По неполным данным, в первой половине 1919 г. произошло 99 восстаний (всего 344 восстания за полтора года). Однако по другим данным, только в трех губерниях страны — Воронежской, Курской и Орловской — за первую половину 1919 г. имели место 238 восстаний крестьян {2: 91}. Летом крестьянское движение в центре страны превратилось в настоящую войну. Уже в 1919 г. Гражданская война между красными и белыми проходила параллельно с войной крестьянства против политики «военного коммунизма». Крестьянская революция 1917—1918 гг. трансформировалась в крестьянскую войну с коммунистической властью. Место прежнего извечного врага — помещика — в крестьянском восприятии заняло государство, завладевшее землей.

Постановлением Совета рабоче-крестьянской обороны от 28 мая 1919 г. все войска особого назначения, существовавшие при Наркомпроде и других наркоматах и ведомствах, за исключением железнодорожных и пограничных войск, перешли в подчинение НКВД через штаб войск ВЧК и были переименованы в войска Внутренней охраны республики (ВОХР).

Штаб войск ВЧК был реорганизован в штаб ВОХР. Основная задача этих войск заключалась в обеспечении охраны тыла страны. Войска ВОХР предназначались для выполнения следующих функций: вооруженная борьба с мятежами и восстаниями, охрана государственных учреждений, сооружений, охрана и оборона железнодорожных и военных путей сообщения, борьба с мешочничеством, охрана продовольственных складов, контроль и учет сельскохозяйственных продуктов. Общее руководство войсками ВОХР осуществлял военный совет войск под председательством Ф.Э. Дзержинского.

В крестьянском сопротивлении оформилась специфическая форма борьбы — «зеленое» движение. В годы Гражданской войны в России «зелеными» называли тех, кто уклонялись от воинской службы. Они, как правило, скрывались в труднодоступных местах — в лесах, горах. В основном отряды зеленых состояли из дезертиров или уклонившихся от мобилизации как в Красную армию, так и в Белую. Зеленые действовали и против красных, и против белых: обе противоборствующие стороны враждебно относились к зеленым. В народном творчестве периода Гражданской войны отразилась суть зеленого движения: «Эх, яблочко, цвета спелого. Бей слева красного, справа — белого»; «Пароход идет мимо пристани, Будем рыбку кормить коммунистами. Эх, пароход идет — волны валами, Будем рыбку кормить генералами!»

Зеленое движение активно проявилось уже в 1918 г. О нежелании населения участвовать в гражданском противоборстве свидетельствовал провал мобилизации в Народную армию Комуча осенью 1918 г.: в Среднем Поволжье антибольшевистским силам удалось привлечь в нее лишь 2,5% трудоспособных мужчин. Лето 1919 г. отмечено усиленным ростом движения зеленых, связанным с увеличением дезертирства. Одной из главных причин являлись многочисленные мобилизации. Противоборствующие стороны в Гражданской войне сравнительно лояльно относились к пленным из числа принудительно мобилизованных. У многих были справки о мобилизации, выданные и красными, и белыми. Отмечались случаи, когда мобилизованные умудрялись по нескольку раз оказаться в каждой из враждебных армий.

В условиях ожесточенной Гражданской войны обе противоборствующие стороны, нередко неоднократно в одних и тех же местностях, использовали на контролируемых территориях одинаковые методы принудительных мобилизаций местного населения в армию, конфискаций и реквизиций имущества, лошадей, продовольствия, накладывали контрибуции, осуществляли аресты и расстрелы. Грабежи и мародерство в прифронтовой зоне стало обычным явлением. Дезертиры из обеих противоборствующих армий, как правило, имеющие боевой опыт солдаты, создавали вооруженные формирования, основу которых составляло население из мест, занимаемых воюющими армиями. Отряды зеленых вели вооруженную борьбу партизанскими методами против существовавшей на данной территории власти.

Отряды зеленых были неоднородными по составу, состояли преимущественно из крестьянства. Зеленое движение являлось специфической формой крестьянского сопротивления. «Подлинные» («истинные») зеленые состояли из обездоленных властями крестьян, связанных с местным населением, они пользовались его помощью и поддержкой. Зеленые выполняли функции крестьянского ополчения, отрядов самообороны для защиты селений от грабителей, продовольственных и карательных отрядов. Они, как правило, не занимали населенные пункты, чтобы не допустить репрессий против сельчан. Зеленые устраивали нападения на склады оружия, ссыпные пункты. Летом 1919 г. произошел захват зелеными Юрьева-Польского Владимирской губернии с находившимся там артиллерийским складом. В июле 1919 г. Пошехонский уезд Ярославской губернии был целиком охвачен восстанием зеленых. В некоторых случаях зеленые располагали даже артиллерией и пулеметами.

Зеленые принимали активное участие в крестьянском повстанческом движении в 1918—1922 гг.: махновщине, антоновщине, повстанчестве на юге России и в Сибири. Однако неправомерно отождествление зеленого движения с крестьянским протестным движением: зеленое движение являлось лишь частью крестьянского протеста. Оно не имело политических целей, не стремилось к захвату власти. В основе зеленого движения лежали пацифистские лозунги. Зеленые предпочитали руководствоваться принципом «вы нас не трогайте, и мы вас не тронем» и надеялись на благоприятное изменение ситуации. Отдельную часть зеленых составляли дезертиры, занимавшиеся откровенными грабежами и мародерством. Однако большинство зеленых отвергали уголовщину и искали опору в крестьянской среде.

По направленности текущих действий зеленые определялись как «красно-зеленые» и «бело-зеленые». Сформированные противоборствующими сторонами в тылу противника партизанские отряды лишь условно можно отнести к красно-зеленым или бело-зеленым. Считается, что бело-зеленые состояли в основном из дезертиров Красной армии или уклонившихся от мобилизации со стороны красных, красно-зеленые — дезертиры или уклонившиеся от мобилизации белых. В зависимости от конкретной ситуации Гражданской войны нередко происходила их кардинальная трансформация: «бандиты» становились партизанами-союзниками и наоборот. Действия зеленых вносили серьезные осложнения в стратегию борющихся сторон, внося хаос в тылу и отвлекая войска с фронта. Зеленое повстанчество являлось положительным фактором для красного или белого командования, если оно базировалось на территории, занятой противником, но оно же превращалось в отрицательный фактор, когда территория переходила в руки своих войск: недавние партизаны объявлялись бандитами.

Красно-зеленое движение оформилось летом 1919 г. на Черноморском побережье Кавказа. Крестьянство Сочинского, Туапсинского и Новороссийского округов уклонялось от мобилизации в армию Деникина, скрывалось в лесах приморских склонов Кавказского хребта. Организованные выступления зеленой армии в широком масштабе начались, однако, не ранее января 1920 г., когда белый фронт отступал к морю. Зеленая армия освободила почти всю северо-восточную часть Черноморского побережья. При встрече с передовыми частями Красной армии основные силы зеленой армии влилась в ее состав. Новороссийская катастрофа белых войск явилась причиной возникновения бело-зеленого движения на юге России.

Нередко движение зеленых в широком смысле используется как определение для «третьей силы» в Гражданской войне. Однако подобная трактовка представляется несостоятельной. Третья сила без собственной идеологии и политической программы не могла быть соперником ни большевизму, ни реставрации. Сами зеленые о создании власти «третьей силы» не задумывались. Локальные, разрозненные, неоднородные, неустойчивые формирования зеленых не являлись самостоятельной силой. Тем более нельзя объединять в единое движение противников — красно-зеленых и бело-зеленых.