Модернизация настолько изменила внешний вид корабля, что в английском справочнике Джейна было сказано: «Это совершенно новый корабль, не имеющий ничего общего с прогулочной царской яхтой… что явствует хотя бы из контуров и внешнего вида корабля». Англичане именовали минзаг минным крейсером. В 1938 году корабль, стал флагманом соединения заграждения и траления КБФ.

22 июня 1941 г. «Марти» встретил на Таллиннском рейде под командованием капитана 1 ранга Н.И. Мещерского. Первыми боевыми операциями советского флота на всех театрах стали постановки оборонительных минных заграждений, предусмотренных «планом прикрытия», разработанным перед войной.

Для постановки оборонительного минного заграждения в устье Финского залива, был сформирован отряд кораблей под флагом командующего эскадрой КБФ контр-адмирала Д.Д. Вдовиченко. В его состав вошли минные заградители «Марти» и «Урал», лидеры «Минск» и «Ленинград», эсминцы «Артем», «Володарский» и «Карл Маркс».

Приняв на борт мины, отряд в ночь на 23 июня вышел из Таллина. В течение шести часов он совершил переход к месту минной постановки. Корабли выполнили постановку заграждения и благополучно вернулись в базу. «Марти» выставил на пути вероятного движения кораблей противника 380 мин. Противник сопротивления не оказывал.

Минные постановки продолжались и в последующие дни. «Марти» в составе отрядов кораблей выходил в море 25, 26, 29 и 30 июня, участвуя в оборудовании минной позиции в устье Финского залива. Протяженность всего минного заграждения была более 22 миль, а глубина — 7 миль. Всего на центральной минно-артиллерийской позиции было поставлено 2687 мин и 638 минных защитников.

Для прикрытия подходов к главной базе флота — Таллину минзаг в сопровождении катеров МО 3 июля направился в район к северу от острова Найсар. Как только «Марти» начал постановку мин, по нему открыла огонь финская 12-дюймовая батарея Макилуото. Снаряды ложились близко у борта, осколки летели на корабль. Катера поставили дымовую завесу, закрыв минзаг. Он полностью выполнил задание, выставив 300 мин.

Минный заградитель «Марти» и линейный корабль «Октябрьская Революция» (справа) в Таллине, 1940 г.

В конце августа директивой Военного Совета Северо-Западного направления было приказано усилить Восточно-Гогландскую позицию и создать Тыловую позицию в районе Нерва — Лавенсари — Кургальский риф — Сейвесте — Шепелев.

1, 4 и 26 сентября минзаг участвовал в оборудовании Тыловой позиции. 10 сентября «Марти» и эсминец «Сметливый» в обеспечение трех БТЩ и трех МО выставили 380 мин для усиления Восточно-Гогландской позиции.

В конце сентября минный заградитель стоял в Кронштадтской гавани. 19 сентября начались массированные налеты немецкой авиации на Кронштадт и корабли. 21 сентября в результате близких разрывов авиабомб на «Марти» вышли из строя три орудия. В течение 23 сентября были совершены шесть налетов фашистской авиации на Кронштадт, в которых участвовали более 100 самолетов. Вокруг «Марти» то и дело взметались перемешанные с илом столбы воды. Были выведены из строя расчеты двух орудий. Полутонная бомба разорвалась в нескольких метрах от форштевня. Образовались множество пробоин в борту. В шкиперском помещении возник пожар. Рядом находился артиллерийский погреб, в случае опасности его следовало затопить. Однако, моряки, действуя решительно и умело, не дали огню распространиться дальше. Затопление погреба не потребовалось, корабль был спасен.

«Марти» на Неве во время парада.

Необычным стал выход 26 сентября на усиление Тыловой позиции. Необходимо было заградить минами фарватер, который мог быть использован противником. Рано утром «Марти» в сопровождении трех БТЩ и шести МО вышел на выполнение боевой задачи. Постановку заграждения решили начать с западной точки линии, чтобы иметь свободный путь для отхода кораблей. Однако при подходе к восточной точке линии минного заграждения корабли попали под массированный огонь вражеской батареи с мыса Сейвясте. Мины на заградителе были уже окончательно подготовлены к постановке, поэтому попадание даже одного осколка в них вызвало бы взрыв всего боезапаса. В столь критический момент Н.И. Мещерский принял решение вопреки намеченному плану начать постановку не с западной точки заграждения, а с восточной. Это сокращало время нахождения под обстрелом и исключало попадание под огонь батареи в конце постановки мин. Минзаг шел вперед, закрывая за собой путь и для врага и для себя. Наконец вырвались из зоны обстрела. Приказ был выполнен и корабль, имея перед собой три БТЩ, двинулся в обратный путь по немецкому минному заграждению. Прошла минута, другая — и вдруг раздался взрыв, затем второй: оба полутрала перебиты и БТЩ вышел из строя. Еще два взрыва, и второй тральщик потерял оба полутрала. У самого борта, покачиваясь на волнах, проплыло несколько зловещих черных шаров. Шли минуты. Каждая казалась вечностью. Снова взрыв, уже в трале третьего БТЩ. Целым остался только один полутрал. С его помощью и удалось благополучно вывести минзаг на чистую воду.

10 сентября 1941 г. командиром корабля назначается капитан 2 ранга Г.С. Абашвили.

Минный заградитель «Марти» в 1942 г.

В первых числах ноября минный заградитель участвовал в походе на Ханко для эвакуации его героических защитников. 30 октября приказом командующего КБФ был сформирован 1-й отряд кораблей для перевозки войск с Ханко. В состав отряда включили минный заградитель «Марти», эсминцы «Стойкий» и «Славный», пять БТЩ и пять катеров МО. Возглавил отряд командующий эскадрой вице-адмирал В.П. Дрозд. На «Марти» находился командир отряда заградителей капитан 1 ранга Н.И. Мещерский.

«Марти» стоял в Ленинграде на ремонте, исправляя повреждения, полученные во время бомбежек немецкой авиацией. Получив приказ готовиться к операции, на корабле срочно закончили ремонт, оборудовали трюмы для приемки войск, срезали мачты. 31 октября минзаг перешел из Ленинграда в Кронштадт.

В ночь на 1 ноября корабли отряда снялись с якоря и, пройдя боновые заграждения, построились в походный ордер. Утром они прибыли на рейд Сууркюля на острове Гогланд. С наступлением темноты отряд покинул Гогланд и взял курс на запад. В 23.24 взорвалась первая мина в трале головного БТЩ «Гак». Два других БТЩ подсекли две мины, прошедшие в нескольких метрах от бортов «Марти». После поворота отряда на курс 225°, на протяжении трех миль в течение четверти часа произошли пять взрывов в тралах, в результате чего с исправным тралом остался только один БТЩ. Кораблям трудно было удерживаться в узкой протраленной полосе и в 2.20 2 ноября при пересечении северной части минного заграждения в правый параван — охранитель «Марти» попала мина, которая взорвалась в 7–8 метрах от борта. Раздался оглушительный взрыв, и огромный черный столб воды взметнулся у борта. Корабль качнуло на левый борт, но почти мгновенно столб рухнул на палубу и образовался крен на правый борт. Минзаг застопорил ход, походный строй отряда нарушился.