В конце 1820-х годов вся округа подверглась разорению, и мать отправила одаренного юношу в поисках лучшей участи. Некоторое время он выполнял функции секретаря высокопоставленного лица, но вскоре был принят в прославленный монастырь Жечен, где проявил выдающиеся способности в изучении грамматики, астрологии, поэтике, а также получил много посвящений и передач учений традиции Ньингма. Здесь же будущий Конгтрул принял обеты послушника и монаха. Во время паломничества к священной горе Небесный Львиный Замок (Сенгге Намдзонг), когда вместе с учителем, истощенные голодом и уставшие, они остановились отдохнуть, он получил краткое наставление, непосредственно вводящее в природу ума: «Когда тебя мучает усталость и голод, если прямо всмотреться в природу ума, то увидишь ее действительную природу». Они застыли в медитации, и Конгтрул пережил прямое и неописуемое ви́дение природы ума, к которому, как он описывал ближе к концу своей жизни, было нечего добавлять.

В 1833 году брат Ситу Ринпоче, увидев особые способности юного монаха, решил взять его к себе в секретари. Политическое влияние «дома» Тай Ситу было так велико, что отказать было невозможно, и вскоре Конгтрул прибыл в монастырь Палпунг, где впервые встретился со своим коренным учителем Ситу Пемой Ньиндже[7], от которого получил второе монашеское посвящение и, впоследствии, важные передачи и посвящения[8]. Их общение не было очень близким, поскольку вскоре иерарх удалился в затворничество, продолжавшееся до конца его жизни. Для Йонтена Гьямцо последовавшее десятилетие было заполнено неустанной работой, потоком получаемых посвящений и объяснений от более чем 60 мастеров разных школ того времени и нескончаемыми отшельничествами, посвященными усвоению поучений и совершенствованию в полученных практиках.

К своему 30-летию он достиг широкой известности, и, в соответствии с феодальными обычаями того времени, более сильный суверен, в данном случае администрация князя Дерге, мог потребовать служения талантливого подданного своим интересам. Чтобы избежать этого, было принято решение объявить великого ученого и практика перерождением служителя прежнего Ситупы, родом из области Конгпо. Статус тулку привязывал Конгтрула к школе Ситупы, но, с другой стороны, давал больше свободы в личном развитии и обретении духовных связей с учителями и сподвижниками.

А они не замедлили появиться. Самым близким из них оказался Джамъянг Кхьенце Вангпо[9], ставший и учителем, и учеником Конгтрула. Великий открыватель сокровищ терма, также прошедший обучение в традиции Сакья, передавал Лодрё Тхае учения и посвящения всех традиций тибетского буддизма и в свою очередь получал их от него. Он же вдохновлял его на создание собраний этих учений, чем Конгтрул занялся во второй половине своей жизни. Еще одним ближайшим коллегой в просветлении стал Чокгьюр Дечен Лингпа[10] из Бутана – самый знаменитый тертен последнего времени, также передавший ему полномочия открывателя духовных сокровищ.

Круг близкого общения Конгтрула составляли другие выдающиеся учителя того времени разных школ – Джу Мипхам Джамъянг Гьямцо, Дза Палтрул Ринпоче, кхенпо Женга, Адзом Другпа, Шардза Траши Гьялцен[11] и многие другие. Их близкое сотрудничество и последующее влияние на распространение буддийского учения можно считать возрождением, начавшимся в Кхаме и затем распространившимся по всему Тибету. Движение Риме (внесектарное), целью которого было не слияние всех традиций тибетского буддизма в одну, но сохранение всего богатства практик и особенных методов каждой школы, будь она распространена широко или близка к исчезновению, – когда преданность одной традиции сочетается с глубоким уважением к другим.

Широчайший интерес Конгтрула как ко всему спектру мирского знания, так и ко всем буддийским наукам, являющимся основанием бесчисленных методов тантры и Алмазного пути в целом, к какой бы школе они ни относились, в сочетании с особым вниманием к методам медитации, а не учености, отличали его неустанную деятельность, имевшую энциклопедический охват. Все его время было посвящено Дхарме. Полученные посвящения и передачи становились после ретритов непосредственным опытом постижения; написание инструкций, учебников, как и другая литературная деятельность, были моментами отдыха; сны были наполнены вещими знаками, озарениями, моментами проникновения в истинную суть, победами над препятствиями и негативными влияниями. Поездки были связаны с поиском и обретением новых учений и методов, а во второй половине жизни – с посвящениями и передачами, источником которых теперь уже стал он сам, и с дипломатической деятельностью или умиротворением политических конфликтов, к чему, впрочем, Конгтрул не имел большой склонности, предпочитая затворнический образ жизни в самых простых условиях. Последние четырнадцать лет своей жизни он даже прервал отношения с монастырем Палпунг.

Письменным результатом его неустанной деятельности стали Пять собраний-сокровищниц – Мантр Кагью (6–8 томов (в зависимости от издания) ключевых практик и тантр этой традиции), Драгоценных скрытых сокровищ (60 или 111 томов – собрание терма в основном школы Ньингма, а также других традиций, наряду с объяснениями Кармапы XV и сочинениями самого Конгтрула), Устных наставлений (12–18 томов ключевых наставлений восьми линий практики), Обширных поучений (7 томов собрания Тайных необычных инструкций по центральным практикам традиций или 20 томов, включающих в себя также ритуалы для мирских ситуаций, и последнее собрание) и Всего познаваемого (3 тома энциклопедии буддийский воззрений и практик)[12]. Формировать собрания старых и недавно открытых, знаменитых и исчезающих практик Конгтрул начал в 1856 году после нескольких ретритов и получения благоприятных знаков, указывавших на огромную будущую пользу от такой деятельности[13].