Нельсон просил 10 линейных кораблей и несколько меньших судов для уничтожения плавучих батарей, прикрывавших фронт Копенгагена. Хайд Паркер выделил для него на два линкора больше, и вскоре Нельсон разместил корабли так, что можно было «обстреливать с результатом порт, арсеналы и город, в случае, если бы было оказано дальнейшее сопротивление».

64-пушечный «Агамемнон» не смог подойти на расстояние пушечного выстрела и не принял участия в сражении. 74-пушечные «Беллона» и «Рассел» вошли на фарватер, но сели на мель. Они оказались хотя и в сфере боя, но все-таки на слишком большом расстоянии от противника, чтобы их стрельба по нему была достаточно эффективна. А вот флагманский корабль Нельсона и остальные прошли благополучно.

После нескольких часов ожесточенной артиллерийской перестрелки командовавший английским флотом адмирал Паркер отдал приказ об отводе кораблей, но Нельсон, самый энергичный и смелый из британских адмиралов, не подчинившись ему, продолжил сражение. К вечеру, после прекращения огня, Нельсон написал письмо, адресованное «братьям англичан датчанам», и послал его под флагом перемирия датскому кронпринцу Фредерику, который находился в городе. В письме говорилось:

Лорд Нельсон имеет приказания щадить Данию, как только она перестанет сопротивляться, но если со стороны ее стрельба будет продолжаться, то лорд Нельсон будет обязан предать огню все плавучие батареи, которые он взял, не имея возможности спасти храбрых датчан, защищавших их.

Письмо это было послано на берег с британским офицером, который служил раньше в русском флоте и говорил по-датски.

Во втором своем письме Нельсон написал:

Цель лорда Нельсона, при посылке им на берег флага перемирия, состоит в человеколюбии; он поэтому соглашается, чтобы враждебные действия прекратились Он соглашался при этом свести на берег всех раненых датчан Лорд Нельсон, свидетельствуя нижайшее почтение Его Королевскому Высочеству, просит позволения сказать, что он всегда будет считать, что одержал величайшую из всех когда-либо одержанных им побед, если этот флаг перемирия послужит счастливым предвестником прочного и счастливого союза между Всемилостивейшим правителем Великобритании и Его Величеством королем Дании.

Как видим, Дании предстояло решить, должен ли ее страх перед могущественными союзниками и горячее сочувствие требованиям нейтральных сторон заставить ее претерпевать дальнейшие наказания, или же перенесенные уже страдания и все еще угрожающая опасность служат достаточным извинением для отхода ее от Лиги нейтральных стран. И решение было принято: первоначальное 24-часовое перемирие было подписано в восемь часов вечера на борту британского флагмана «Лондон». С датской стороны его подписал генерал Ханс Линдхольм.

3 апреля в Копенгагене Нельсон провел двухчасовые переговоры с Фредериком. Вице-адмирал потребовал от датчан либо разоружения флота, либо передачи его британской короне. После дальнейших длительных переговоров 8 апреля было подписано перемирие на 14 недель, а датский флот был частично затоплен, частично отправлен в Англию.

После этого боевые действия получили название «война канонерок» (от датской тактики использования небольших канонерских лодок против Британского королевского флота). Датско-норвежский флот был уничтожен, и датское правительство решило строить канонерки в больших количествах, чтобы компенсировать потери. Датский командующий (а позже адмирал) Стеен Андерсен Билле был активным сторонником стратегии использования канонерок. Проекты канонерок были первоначально разработаны шведом Фредриком Хенриком Чапменом. Стратегическое преимущество канонерок заключалось в том, что они могли строиться быстро и без лишних затрат во всем королевстве. Тактическим преимуществом канонерок было то, что они были очень маневренны, особенно в неглубоких водах, и в них было тяжело попасть при обстреле. С другой стороны, лодки были уязвимы и нередко тонули от единственного попадания. Их также нельзя было использовать в бурном море и против больших кораблей. Тем не менее, датско-норвежское правительство построило более 200 канонерок двух моделей: шлюп-канонерка (экипаж из 76 человек, 18- или 24-фунтовая пушка в носовой части, а другая — на корме) и малая канонерка (экипаж из 24 человек, одна 24-фунтовая пушка на носу).

В течение первых трех лет войны с помощью канонерок удалось захватить грузовые суда из конвоев и победить британские военно-морские бриги, хотя они не были достаточно сильны, чтобы одолеть большие фрегаты и линейные корабли.

Британцы контролировали датские воды в течение всей войны и с наступлением сезона навигации регулярно проводили крупные торговые конвои через Эресунн и Большой Бельт. В ходе войны происходили не только вооруженные столкновения. Велась и экономическая война: британцы регулярно захватывали торговые суда в качестве трофеев, проводили рейды на небольшие острова, хорошо заселенные, но незащищенные. Британские военные корабли также проводили десанты для пополнения запасов дров и воды, принудительно скупая или попросту угоняя домашний скот.

Что касается «войны канонерок», то 12 августа 1807 года, еще до того, как война была официально объявлена, британский линейный корабль захватил 32-пушечный датский фрегат. После этого, 23 августа, британцы обстреляли ракетами датскую флотилию канонерских лодок, но атака имела небольшой эффект.

В 1807 году Дания приняла решение присоединиться к Континентальной блокаде, задуманной Наполеоном для экономического удушения Англии. Для небольшой страны это было равносильно самоубийству, ибо Великобритания тут же решила нанести превентивный удар и направила свой флот к датским берегам. 16 августа 1807 года близ Копенгагена был высажен десант.

Затем британцы разбили отряд датской армии у города Кёге, и столица Дании была блокирована.

Пожар в Копенгагене. Худ. Кристофер Вилгельм Экерберг

Со 2 по 5 сентября английский флот осуществлял артиллерийский обстрел Копенгагена. В ряде источников утверждается, что в течение трех ночей по Копенгагену было выпущено 40 000 ракет, 3000 брандкугелей (зажигательных снарядов), 6412 бомб и 4966 ядер. По свидетельствам очевидцев, ракетами пробивались дома насквозь через несколько этажей. При этом погибло не менее 2000 жителей столицы, было разрушено каждое третье здание. При обстреле использовались обладавшие зажигательным действием ракеты, из-за чего в осажденном городе вспыхнули пожары.