Первое упоминание о появлении в Испании иллюминатов относится к 1498 году; судя по всему, они прибыли сюда из Италии и привлекли внимание инквизиции не сразу. Учение их распространялось прежде всего женщинами, которые называли себя пророчицами. Большую известность приобрела «святая пророчица» из Пьедраиты, которая утверждала, что часто ведет беседы со Св. Девой и т.д. По мере того как она переходила из города в город и росла слава о ней, у инквизиции находилось в отношении ее все больше подозрений, и наконец дело дошло до великого инквизитора Хименеса. Тот, однако, верил, что пророчица одарена божественной мудростью, и не стал принимать против нее никаких мер. Более того, пророчицу посетил и выслушал король Фердинанд. Все это, однако, не понравилось в Риме. В 1510 году папа Юлий II поручил нунцию Джованни Руфро и епископам Бургоса и Вича расследовать все обстоятельства, связанные с пророчицей, предоставив им право «с корнем вырвать этот скандал, если в нем заключается лишь одно женское легкомыслие». Как шло расследование, мы не знаем; известно только, что пророчица не была подвергнута никакому наказанию. Несколько позже к Хименесу поступил донос на мистика, который говорил, что Бог открыл ему, будто от него святая женщина родит пророка, который исправит земной мир. Этого мистика арестовали, но о том, что было с ним дальше, сведений не сохранилось.

Ранними центрами мистицизма в Испании были Гвадалахара и Пастрана. Около 1521 года здесь одновременно обратили на себя внимание инквизиции несколько иллюминатов. Сначала главой их была белошвейка Изабелла де ла Крус, затем наибольшую известность приобрела Франсиска Эрнандес. Обаятельная женщина, она имела поклонников среди выдающихся людей Испании и отчасти даже с их помощью создала целую мистическую школу. Инквизиция поначалу не принимала ни против нее, ни против ее последователей резких мер. Позже, впрочем, несколько мистиков, позволявших себе эпатирующие речи в людных местах, были арестованы. Виднейшим из них был Педро Руис де Алкарас, слова которого признали кощунством. После пытки он отрекся от учения иллюминатов. Суд инквизиции примирил его с церковью и приговорил к заключению в тюрьму, лишению имущества и розгам, причем сечь Алкараса должны были последовательно в Толедо, Гвадалахаре, Эскалоне и Пастране, где он проповедовал свои взгляды.

В 1532 году была арестована сама Франсиска; она выдала инквизиции многих своих поклонников. Примерно в это же время взяли под стражу группы мистиков в Толедо; их главой была двадцатипятилетняя Петронила де Люсена. И с Франсиской Эрнандес, и с толедскими мистиками инквизиция обошлась сравнительно мягко. Но в дальнейшем распространение мистических идей, а также очевидная их связь, с точки зрения инквизиции, с лютеранством побудили Супрему начать с иллюминатами и квиетистами энергичную борьбу. В письме великого инквизитора Вальдеса Павлу IV от 9 сентября 1558 года говорится, что лютеранская ересь ведет начало от тех, кого называют иллюминатами. В этом же году трибуналы получили приказ учредить над иллюминатами особый надзор. Супрема разослала им длинный перечень ложных взглядов, характеризующих эту секту, отныне признаваемую в числе самых опасных, дабы инквизиторы могли более определенно формулировать свои обвинения.

14 июня 1579 года в Льерене было устроено аутодафе, на котором предстали пятнадцать иллюминатов, — десять мужчин и пять женщин; за исключением сапожника Хуана Берналя все мужчины были духовного звания — они обвинялись в сожительстве со своими духовными дочерьми. Всех духовных лиц приговорили к каторжным работам, тюремному заключению и денежному штрафу. Объявленная главной преступницей пророчица Санс провела все аутодафе с кляпом во рту; ее осудили на вечное заточение и 400 ударам плетьми, причем 200 ударов она должна была получить в Льерене, где происходил суд, и 200 — в Ла-Фуэнте-дель-Маэстре, где постоянно жила.

В 1605 году монах-францисканец Хуан де ла Крус представил толедскому трибуналу записку, в которой доказывал, что взаимные ласки лиц, стоящих на высокой ступени духовного развития, возвышают душу, если ласки эти не сопровождаются желанием грешить. Трибунал немедленно привлек его за это к ответственности. Инквизиция относилась достаточно мягко к тем, кого уличали в половых излишествах, но к тем, кто учил, что половая жизнь является богоугодным делом, не проявляла никакого снисхождения: Хуан де ла Крус подвергся различным унижениям, получил удары плетьми и был заточен в монастырь на шесть месяцев.

Тот же толедский трибунал судил в 1616 году священника Иеронимо де ла Мадре де Диос. Его судьба была довольно извилиста: монах-доминиканец, он за распутство был изгнан из ордена, но затем, в 1613 году, услышал голос Бога, повелевший ему оставить прежнюю жизнь и целиком посвятить себя уходу за больными в мадридской больнице при церкви св. Мартина. Проповеди Иеронимо создали ему вскоре необыкновенную популярность, и он прослыл святым. Но спустя два года поступил донос, что он говорил, будто душа может достичь такой степени совершенства, при которой всякая мольба, обращенная к Богу, является отрицанием совершенства, по смыслу своему не могущего ни в чем нуждаться. Сам Иеронимо добавил масла в огонь, написав сочинение мистического свойства. 28 мая 1616 года его арестовали, а сочинение было рассмотрено комиссией из пятнадцати теологов, которые нашли в нем 186 ошибочных утверждений. После более двух лет пребывания в тюрьме 2 сентября 1618 года Иеронимо был выведен на аутодафе, где его приговорили к лишению права произносить проповеди и писать на религиозные темы, годичному заключению в монастыре и запрещению затем пять лет бывать в Мадриде и Толедо; кроме того, он должен был выдать трибуналу все свои рукописи. Характерно, что многие из 186 ошибочных утверждений, приведших Иеронимо к аутодафе, в прежние времена считались церковью выражением высшей религиозности и человеколюбия и не только не преследовались, но всячески пропагандировались, а люди, выступавшие с подобными идеями, обычно признавались святыми.

Примерно в то же время, что и Иеронимо, но в Севилье появился мистик Фернандо Мендес, учивший, что человек может непосредственно сливаться с Богом; многочисленные поклонники считали его святым и просили, чтобы он выпросил для них у Бога различные милости; считалось, что даже прикосновение к одежде Мендеса приносит благодать. Его постоянно окружали «святые женщины», которые после его проповедей в экстазе сбрасывали с себя платья и плясали неприличные танцы; сам Мендес нередко на исповеди заставлял женщин поднимать юбки. При этом к нему стекались на исповедь не только простолюдинки, но и жены высокопоставленных лиц. Трудно представить, почему инквизиция так долго все это терпела, но только спустя несколько лет, в 1622 году, уже после смерти Мендеса, великий инквизитор Пачеко распорядился начать следствие о распространении в Севилье мистических идей. 30 ноября 1624 года состоялось аутодафе над одиннадцатью иллюминатами, из которых восемь сознались, что они простые обманщики. Девятый, Фернандо Мендес, посмертно предстал in effigie; еще двое, раб Антонио де ла Крус и священник Франсиско дель Кастильо, были приговорены — один к «легкому отречению» и к епитимии, а другой — к четырем годам монастырского заточения, изгнанию из Севильи и лишению права исповедовать. Круг севильских мистиков не был этим исчерпан, и в феврале 1627 года состоялось новое аутодафе, на котором священника Хуана де Вильялпандо приговорили к четырехлетнему заточению в монастыре и к штрафу в 200 дукатов, а кармелитку Каталину, состоявшую, по-видимому, в связи с Вильялпандо, отправили на шесть лет в «лечебницу», где она должна была добывать средства к существованию трудом.