Чистка офицерского корпуса, начавшаяся летом 1937 года арестом Тухачевского и закончившаяся только после нападения Гитлера на СССР, стоила верхнему звену советских ВВС немалых жертв. Среди них были Верховный главнокомандующий советским военно-воздушным флотом Алкснис, его преемник на этом посту генерал Хрипин и Смушкевич, который во время войны в Испании командовал там советской авиацией под псевдонимом Дуглас, а после возвращения был назначен Верховным главнокомандующим советскими ВВС. И генерал Муклевич, командующий тактической авиацией, тоже не пережил сталинских чисток.

Несмотря на успешную реализацию немцами теории «молниеносной войны», в оккупированных частях Польши, в Прибалтике и Бессарабии были построены многочисленные советские военные аэродромы, некоторые из них в опасной близости от немецкой границы, что вполне соответствовало военной наступательной доктрине Сталина.

Между тем разведывательные японские звенья 3-го кокутая продолжали свои полеты. Следующей разведывательной целью была американская военная база на острове Ёло и аэродром Трук на важной базе США в Рабауле в Новой Гвинее.

В июне эскадрильи были перемещены на Тиниан. Оттуда со всеми предосторожностями совершались разведывательные полеты над островом Гуам. 11, 14 и 19 июня с высоты 10 000 метров на острове был сфотографирован каждый квадратный метр.

Деятельность 3-го кокутая все же нельзя было скрыть от американцев. 16 июня 1941 года правительство США заявило Токио протест, в котором говорилось, что 11 и 14 июня двухмоторный японский военный самолет кружил на большой высоте над Гуамом. Японское правительство, естественно, опровергло эту информацию. А между тем с апреля по июнь 1941 года самолеты «Мицубиси» оперировали над Формозой, Пелелиу, Труком и Тиниани, а также фотографировали британские и американские военные базы на Филиппинах, в Новой Англии и Новой Гвинеи.

После выигранной ими Битвы за Англию британские истребители стали реже вылетать на боевые задания и стали применяться в своем качестве над территорией Франции. Летчики в малочисленном составе или же поодиночке вылетали на задание, что на сленге летчиков называлось «ревень», в отличие от полетов многочисленных истребительных звеньев, сопровождающих бомбардировщики, которые назывались «цирком». Результаты таких полетов были сомнительны. С января до середины июня 1941 года в 104 «ревенях» и 11 «цирках» английские ВВС потеряли 33 пилота и сбили только 26 немецких самолетов.

20 июня 1941 года в Москве был образован 6-й воздушно-истребительный корпус, первое такого рода советское соединение, взявшее на себя защиту Москвы с воздуха. Кроме того, на воскресенье, 22 июня, в Москве были намечены мероприятия по гражданской обороне в «реальных условиях». Поздней ночью 22 июня 1941 года военные советы Балтийского, Ленинградского, Западного, Киевского и Одесского военных округов получили от Сталина конфиденциальное послание о «возможном неожиданном фашистском нападении в ночь с 22 на 23 июня». Дословно это означало: «Я приказываю… перед рассветом 22.06.41 весь летный состав, включая летный состав родов войск, децентрализировать на полевых аэродромах и основательно замаскировать». Но когда этот приказ достиг военных округов и армейских штабов, он уже не мог быть своевременно передан и выполнен ни одним войсковым подразделением.

Советские источники сообщают, что На 22 июня 1941 года Красная армия располагала по меньшей мере 18 000 боевых самолетов всех видов, около половины которых были дислоцированы в западных военных округах. Но только пятую часть составляли самолеты новых образцов, работа на которых еще не полностью была освоена пилотами. Немецкие люфтваффе имели на Восточном фронте всего 1945 самолетов, из них 1400 готовых к бою, в составе которых: 510 бомбардировщиков, 290 пикирующих бомбардировщиков, 440 истребителей, 40 штурмовиков и 120 дальних разведчиков. Немецкие ВВС были поделены следующим образом: 1-й воздушный флот, генерал-полковник Келлер в составе группы «Север», 2-й воздушный флот, генерал-майор Кессельринг, в составе группы «Центр» и 4-й воздушный флот, генерал-полковник Лёр, в составе группы «Юг».

В воскресенье, 22 июня 1941 года, началась операция «Барбаросса», нападение на СССР от Балтики до Карпат. Уже в 2 часа ночи бомбардировщики 1, 2 и 4-го флотов были в полной боевой готовности. Опытные экипажи должны были на большой высоте пересечь государственную границу СССР и еще до начала войны нанести мощный удар по истребительной авиации на выдвинутых советских аэродромах.

Этот старый, не единожды проверенный прием немцев в качестве первого удара был для многих советских военно-воздушных баз как гром среди ясного неба. Непосредственно за ним последовал второй, основной налет на 35 советских аэродромов с участием 637 бомбардировщиков, 231 истребителя. Таким образом, бомбежке подверглись 66 авиабаз, на которых располагалось около 70 процентов всех ВВС Красной армии.

Согласно советским данным, к середине первого дня войны было уничтожено около 1200 советских самолетов, среди них 800 бомбардировщиков. Генерал-лейтенант авиации Копец потерял 600 своих самолётов, не причинив самолетам врага хоть сколько-нибудь ощутимого вреда, и на второй день войны покончил жизнь самоубийством.

Общее число самолетов, предоставленных в распоряжение Германии ее союзниками для осуществления плана «Барбаросса», составило около 1000 самолетов. Самое большое количество предоставила Румыния — 423 самолета, объединенных в три группы. Финляндия вступила в войну с 230 истребителями, 41 бомбардировщиком и 36 штурмовиками, боеспособных только частично, которые тесно взаимодействовали с 5-м воздушным флотом генерал-полковника Штумпфа. В конце июля на южный участок Восточного фронта в составе трех групп прибыла авиационная команда Итальянского экспедиционного корпуса, насчитывающая около 100 самолетов. Венгры поддерживали 4-й немецкий воздушный флот генерал-полковника Лёра двумя полками: истребительным и бомбардировочным, а также большим количеством разведчиков. Здесь же воевал и Хорватский военно-воздушный легион в составе одной истребительной и одной бомбардировочной групп в 50–60 самолетов, а также Словацкий летный корпус.

Советские источники свидетельствуют, что из-за недостатка пилотов, находившихся в отпусках, на учебе, на переподготовке или на лечении, «в первые дни войны почти половина самолетов в пяти приграничных округах не смогла подняться в воздух». Таким образом, с первого дня войны люфтваффе получили воздушное превосходство, часто переходящее в абсолютное, практически на всех участках боевых действий, что существенно способствовало успехам сухопутных войск.

Руководство советскими войсками было вынуждено ограничивать поддержку действий своих войск авиацией и наносить только отдельные бомбовые удары по колоннам наступающих войск. Временно был введен приказ о запрещении советским летчикам пересекать собственную линию фронта. Но, несмотря на тяжелые потери, советские ВВС все же наносили эффективные контрудары. В первый день войны они, по советским источникам, совершили 6000 вылетов и сбили около 200 самолетов противника.

В первые недели войны советские летчики активно применяли новую тактику ведения воздушного боя — таран. Кстати, первым в истории его использовал русский летчик. 27 августа 1914 года Петр Нестеров во время воздушного боя под Львовом протаранил самолет своего противника барона Розенталя, но сам погиб. Барон же отделался испугом. В июне 1941 года таран применили советские летчики Здоровцев, Жуков и Харитонов.