В том же году Кутузова постигло большое личное горе: скончался его отец. Получив отпуск по семейным обстоятельствам, Михаил Илларионович решает вопросы наследования – закрепления за ним и братом поместий в трех уездах.

Война с турками выявила острую необходимость уделить серьезное внимание егерской пехоте, действовавшей в рассыпном строю, а не только в каре или колонне. Егерями называлась легкая пехота из отличных стрелков, прошедших специальную подготовку на ведение прицельного огня из любых положений. Для удобства их вооружали более легкими ружьями, чем гренадерскую пехоту, а также давали более легкую и удобную форму и амуницию. В егеря отбирали самых проворных и выносливых солдат, умевших ловко и быстро преодолевать препятствия, маскироваться и скрытно занимать боевые позиции в лесу, в горах, в поле, летом и зимой. Все перестроения они должны были совершать максимально быстро – бегом! Точная одиночная стрельбы – их главное преимущество в бою – позволяла им считаться самой эффективной пехотой той поры. Было принято решение создать так называемый Бугский егерский корпус из шести батальонов, общей численностью до 4016 бойцов. Формирование его поручили Кутузову, и он, пользуясь суворовской «Наукой побеждать», очень скоро сделал из корпуса образцовое ударное соединение, чьи бойцы отменно владели даже стрельбой из пистолета, прицельная дальность которого была небольшой, но порой спасала солдату жизнь в перипетиях ближнего боя. Кутузов лично присутствовал на учебных стрельбах, и успехи его егерей в огневой подготовке очень быстро опровергли устоявшееся мнение, что якобы «российского солдата стрелять цельно выучить не можно».

На последовавших в Малороссии, на поле Полтавской баталии, грандиозных маневрах в присутствии императрицы кутузовские егеря показали такую отличную выучку, что государыня вновь обратила внимание на генерал-майора Кутузова: «Благодарю вас, господин генерал. Отселе вы у меня считаетесь между лучшими людьми и в числе отличнейших генералов».

За успешное руководство Бугским егерским корпусом Михаила Илларионовича в 1787 г. награждают орденом Св. Владимира 2-й степени. С началом Второй Русско-турецкой войны 1787—1791 гг. Кутузов уже в составе Екатеринославской армии Григория Александровича Потемкина. 18 августа 1788 г. под крепостью Очаков во время отражения вылазки неприятеля его опять тяжело ранили в голову, почти так же, как и в первый раз под Алуштой.

Находившийся в русской армии в качестве наблюдателя от союзников-австрийцев принц Шарль де Линь подозвал Кутузова к ретраншементу в момент турецкой атаки. Для оценки ситуации генерал выглянул через амбразуру и был ранен. Пуля прошла навылет из щеки в затылок. Михаил Илларионович только успел воскликнуть, схватившись руками за раненую голову: «Что заставило тебя подозвать меня к этому месту в сию минуту? » Он еще пытался руководить боем, но вскоре его вынесли в тыл. По другой версии, пуля прошла «из виска в висок, позади обоих глаз». Специалисты Военно-медицинской академии и Военно-медицинского музея провели анализ обоих ранений Кутузова и подтвердили, что у Кутузова было два касательных открытых непроникающих черепно-мозговых ранения, но без нарушения целостности твердой мозговой оболочки. «Виновник» трагедии принц де Линь написал австрийскому императору Иосифу II: «Вчера опять прострелили голову Кутузову. Я полагаю, что сегодня или завтра он скончается».

Несмотря на то что врачи считали рану смертельной, пуля не задела мозг, и Кутузов за полгода (гораздо быстрее, чем после первого ранения) выздоровел и даже сумел встать в строй, хотя и окончательно ослеп на правый глаз. Узнав об очередном тяжелейшем ранении генерала, императрица не единожды справлялась в письмах к Потемкину о здоровье Михаила Илларионовича и наказала держать ее в курсе ситуации. Проведать и поддержать тяжело раненного мужа приехала супруга Михаила Илларионовича Екатерина Ильинична. Хоть и не надолго, но семья оказалась в сборе. За «косвенное участие» во взятии Очакова Кутузов получил орден Св. Анны, причем сразу 1-й, высшей степени.

Оправившийся Кутузов командует кавалерийским отрядом («летучим корпусом» казаков) под Аккерманом, Каушанами и Бендерами; ставит армейскую разведку «на широкую ногу»; полнота и достоверность информации о противнике, поставляемой Кутузовым, удивляет командующего, и генерала награждают орденом Св. Александра Невского. Наконец, Кутузов участвует в штурме Измаила 11 декабря 1790 г. Кутузову выпал один из самых хорошо защищенных участков крепостной стены – район Килийских ворот. Командуя 6-й штурмовой колонной (3 батальона Бугского корпуса, 2 батальона Херсонского гренадерского полка и тысяча казаков), он получил высокую оценку от самого Суворова: «Он шел у меня на левом крыле, но был правою моею рукою». Кутузовские гренадеры и егеря дважды врывались на крепостной вал, и турки сбрасывали их вниз, в ров. Кутузов даже известил Суворова о невозможности идти дальше: уже выбиты почти все офицеры, шедшие впереди штурмующих. В ответ он получил неожиданный приказ: «Скажите Кутузову, что я назначаю его комендантом Измаила и уже послал в Петербург известие о покорении крепости!» Пришлось Кутузову лично взять знамя и бросить впереди своих остановившихся солдат на измаильскую твердыню. Несмотря на большие потери, кутузовцы сумели проникнуть в крепость.

В кровавом штурме Измаила армии обеих сторон явили чудеса храбрости и героизма. «Не было крепче крепости, ни отчаяннее обороны», – признался потом Суворов, многозначительно добавив, что на такой штурм можно отважиться только один раз в жизни. Кутузов был глубоко расстроен потерями: «Кого в лагере ни спрошу, либо умер, либо умирает… Живых офицеров почти не осталось», – писал он. Из 650 офицеров выбыло две трети, они шли впереди штурмовых колонн.

Суворов подтвердил назначение Кутузова следующими словами: «Кутузов знает Суворова, а Суворов знает Кутузова. Если бы не взяли Измаил, Суворов умер бы под его стенами, и Кутузов тоже». В марте 1791 г. императрица произвела Кутузова в генерал-поручики и наградила орденом Св. Георгия 3-й степени.