Императору по возвращении удалось силой восстановить свою власть в Италии, даже добиться примирения с папой. 23 июня 1230 г. он заключил с Григорием IX договор в Сан-Джермано. Папа соглашался снять с императора отлучение (официально это было провозглашено 28 августа) и признать заслуги Фридриха в деле крестового похода. Взамен император отказывался от недавних завоеваний в Римской области и признавал свободу выборов епископов в Сицилии (до этого Фридрих сам назначал их).

Теперь формально ничто не мешало Фридриху Сицилийскому быть законным королем Иерусалимским. Он требовал признать своего сына от Изабеллы-Иоланты Конрада наследником иерусалимской короны и даже официально передал ему с момента рождения права на престол, сохраняя регентство за собой. Однако сирийские и кипрские бароны выдвигали кандидатуру Алисы Шампанской. В то же время ее родственник Жан д’Ибелен, сеньор Бейрута, попытался изгнать наместников Фридриха в Иерусалимском королевстве и на Кипре. Он добился некоторого успеха, особенно на Кипре, но в 1231 г. император отправил вооруженный отряд в Святую Землю, благодаря чему, не без труда, статус-кво было восстановлено.

В 1239 г. истек срок перемирия с египтянами, и началось движение за новый крестовый поход. Возглавил этот поход король Наваррский Тибо I. В походе участвовало немало представителей высшей французской знати. Император активно содействовал походу. Но поскольку он еще в марте того же года был снова отлучен от Церкви, среди прочего за то, что открыто поставил под сомнение светскую власть пап не только по отношению к Сицилии, но и к Риму, Папа не благословил этот поход (потому его обычно и не включают в общий счет). Он потребовал, чтобы ратники Христовы шли в Константинополь на помощь Латинской империи. Большинство крестоносцев все же отправились в Сирию. По настоянию тамплиеров они заключили договор с султаном Дамаска ал-Маликом ал-Адилом II против египетского султана ал-Малика ас-Салиха Айюба (в литературе его обычно называют последним именем), кстати сказать, союзника Фридриха II. Однако вместе с войсками своего союзника, пообещавшего им ряд территориальных уступок в Палестине, крестоносцы были разбиты египтянами в битве при Аскалоне в ноябре 1239 г.

Это поражение настолько воодушевило мусульман, что правитель Керака ал-Малик ан-Насир Салах-ад-Дин Дауд в конце 1239 г. лихим наскоком захватил Иерусалим. Из обеспокоенной этим Европы стали прибывать подкрепления, которыми командовал граф Ричард Корнуэльский, младший сын Иоанна Безземельного; позднее он выдвинет свою кандидатуру на пост римского короля, победит на выборах, но принят в Германии не будет. Он смог в 1240 г. отбить Иерусалим, а затем возобновил договор с Египтом в феврале 1241 г. Но в конечном итоге и он, и Тибо Наваррский ни с чем вернулись на родину.

Иерусалимское королевство продолжало агонизировать. Удивительно, что оно еще какое-то время смогло продержаться. Главным в нем был вопрос о власти. Сын Фридриха II Конрад потребовал в 1243 г. присяги себе на верность. Сторонники Алисы Шампанской, среди которых были тамплиеры и венецианцы, воспротивились этому. В том же году они взяли приступом Тир, в котором держались приверженцы императора. Победители стали снова сговариваться с Дамаском о совместных действиях против Египта. Политика окончательно торжествовала над религией. Египетский султан ал-Малик ас-Салих Айюб, почувствовав опасность, нанял к себе на службу отряд хорезмийцев.

Хорезм, государство в Приаралье, было захвачено еще в 1220 г. Чингисханом. Однако хорезмийцы, родственные нынешним туркменам, не спешили подчиняться новым завоевателям. Они вели борьбу под руководством последнего хорезмшаха (правителя Хорезма) Джелал-ад-Дина по меньшей мере до 1230-х гг., а многие предпочли добровольное изгнание и поступали на службу к различным мусульманским властителям. Всего бежало с родины более 20 тысяч, около половины их встали под знамена египетского султана, который, по мнению ряда историков, средневековых и современных, кроме значительной платы пообещал им беззащитный Иерусалим.

В августе 1244 г. Айюб с десятитысячной хорезмийской конницей подступил к Иерусалиму. Патриарх Иерусалимский Роберт Нантский оставил город и удалился в Яффу, чем совершенно дезорганизовал защитников. Они в страхе бежали, и 23 августа мусульмане вошли в Иерусалим. Среди беглецов вдруг разнесся слух, что на воротах брошенного города развевается христианское знамя. Христиане кинулись обратно, но оказалось, что это — военная хитрость хорезмийцев, желавших заманить франков. Семитысячное войско латинян было перебито в самом Иерусалиме и на дороге в Яффу. Если верить хронистам, как христианам, так и мусульманам, ни одному христианину в Святом Городе не удалось спастись, церкви были разграблены, могилы иерусалимских королей осквернены. Иерусалим оказался в руках мусульман и (за исключением одного весьма кратковременного эпизода) увидел на своих улицах вооруженных людей Запада лишь 9 декабря 1917 г., когда британский корпус под командованием генерала Алленби вошел в Святой Город во время Первой мировой войны.

В 1917 г. одна из английских газет писала: «Вновь христиане владеют Святым Градом. Для миллионов богобоязненных верующих эта победа означает великое свершение, более важное, чем рождение и уничтожение наций».

Но вернемся в XIII в. Беды сирийских христиан на том не кончились. Хорезмийцы взяли Вифлеем и направились к Газе, где соединились с войсками египетского султана. На помощь христианам, правда, пришли их дамасские союзники. Может быть, именно поэтому возобладало мнение патриарха Роберта, что латиняне и их мусульманские друзья не должны отсиживаться под защитой крепости в Аскалоне. Им следовало смело атаковать врага. 18 октября 1244 г. в битве под Газой христиане, покинутые союзниками, потерпели полнейшее поражение и были либо перебиты — погибло более тысячи рыцарей, — либо пленены. В 1245 г. султан Айюб взял Дамаск и тем восстановил государство Саладина. В 1247 г. он отнял у франков Аскалон, так что их владения ограничивались Акрой и несколькими другими городами. Было ясно, что без помощи Запада христианская Сирия долго не продержится.

Последние крестовые походы являлись, в сущности, делом одного человека — короля Франции Людовика IX Святого. Это была весьма своеобразная личность. С одной стороны, его считают одним из самых разумных государей, Ж. ле Гофф писал, что Людовик являет собой переход от средневековых государей к монархам Нового времени. Тот же Ж. ле Гофф, да и не только он, полагал реформы, проводимые святым королем (его таковым считали еще при жизни, хотя к лику святых Людовик причислен был, естественно, позднее, 27 лет спустя после кончины), прямо-таки образцом разумных преобразований в области правосудия и упорядочивания администрации и финансов.