На фоне этих сравнительно мягких наказаний особняком стоит севильское аутодафе 1630 года, на котором восьмерых иллюминатов сожгли живыми и шестерых in effigie; все они, вероятно, были рецидивистами. Но в общем инквизиция избегала применять к мистикам смертную казнь и часто относилась достаточно снисходительно; карающая ее рука настигала, как правило, только самые одиозные фигуры. Связано это было с тем, что многие мистики признавались святыми в широких слоях народа, с которым церковь предпочитала не вступать в резкие противоречия; более того, некоторые мистики нередко впоследствии были канонизированы.

С конца XVII века объектом преследования инквизиция становятся приверженцы молинизма — учения иезуита Луиса де Молины (1535—1600), который пытался согласовать свободу воли человека с понятием о божественном предопределении. У последователей Молины свобода воли все чаще стала проявляться в половой распущенности, а в своих мистических проявлениях они мало чем отличались от иллюминатов.

В 1689 году в Севилье был осужден монах Педро де Сан-Хосе, совершавший непристойные действия с исповедовавшимися у него женщинами; при этом монах утверждал, что мистическим образом видит Антихриста, находящегося уже в Иерусалиме, и сильно от этого страдает. Развратного монаха приговорили к «сильному отречению», отправили на шесть лет в монастырь, лишили звания проповедника и исповедника и т. д. 18 мая 1692 года предстала на аутодафе молинистка Анна Рагуза, называвшая себя невестой Христа. Она утверждала, что получает откровения свыше, и отрицала за молитвой и постом всякое значение; в народе говорили, будто она обладает способностью по запаху определять состояние совести человека. Рагуза была приговорена к двум годам заточения и шести годам изгнания. В 1718 году понесли различные наказания за молинизм семеро монахов доминиканского монастыря в Кордове.

В 1779 году севильский трибунал расследовал дело молинистки Марии Лопес, пользовавшейся большой популярностью в народе. То, что в двенадцать лет она сбежала из отцовского дома и сделалась любовницей своего исповедника, не помешало распространению славы о ее святости. Мария утверждала, что бывает на небе, где с благословения Св. Девы Марии вышла замуж за Христа; рядом с этим освобождение ее стараниями от мук ада миллионов душ уже не казалось столь уж сложным. Все это продолжалось почти двадцать лет.

В 1779 году чаша терпения церковных властей, видимо, переполнилась, и Марию Лопес арестовали. В тюрьму были отправлены наиболее выдающиеся теологи, чтобы уговорить ее отказаться от своих проповедей, но она заявила, что готова умереть мученической смертью, впрочем, добавив, что через три дня свыше будет дан знак о ее невиновности. 22 августа 1781 года Марию Лопес приговорили к сожжению, но инквизиторы умышленно не выдавали ее светской власти три дня, ожидая, надо полагать, что обещанный знак все-таки появится. На костер Марию повели с кляпом во рту, так как она стала произносить самые ужасные святотатства. В последний момент, однако, она расплакалась. Инквизиция сочла это за угрызения совести и милостиво распорядилась о том, чтобы ее предварительно задушили и лишь потом предали огню.

Большой популярностью пользовалась в народе Изабелла Мария Эррайс, известная как «святая из Куэнки». У нее было множество поклонников среди францисканцев и кармелитов, в ее честь устраивались процессии, зажигались свечи и т. д. Ее учение, сводившееся к тому, что человек может полностью, кровью и телом, слиться с Христом, вызвало оживленную полемику среди теологов: одни утверждали, что учение Эррайс ложно, ибо противоречит сущности таинства причастия; другие допускали его истинность, но не видели достаточного подтверждения того, что она сама такого слияния достигла; третьи принимали за истину все ее слова. Слава Эррайс росла с каждым днем, но все закончилось 25 июня 1801 года, когда инквизиция арестовала ее вместе с ближайшими приверженцами. Эррайс умерла в тюрьме и была сожжена in effigie; один священник и два монаха, арестованные вместе с нею, были сосланы на Филиппины, двое светских получили по 200 ударов розгами и также были сосланы, а ее прислуга была на десять лет отправлена в женское исправительное отделение. «Инквизиция, — замечает ее выдающийся исследователь Генри Чарлз Ли, — могла уничтожить иудаизм, разрушить протестантизм, сделать необходимым изгнание морисков, но она оказалась не в силах вырвать с корнем злоупотребления мистицизмом, который не только свидетельствовал о горячности испанской религиозности, но во многих случаях так мало отличался от учений, долго признаваемых и распространяемых церковью».

Частым явлением, на которое церковь обратила внимание уже в XIII веке, были сексуальные домогательства, которым духовники подвергали прихожанок во время исповеди. Виновных в этом наказывали сравнительно мягко; часто дело ограничивалось временным увольнением от должности.

В 1559 году, вероятно, под влиянием протестантизма, Павел IV предоставил в Гранаде инквизиторам право преследовать священников по обвинению в сексуальных домогательствах, а в 1561 году Пий IV разрешил великому инквизитору Вальдесу распространить это право на всю Испанию. В 1608 году Павел V предоставил то же право португальской инквизиции, а в 1612 году было установлено, что под сексуальными домогательствами, входящими в компетенцию инквизиции, разумеется «возбуждение» не только женщин, но и мужчин. Инквизиция, боясь нанести моральный удар духовенству, стремилась не устраивать скандалов из-за домогательств, причем в вероисповедных актах, призывавших доносить обо всех известных преступлениях, опускалась статья о необходимости доноса на духовников, проявивших такую склонность. Около 1620 года появилась даже теория о том, что уважение к духовенству является законом первой категории, а донесение на преступных духовников принадлежит ко второй категории законов, и, следовательно, им можно пренебречь. Правда, Григорий XV в 1629 году распорядился, чтобы инквизиционные трибуналы наказывали духовников, учивших, будто исповедующиеся не должны доносить на виновных в сексуальных домогательствах.

Наказания, налагающиеся на согрешивших священников, зависели от степени вины и, в общем, отличались снисходительностью; наиболее частым было «легкое отречение», наиболее злостных наказывали лишением права исповедовать, накладывали на них епитимии и заточали их в монастыри.

В 1578 году на кармелита Августина де Сервера поступила жалоба от десяти женщин, и после расследования его лишили права исповедовать и на год заключили в монастырь. На доминиканца Доминго де Ревисто было подано свыше 50 жалоб; в результате он получил десять лет монастырского заключения. Монах Хуан Ромеро обвинялся пятью женщинами; на суде он сознался, что действительно расточал им ласки, но, ссылаясь на свою импотенцию, попросил суд вынести оправдательный вердикт. Однако его приговорили к десяти годам монастырского заточения, епитимии и т.д. В 1604 году перед барселонским трибуналом предстал Эстеван Рамонеда. Поступив пятнадцатилетним мальчиком в монастырь, он отличился там «самым отвратительным и противоестественным развратом». Против него дали показания восемь женщин. Преступление Рамонеды было тем ужаснее, что он вступал в половые сношения прямо в церкви. Несмотря на это, суд вынес ему мягкий приговор: четыре года заточения в монастыре и лишение права исповедовать. Между тем за осквернение церкви, согласно каноническим законам, налагалась тяжелая кара; чтобы избежать ее применения в этом и подобных случаях, инквизиционные софисты толковали, что осквернение церкви бывает лишь тогда, когда половой акт совершается публично; если же духовник грешит, находясь с прихожанкой наедине, то это, конечно, тоже грех, но никак не осквернение святого места.