Из Чехословакии самолёты 236-го апиб ушли тремя годами раньше. Базировавшиеся в Градчанах 45 «кайр» и 10 спарок полковника Л. К. Пиллера 21 июля 1990 г. были перегнаны в Лиелварде, где вскоре полк был расформирован, а часть его самолётов вошла в состав 372-го апиб в Даугавпилсе. В свою очередь, полк из Даугавпилса отдал свои МиГ-27Д в 899-й апиб в Лиелварде, заменив ими вместе с МиГ-27К бывшего 236-го апиб уже порядком изношенные здешние МиГ-21СМТ.

Вывод войск из Монголии по межправительственному соглашению начался ещё в 1987 г., а 266-й апиб покинул Налайху в апреле 1990 г., перебазировавшись в Степь. Здесь в конце 1990 г. он, сохранив почётное наименование, был переформирован в штурмовой полк на самолётах Су-25. «Кайры» полка были переданы в местный 58-й апиб, который, в свою очередь, сдал свои МиГ-27М и Д на базу хранения. В течение года после распада СССР пришлось вывести МиГ-27 39-й адиб и из бывших «братских республик» Прибалтики.

7 мая 1992 г. были образованы ВВС Российской Федерации. Оставшиеся в строю полки МиГ-27 несли службу в нелёгких условиях. При остром дефиците снабжения, комплектующих и особенно топлива средний налёт во фронтовой авиации в 1992 г. снизился почти втрое — до 40 часов. Керосина ВВС получили в два раза меньше, чем в предыдущем году, причём из-за неритмичной отгрузки заводами авиация недополучила ещё 20 % горючего. В 1993 г. на нужды ВВС выделили всего три четверти минимальной расчётной нормы, а налёт в ИБА в первом квартале 1994 г. упал до 14 часов. Это не могло не сказаться на безопасности полётов из-за ухудшения подготовленности и поддержания лётных навыков. Свою роль играли недоработки в обеспечении и отказы техники (известно, что хорошо служит постоянно работающая машина, а перерывы и простои отражаются на её состоянии не лучшим образом).

К этому времени подоспело решение Главного штаба ВВС об отказе от однодвигательных боевых самолётов, сочтённых малонадёжными в эксплуатации. На первый взгляд, доводы были очевидны: отказ силовой установки на них приводил к потере машины, а то и более тяжёлым последствиям, в то время как современные двухдвигательные самолёты с дублированием и резервированием систем позволяли продолжать полёт и на одном оставшемся двигателе и выглядели более надёжными (особенно в боевых условиях, когда силовые установки ударных машин страдали в первую очередь). Как указывал Главком ВВС П. С. Дейнекин, «переход к использованию самолётов, оснащённых двумя — четырьмя двигателями, существенно повысит безопасность полётов».

«Кайра» являлась наиболее совершенным самолётом на вооружении истребительно-бомбардировочной авиации. 911-й апиб, Бранд, 23 февраля 1991 г.

Однако, при всей очевидности тезиса, реальная картина выглядела совершенно иначе! Сомнительно, чтобы Главком ВВС мог не знать данных по аварийности, приводившихся НИИЭРАТ и службами безопасности полётов. Их вывод был однозначен: к 1993 г., по итогам предыдущих лет эксплуатации, МиГ-27 являлся «самым безопасным самолётом». Последние годы службы МиГ-27 подтверждали укрепившуюся за ним славу надёжной и выносливой машины, особенно при грамотной подготовке и обращении: если по оборудованию и электронике отказы случались, то к планеру и системам претензий практически не было. Это мнение подкреплялось и статистикой, и анализом лётных происшествий: за последнее шесть лет эксплуатации из 25 потерянных МиГ-27 две трети (18 самолётов) пришлись на ошибки лётчиков, обеспечения и организации полётов и только 9 машин были разбиты из-за конструктивных и производственных недостатков (36 % от общего числа). У Су-17 доля аварий и катастроф по последней статье составляла почти половину всех потерь — 46 %, и даже близкий по типу МиГ-23 имел соответствующий показатель аварийности 42 % («по вине матчасти и с учётом происшествий, причины которых после гибели самолёта так и не удалось установить»).

Что же касается общего числа безвозвратных потерь авиатехники по типам, то оно довольно точно соответствовало их количеству в ВВС на тот период: на 25 лётных происшествий с МиГ-27 приходилось 46 потерянных Су-17 и 71 — МиГ-23, эксплуатация которых, как самых массовых во фронтовой авиации, была наиболее интенсивной. Служба безопасности полётов отмечала, что наибольшая доля происшествий приходилась на новичков и лётчиков со стажем — если молодым лётчикам могло не хватить навыков владения машиной, то опытным асам чаще приходилось выполнять сложные задания, а уровень их техники пилотирования и уверенность в себе (подчас избыточная) иногда играли не лучшую роль, позволяя выводить машину на близкие к предельным режимы. В итоге из 25 отмеченных происшествий с МиГ-27 в 11 случаях самолёты пилотировали лётчики 1-го класса и снайперы, в 5 — недавние выпускники училищ.

В перестроечное время самолёты 266-го полка украсила и российская символика.

МиГ-27Д с блоками Б8М-1 после посадки, 18-й гв. апиб, аэродром Галёнки, 1990 г.

На носу МиГ-27К из приморского 18-го гв. Апиб — эмблема, служившая отличительным знаком 1-й эскадрильи полка ещё в годы Великой Отечественной войны.

В 296-м апиб 19 августа 1987 г. лейтенант В. Ю. Манияров, прослуживший в полку менее года, перед взлётом поторопился с выводом двигателя на «максимал». МиГ-27М повело юзом, лопнуло правое колесо. Растерявшийся лётчик решил прекратить взлёт и убрал обороты уже после отрыва. Самолёт плюхнулся на землю в конце полосы, прорвал сетку АТУ, снёс шасси и загорелся. Летчик невредимым выбрался из кабины, но потушить машину не удалось.

Не раз ошибки в пилотировании приводили к столкновениям в воздухе. В Липецке 29 июля 1987 г. погибли два лётчика 1-го класса, подполковник А. И. Бауков и майор Н. В. Зингачев. Выполняя на МиГ-27К упражнение по преодолению рубежа ПВО в составе пары, ведомый не выдержал порядок выполнения манёвра и врезался в самолёт ведущего. Обе машины взорвались в воздухе. Подобное происшествие в 266-м апиб годом позднее обошлось без жертв, но привело к потере одной из машин. 4 августа 1988 г. на полигоне пара МиГ-27К выполняла бомбометание со сложного манёвра, при котором ведомый лейтенант М. А. Елисеев отстал. Подтягиваясь к ведущему, он стал сокращать интервал скольжением, для чего положил самолёт набок в крен до 83°. При резком сближении он налетел на машину ведущего и законцовкой киля сбил с неё подвесной бак, а затем сам потерял управление; лётчику пришлось катапультироваться.

Из четырёх МиГ-27, потерянных под конец эксплуатации в 1992 г., три были разбиты по вине лётного состава и только один — из-за отказа техники. 24 марта 1992 г. 899-й апиб 39-й адиб в одну лётную смену потерял два МиГ-27Д. Командиру звена, капитану Г. В. Курбатову ночью над полигоном Салдус в процессе захода для бомбометания на цель, освещённую с земли, не хватило высоты для вывода из пикирования. Самолёт врезался в землю недалеко от мишени, лётчик погиб. Через сорок минут на севере Латвии при выполнении полёта в зоне для выработки излишков топлива пропала связь с МиГ-27Д капитана С. Данилина. После выполнения двух виражей отметка самолёта исчезла с экрана РЛС — машина столкнулась с землёй. Наиболее вероятной причиной катастрофы сочли потерю пространственной ориентировки и неудовлетворительную подготовку к работе в сложных погодных условиях, к тому же в ночное время и, как указывалось, «при ослабленных лётных навыках из-за резко сократившегося налёта».