Летом 1824 года Михаил участвовал в плавании по маршруту Кронштадт – Брест – Гибралтар – Плимут – Кронштадт, снова на фрегате «Проворный». В качестве историографа был взят в плавание лейтенант Николай Александрович Бестужев. В 1824 году в Гибралтаре укрывались разгромленные испанские революционеры, и офицеры «Проворного» оказались свидетелями расстрела сторонников вождя революции Рафаэля Риего. Революция в Испании привела в восторг русских офицеров. Эти настроения в определенном смысле подготовили почву для антиправительственных речей Николая Бестужева, который старался привить молодым офицерам свободный образ мысли. Группа революционно настроенных офицеров вскоре составила тайное Общество офицеров Гвардейского экипажа. Кроме Михаила и Бориса Бодиско в него входили: А.П. Арбузов, А.П. Беляев, П.П. Беляев, В.А. Дивов.

Глубокой осенью 1824 года уходил в плавание и Борис Бодиско на шлюпе «Смирный». Оно могло оказаться для него судьбоносным: кругосветный круиз рассчитывался на два года. Но в силу обстоятельств (во время шторма в Северном море получил серьезные повреждения) шлюп «Смирный», перезимовав в Норвегии, 27 мая 1825 года возвратился в Кронштадт.

В начале декабря 1825 года установилась связь моряков Гвардейского экипажа с Северным обществом через Николая Бестужева. Будучи разными по характеру, братья Бодиско по-разному относились и к восстанию декабристов. Михаил активно приветствовал и поддерживал это движение. А Борис сопротивлялся. Но судьбе было неугодно отвести Бориса Бодиско от участия в событиях на Сенатской площади, хотя он противился этому, как мог. В ночь на 14 декабря Борис Андреевич во всеуслышание заявил, что он, не зная планов и сообщников, участия в демонстрации на Сенатской площади принимать не будет. Поэтому утром ротный Гвардейского экипажа Б. Бодиско разъяснил своим матросам, что он ни приказывать, ни советовать им не должен и что дело каждого поступать, как подсказывает ему совесть. Но появившийся вскоре Николай Бестужев, успевший оценить обстановку, действовал решительно: он послал Беляевых, Арбузова и Дивова в роты, с тем чтобы вывести их во двор. Братья Беляевы и Михаил Бодиско освободили ротных, и Гвардейский экипаж с развернутым знаменем и 32 офицерами во главе ринулся бегом на Сенатскую площадь. Среди них были оба брата Бодиско.

Старший брат сдерживал младшего от опрометчивых поступков, но он был как одержимый и вырывался из рук. Когда восставшие начинали проигрывать, несколько офицеров Гвардейского экипажа покинули площадь, в том числе и Михаил Бодиско. Увидев это, Борис попытался уговорить роту последовать их примеру. Матросы отказались. Он остался с ними до конца, верный долгу.

В ту же ночь Борис Бодиско был арестован. После короткого допроса в Зимнем дворце отвезен в Петропавловскую крепость, где по личному указанию Николая I помещен в одиночную камеру. 9 января его перевели в Ревельскую крепость, откуда 5 июня 1826 года возвратили в Петербург; до суда он снова находился в одиночной камере.

Михаил Бодиско был арестован утром 15 декабря в казарме Гвардейского экипажа лично великим князем Михаилом Павловичем. До 3 января он вместе с братьями Беляевыми и Дивовым находился в Главной городской гауптвахте, потом – в одиночной камере Алексеевского равелина. Допрашивали братьев Бодиско мало.

В ночь на 13 июля военных моряков – участников восстания, собранных в Петропавловской крепости, обрядили в парадные мундиры и вывели из камер, чтобы зачитать приговор Верховного уголовного суда. В нем 15 имен: капитан-лейтенанты Николай Бестужев и Константин Торсон, лейтенанты Антон Арбузов, Дмитрий Завалишин, Михаил Кюхельбекер, мичманы Василий Дивов, Александр и Петр Беляевы – «по лишению чинов и дворянства сослать в каторжные работы»… на двадцать, двенадцать, восемь лет. Лейтенанта Николая Чижова – сослать в Сибирь… Всех в Сибирь. По окончании каторги оставить на поселение… Без права возвращения… Еще четверых – мичмана Петра Бестужева, лейтенантов Николая Акулова, Федора Вишневского и Епафродита Мусина-Пушкина – «лишить чинов с написанием в солдаты с выслугой и отправить в дальний гарнизон».

Росписью государственным преступникам мичман М. Бодиско отнесен к пятому разряду за то, что «лично действовал в мятеже с возбуждением нижних чинов», он осужден в каторжные работы на 10 лет, а потом на поселение. Государь император своим указом заменил ему наказание крепостными работами. Борису Бодиско вменялось в вину то, что он «лично действовал в мятеже бытностью на площади», он осужден по восьмому разряду – лишению чинов и дворянства и ссылке на поселение. «Из чувства милосердия» Николай I смягчил наказание Борису, повелев «написать его в матросы». Борис Андреевич был сослан солдатом в действующую армию, Михаил – в Бобруйскую крепость.

12 апреля 1828 года Борис Андреевич был произведен в унтер-офицеры. Перед ним открывалась перспектива ухода в отставку, возвращения к нормальной жизни.

Но 24 мая 1828 года Борис Андреевич Бодиско в возрасте 26 лет был убит во время похода против горцев. Известие о гибели Бориса не скоро дошло до Бобруйска, где отбывал наказание Михаил. Здесь Михаил Андреевич принялся за Евангелие. И в нем постепенно совершился переворот. Вникая в великое учение любви и милосердия, он день за днем постигал сущность его. Евангелие дарило надежду и утешение униженным и оскорбленным, давало ответы на наболевшие вопросы. Заключенные в осеннее время, стоя в ледяной воде, очищали крепостные рвы. От такой работы на ногах образовались незаживающие раны, развился ревматизм. Поэтому несколько месяцев Михаил Бодиско провел в лазарете.

21 июля 1831 года, отбыв пять лет крепостных работ, М. Бодиско был переведен в 49-й егерский полк пехотинцем. Полк шел на усмирение поляков. И снова унижение муштрой, поднадзорностью… И мучительный духовный конфликт: надо убивать братьев-славян, идти против собственных убеждений, чтобы верноподданническим поведением выслужиться и заработать прощение государя-тирана… С 1833 года Михаил Андреевич служил на юге, последние годы – в Бессарабии. В Волынском полку он «нес гарнизонную, караульную и пограничную службы, а также участвовал в борьбе с проникновением в Россию чумы». 3а эти заслуги в 1837 году он получил чин прапорщика и вскоре подал в отставку. 20 декабря 1838 года «Государь Император приказал: уволив от службы прапорщика Волынского пехотного полка Бодиско, запретить ему въезд в обе столицы и учредить за ним, как прикосновенным к происшествию 14 декабря, на месте жительства секретный надзор». В апреле 1839 года он прибыл в город Чернь Тульской губернии, где стал помещиком,

Михаил Андреевич сделался управляющим в доле своих братьев, которые жили в Петербурге. В 1844 году Михаил Андреевич женился на Людмиле Павловне Теличеевой. Прошло еще 11 лет. В 1855 году умер император Николай I. Надеясь на перемены, титулярный советник М. Бодиско, «проживая в Тульской губернии с 1839 года и состоя на службе, постоянно был аттестуем удовлетворительно и ни в чем предосудительном замечен не был», снова просит разрешить ему приезжать в Петербург. На этот раз разрешение было получено. Михаил Андреевич был хорошим семьянином и много внимания уделял воспитанию своих детей. Сыновья пошли по стопам отца. Младший сын Андрей Михайлович (1863—1922) окончил Морской кадетский корпус и Николаевскую академию, заведовал минной частью Черноморского побережья.