После смерти Мункэ-хана (1259 год) положение снова изменилось. Произошла борьба за престол между его братьями Хубилаем[167] и Ариг-Букой[168]; первый был провозглашен великим ханом в Китае, второй — в Монголии. Вследствие этого прекратился подвоз хлеба из Китая, в котором нуждалась Монголия; Ариг-Бука решился отправить на запад чагатайского царевича Алгуя, чтобы устроить подвоз провианта и необходимых товаров, в том числе оружия, из Туркестана. Алгуй быстро подчинил своей власти все бывшие области Чагатайского улуса, даже захватил Хорезм, входивший в состав улуса Джучи, но, разумеется, сделал все это для себя и не думал выполнять поручений Ариг-Буки. Эргэнэ-хатун отправилась к Ариг-Буке с жалобой на Алгуя; туда же, вероятно, уехал и Масуд-бек. Ариг-Бука потом вступил в борьбу с Алгуем, но после некоторых успехов потерпел поражение. Покидая Туркестан, он послал к Алгую Эргэнэ и Масуд-бека; Алгуй женился на Эргэнэ и послал Масуд-бека наместником в Самарканд и Бухару. С помощью денег, собранных Масуд-беком, Алгуй до своей смерти, последовавшей, вероятно, в 1265 году, успел еще завоевать Отрар, входивший в состав владений Берке.

После смерти Алгуя чагатайским ханом был провозглашен на берегу Ангрена сын Эргэнэ от первого брака, Мубарек-шах[169], мусульманин; у него потом отнял престол посланный Хубилаем, одержавшим победу в Монголии, другой чагатайский царевич, Борак (Барак)[170]; Борак, в свою очередь, должен был подчиниться Хайду[171], внуку Угэдэя, сначала находившемуся в войске Ариг-Буки, потом, после его ухода, самостоятельно продолжавшему войну против Алгуя и его преемников. Хайду в 1269 году созвал курултай на берегу Таласа. Между прочим были приняты меры для защиты культурных земель от кочевников; царевичи обязались жить в горах и степях и не выпускать своих стад на пашни. Управление культурными областями было поручено тому же Масуд-беку. Он и его два старших сына получили назначение от Хайду, третий сын Масуд-бека — от сына и преемника Хайду Ча-пара[172], возведенного на престол в местности около Эмиля в 1303 году.

Местопребыванием Хайду и его преемника оставалась местность, с самого начала принадлежавшая Угэдэю, хотя место погребения Хайду находилось в горах между Чу и Или. Несмотря на то что верховная власть принадлежала потомкам Угэдэя, возводились на престол и чагатайские ханы; дольше всего (1282–1306) ханом был сын Борака — Тува[173], переживший Хайду. Нет никаких известий о том, были ли установлены границы между улусами Угэдэя и Чагатая.

Даже вопрос о границах в Средней Азии между улусами четырех сыновей Чингисхана в это время остается неясным. На севере в состав улуса Тулуя, по-видимому еще в первой половине XIII века, вошли некоторые земли, причислявшиеся прежде к владениям Джучи, в том числе земля киргизов. Об этом ясно говорится в истории Хубилая; кроме того, мы имеем у Абулгази интересный рассказ, правда не подтверждаемый никакими другими источниками, о походе монголов из страны киргизов к устью Енисея, в страну Алакчин. Поход был произведен по распоряжению вдовы Тулуя, царицы Сорхахтани[174], следовательно, в промежуток времени между смертью Тулуя (1233 год) и смертью царицы (в феврале 1252 года). На северо-западе владения Хубилая, по-видимому, доходили до Иртыша. Есть известие, что граница между владениями Хубилая и Хайду проходила близ Каялыка, но с этим трудно было бы привести в согласие известие о возведении на престол Чапара в местности около Эмиля.

При описании областей нынешнего Китайского Туркестана Марко Поло причисляет к владениям Хубилая Хотан и области к востоку от него; но тут же сказано, что земли «от Кашгара досюда и еще далее принадлежат к Великой Турции», как называется у самого Марко Поло государство Хайду. О Яркенде определенно говорится, что он принадлежал племяннику великого хана, как Марко Поло называет по ошибке того же Хайду. Интересно известие Рашид ад-дина, что область уйгуров во время борьбы между Хубилаем и Хайду оставалась нейтральной; уйгуры старались поддерживать хорошие отношения с обеими сторонами. По-видимому, там все еще правила династия идикутов. Подчинившийся Чингисхану в 1209 году идикут Барчук принимал участие в походе 1218 году против Кучлука, потом в походе на государство хорезмшаха Мухаммеда и в последнем походе Чингисхана, на Тангут. Барчуку, умершему в царствование Угэдэя, наследовали один за другим три его сына; первый умер во время правления вдовы Угэдэя Туракины[175] (1241–1246), второй был казнен в начале царствования Мункэ по обвинению в намерении убить в одну из пятниц в соборной мечети всех мусульман в Бешбалыке; ему отрубил голову его брат, позже назначенный его преемником. Дальнейших сведений о династии идикутов, по-видимому, нет.