии, она в течении июля — первой половины августа противодействовала переправам и десантам противника на Псковском и Чудском озерах и реке Нарове.

После оставления советскими войсками Гдова корабли флотилии перешли к р. Нарова и 13 августа были затоплены, а оставшийся личный состав прибыл в Ленинград.

28 июля была сформирована Ильменская флотилия из судов речного пароходства. Командующий — капитан 3-го ранга В.М. Древницкий. Ее корабли несли сторожевую службу с целью не допустить прорыва противника на новгородском и старорусском направлениях, участвовали в высадке тактических десантов. С 14 августа флотилия прикрывала артиллерийским огнем отход войск и эвакуацию населения из Новгорода, а затем действовала на р. Волхов. Выполнив свои задачи, корабли флотилии ушли в Ладожское озеро.

В начале августа была сформирована Онежская военная флотилия. Командующий — капитан 2-го ранга А.П. Дьяконов. Ее корабли оказывали артиллерийскую поддержку сухопутным войскам, перевозили войска и грузы. В сентябре 1941 г. флотилия препятствовала форсированию противником р. Свирь. С окончанием навигации в конце ноября Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переведены на Волгу.

Исходя из обстановки на сухопутном фронте, в начале июля решением ВС КБФ Кронштадтский укрепленный сектор для более эффективного управления береговой артиллерией был разделен на три совершенно самостоятельных укрепленных сектора: Лужский, Ижорский и Кронштадтский.

В составе Кронштадтского УС остались батареи, расположенные на острове Котлин и фортах, расположенных в заливе — 11-й (форт «П»), 12-й (форт «О»), 13-й (форт «Р»), 14-й (южные номерные форты) и 15-й (северные номерные форты) дивизионы. Комендант КУС — полковник Д.И. Терещенко.

В Ижорский УС отошли дивизионы, расположенные на южном берегу, — 31-й (Красная Горка) и 33-й (Серая Лошадь). Комендантом был назначен комбриг П.И. Лаковников, с сентября — генерал-майор Г.Т. Григорьев.

В Лужский ИУС передан 21-й дивизион. Командир сектора — генерал-майор Н.Ю. Денисевич.

Была усилена оборона Выборгского и Гогландского укрепленных секторов. Особое внимание обращалось на совершенствование противодесантной обороны на островах Гогланд, Большой Тютерс, Бьерке, Пийсари. В Гогландском укрепленном секторе береговая артиллерия пополнилась четырьмя батареями (15 орудий калибром 76 — 130 мм). Одна 76-мм и одна 130-мм батареи были установлены на острове Большой Тютерс, и две 130-мм батареи — на острове Лавснсари. Оборона острова Бьёрке была усилена двумя 45-мм, а острова Пийсари — одной 45-мм батареями.