Во время Семилетней войны (1756–1763 гг.) Элфинстон участвовал в высадке британцев на французское побережье, был ранен и даже побывал недолгое время в плену (1758), а затем в 1760–1761 гг. крейсировал у берегов Фландрии и Норвегии. Он плавал также и у берегов Америки, в частности, сражался против испанцев при взятии Гаваны в экспедиции британского адмирала Джорджа Поукока в 1762 г. и искусно провел караван судов через Багамские проливы.

В конце войны Джон Элфинстон уже командовал 60-пушечным линейным кораблем, но об адмиральском чине в Британском флоте в мирное время он мог только мечтать. И вот в 1769 г. российский посол в Лондоне граф И. Г. Чернышев пригласил его поступить на российскую службу на очень привлекательных условиях и сразу по приезде в Россию получить чин контр-адмирала13.

К этому времени Джон Элфинстон имел уже пятерых детей, и в семье ждали шестого. Обговорив с Чернышевым все условия, включая обеспечение жены и детей на случай его кончины, Элфинстон получил разрешение короля и адмиралтейства и с двумя сыновьями – тринадцатилетним Джоном и одиннадцатилетним Самьюэлом – отправился в Петербург. Он ехал, чтобы познакомить русских с «отменным британским опытом», показать миру свои исключительные способности и составить свой капитал14. Первые впечатления от приема при российском дворе действительно преисполнили его осознанием важности своей миссии.

Британский посол лорд Чарльз Каткарт доносил в Лондон сразу по приезде Элфинстона: «Говорят, что контр-адмирал Элфинстон будет командовать эскадрой обшивных кораблей15, которая вскоре будет готова к плаванию; ее предназначали под командование адмирала Спиридова. Этот джентльмен прибыл сюда в воскресенье, и я возил его в тот день в Петергоф, где его появление вызвало большое удовлетворение (great satisfaction) Императрица, кажется, очень довольна этим приобретением»16.

Встречи и конфиденциальные беседы с императрицей и графом Н. И. Паниным, экипажи из дворцовой конюшни, апартаменты во дворце рядом с покоями великого князя и ужины с юным генерал-адмиралом флота Павлом Петровичем – все это наводило Элфинстона на мысль, что именно ему уготовано возглавить секретную экспедицию российского флота, и, как видно из вышеприведенного послания Каткарта, посол разделял те же надежды.

Однако первыми неприятными событиями для Элфинстона в России становятся поездка в Кронштадт и знакомство с адмиралом Спиридовым, которого, как оказалось, уже давно назначили командовать эскадрой и который спешно готовил суда к походу в Средиземное море. Осмотр этой эскадры произвел на Элфинстона тяжелое впечатление: в Кронштадте британцу все показалось в запустении, на кораблях он не мог найти офицеров, но более всего ему не понравился сам адмирал Спиридов. Всё, прежде всего – простота адмирала, вызвало в британце протест, а потому при описании этой встречи он отметил лишь небритое лицо, грязную одежду адмирала и, главное, его шокирующую иностранца привычку к объятиям и поцелуям при встрече (Элфинстон назвал это «поцелуем Иуды»). Русский обычай приветственного поцелуя и в дальнейшем вызывал у Элфинстона брезгливость и отвращение. Впрочем, не могли привыкнуть к такой форме приветствия и другие британцы17.

По возвращении в Петербург он составил большую записку с предложениями об усовершенствованиях на снаряжаемых кораблях, которые императрица повелела «исполнить по возможности»18.

После отправления 18/29 июня 1769 г. эскадры Спиридова Элфинстону досталась небольшая группа судов, наспех собранных по балтийским портам (четыре линейных корабля: «Саратов» «Не Тронь Меня», «Тверь» и «Святослав»; два фрегата: «Надежда» и «Африка»; пинк «Святой Павел» и срочно отремонтированное судно «Чичагов»)19. Самым большим кораблем его эскадры оказался новый 80-пушечный «Святослав», который должен был идти с эскадрой Спиридова, но из‐за конструктивных недочетов вынужденно вернулся в Ревель. В дальнейшем именно с этим кораблем и его командиром И. Я. Баршем у Элфинстона было более всего проблем, и именно на этом корабле он потерпел крушение в сентябре 1771 г. на лемносской мели. Но он, как и обещал императрице, подготовил эскадру к выходу в море ко дню коронации Екатерины (22 сентября/3 октября) и покидал Санкт-Петербург, отпраздновав при дворе день рождения главы Российского флота великого князя Павла Петровича и день коронации императрицы, обласканный вниманием и готовый к великим свершениям.