Через четыре года после революции Мэйдзи (в 1872 году) японское правительство объявило о принятии на себя полной ответственности за то, что происходит на островах Рюкю и примыкающей к ним зоне. Это заявление было сделано после инцидента в декабре 1871 года с рюкюским судном и положило начало территориальному спору между Японией и Китаем из-за архипелага Рюкю — «Рюкю кидзоку мондай». На борту рюкюского судна, потерпевшего кораблекрушение у берегов Тайваня (по-португальски Формоза), находилось 54 человека. Тайваньцы напали на потерпевших крушение. Японцы использовали это событие как предлог для наказания тайваньцев, и решили показать, кто является хозяином Рюкю, а заодно превратить остров Тайвань во владение Японии. От Китая Япония потребовала компенсацию, против которой он не возражал, и подкрепила свои декларации действиями, направив в мае 1874 года на Тайвань свои войска — более 3 тысяч человек под командованием Сайго Цугумити. Экспедиция получила название Тайваньский поход — Тайван сюппэй или Сэйтай-но эки. Это была первая попытка послереволюционной Японии расширить территорию государства за счет другой страны с помощью оружия. Акция с Тайванем отвлекла внимание бывших самураев от внутренних дел и очень понравилась военным, недовольным новыми порядками в стране. Удовлетворение получила и буржуазия. Земли острова уже были обещаны японским помещикам. Но операция провалилась, так как этому помешали капиталистические державы Запада. Соединенные Штаты Америки также были не прочь прибрать к рукам и Рюкю, и Тайвань. Планы обширной американской экспансии на Дальнем Востоке были разработаны в свое время еще небезызвестным флотоводцем Перри, ветераном нескольких войн, которые Америка вела ранее в других регионах.

После введения в Японии префектуральной системы острова Рюкю (в 1879 году) стали называться префектурой Окинава («Окинава кэн»). Это вызвало резкое недовольство цинского Китая. Китайцы не признавали Рюкю японской территорией вплоть до своего поражения в китайско-японской войне 1895 года. Примерно в это же время (в 1876 году) к Японии были присоединены острова Дайто, расположенные к востоку от Рюкю.

Необитаемые острова Сэнкаку Япония также стала считать своими. В настоящее время крошечный архипелаг, контролируемый Японией, превратился в спорные земли, на которые претендует кроме нее еще Китайская Народная Республика.

В 1875 году Япония вновь увеличила свои территории за счет России, которая в 1867 году отдала Соединенным Штатам за бесценок огромные земли, находившиеся в Северной Америке и на севере Тихоокеанского бассейна — Аляску и Алеутские острова. Через 20 лет после получения у России южной части Курил японцы завладели всей грядой островов до Камчатки.

Японии удалось использовать противоречия Российской империи с западноевропейскими странами. В это время Россия пыталась преодолеть международную изоляцию и отменить унизительные условия Парижского мира, подписанного в 1856 году, в соответствии с которым она потеряла Южную Бессарабию, получила запрет иметь военный флот, крепости и арсеналы на Черном море и не имела права выходить за пределы Черного моря через проливы. Кроме того, опять начало расти напряжение на Балканах. Причиной было освободительное движение балканских народов против ига Османской Турции и борьба европейских государств за влияние в регионе. Россия также преследовала цель усиления своих позиций на полуострове. Балканский кризис и приближающаяся русско-турецкая война 1877–1878 годов отодвинули на задний план все другие государственные проблемы, в том числе и дальневосточную территориальную.

Россия поддалась нажиму Японии и 7 мая 1875 года в Санкт-Петербурге подписала навязанный ей Договор об обмене территориями (японское название «Карафуто-Тисима кокан дзёяку» — «Договор об обмене Сахалина на Курильские острова»), по которому центральные и северные Курилы переходили к японскому государству «в обмен» на южную часть Сахалина, где преобладало русское население. С российской стороны договор подписал А.М. Горчаков, с японской стороны — Эномото Такэаки.

Россия практически обменивала одну свою территорию на другую свою же. Такой обмен для Японии не был выгодным не только из-за удачного географического расположения Сахалина, но и потому, что там были открыты месторождения угля, а позднее и нефти. В планы Японии не входило ухудшение отношений с Россией. Поэтому от замыслов овладеть всем Сахалином, разделить его между двумя странами или купить пришлось временно отказаться.

В 1870–1880-х годах между Россией и Японией отношения были вполне удовлетворительными. Исключение составляли нападение в 1890 году на посланника России в Токио и неприятный инцидент в городе Оцу, префектуры Сига (Оцу дзикэн), который произошел 11 мая 1891 года во время путешествия по Японии цесаревича Николая, впоследствии императора России Николая II (1868–1918). На одной из улиц города на Николая внезапно напал и легко ранил мечом в голову «патриотически» настроенный полицейский эскорта, выходец из самурайской семьи, Цуда Сандзо. В атмосфере антииностранных настроений, культивировавшихся в стране длительное время, и недовольства чужеземцами в послереформенное время такие нападения на иностранцев, в том числе и высокопоставленных, были в Японии не редкостью.

От присоединения Курильских островов к Японии больше всех пострадали северокурильские айны. Их судьба была поистине трагической. Айнам не помогло то, что они в страхе перед японцами бежали с одного острова на другой, на север архипелага. Японцы решили переселить тяготевшее к русским коренное айнское население на юг, дабы избежать в будущем каких-либо эксцессов. Предлогом для переселения обрусевших аборигенных жителей, более 150 лет контактировавших с русскими, была забота о них. В 1884 году японцы с помощью военно-морских транспортных средств насильственно перевезли последнюю группу аборигенов с севера на остров Шикотан (Сикотан) в специально подготовленный поселок лагерного типа, лишив тем самым курильцев родины. Жизнь аборигенов находилась под постоянным присмотром японцев, даже во время охоты, рыболовства и собирательства. Как и айнам Хоккайдо, коренным жителям Курил запретили делать пиктографические изображения и пользоваться традиционными способами добычи зверя с применением отравленных стрел, что практиковалось ими тысячелетиями. Малочисленность популяции морского зверя, составлявшего основу существования айнов, недостаточное количество рыбы и другой пищи, плохая одежда и жилищные условия, отсутствие элементарной медицинской помощи и болезни привели к почти полной гибели аборигенов Курил на этом острове. Оставшиеся северокурильцы позднее были переселены японцами на Хоккайдо. В 1941 году там умер последний курильский айн.

Во время войны на Тихом океане японцы повторили практику переселения коренных жителей островов на севере Тихоокеанского бассейна. На этот раз переселению подверглись алеуты. Японские войска, занявшие южную часть Алеутского архипелага, острова Атту и Кыска, выселили с них аборигенов. С Атту на остров Хоккайдо была вывезена большая алеутская семья, которая якобы сама захотела этого. Другие алеуты, не пожелавшие расставаться с американским гражданством, как сообщали японцы, уехали с острова на Аляску. Алеутов, по рассказам местных жителей округа Сирибэси (юго-запад Хоккайдо), разместили на окраине города Отару в районе Акаива. В непривычном для коренных жителей Алеутских островов климате они заболели туберкулезом. Американцы, зная о том, что в Акаива живут алеуты, несколько раз сбрасывали им со своих самолетов на парашютах пакеты с гуманитарной помощью (медикаменты, пища, одежда), на которых были надписи: «Не трогать. Только для алеутов». Несмотря на это, все алеуты умерли от прогрессирующей болезни в госпитале для больных тифом, холерой и другими тяжелыми заболеваниями в том же районе Акаива.