Если меры, упомянутые до сих пор, относятся к первому десятилетию после восстания, то реорганизация образовательной системы в полном объеме развернулась лишь после того, как в должность попечителя Варшавского учебного округа вступил в 1879 году Александр Апухтин. Он сделал русский языком преподавания и в начальных школах, за исключением только таких предметов, как Закон Божий и польская грамматика. Кроме того, новый попечитель поставил перед собой задачу укрепить в учебных заведениях позиции православия: под его эгидой были созданы многочисленные православные школьные часовни и молельни, а роль католических священников в религиозном образовании он старался всемерно снижать. Апухтин активно вмешивался и в подготовку собственно католического духовенства: в 80‐е годы он и в духовных семинариях сделал русский языком преподавания и обязательным предметом. Из-за открытой и агрессивной полонофобии Апухтина время его пребывания на посту попечителя Варшавского учебного округа, длившееся почти двадцать лет, поляки прозвали «апухтинской ночью»157. Это название обличало одновременно и хронический недостаток финансирования образовательного сектора. В долгосрочной перспективе пренебрежительное отношение к нему имело серьезные последствия: перепись населения 1897 года продемонстрировала высокий уровень неграмотности – 69,5% от общей численности населения Привислинского края158.

Агрессивность, с которой Апухтин в 80‐е годы воевал с католическим духовенством, не была чем-то новым: уже первые годы после Январского восстания характеризовались многочисленными репрессивными мерами против католической церкви. По мнению российских чиновников, духовенство наряду со шляхтой было подлинной движущей силой восстания. Сам Николай Милютин говорил о католическом монахе как о коварном мятежнике, который, «с крестом в одной руке и саблей в другой», затевает бунт, чтобы свергнуть российское правление159.

Государственные репрессии сильно ударили по католической церкви уже во время восстания 1863 года. Были произведены многочисленные аресты духовенства, ряд священников оказались приговорены к казни или ссылке. Часть монастырей была закрыта, а церковное имущество в огромных объемах конфисковывалось. Уже в ноябре 1864 года князь Черкасский как член Учредительного комитета взял на себя управление всеми делами, касавшимися католического духовенства160. В 1865 году высочайшим повелением католическая церковь в Царстве Польском и в западных губерниях получила новую административную внутреннюю структуру. В Привислинском крае теперь оставалось всего семь диоцезов, а через два года их число было вновь уменьшено. Священники теперь получали жалованье непосредственно из казны; в 1866 году Петербург запретил католическим епископам общаться с Ватиканом, а в 1871 году вся католическая иерархия в Российской империи была непосредственно подчинена Римско-католической духовной коллегии – отделу Святейшего правительствующего синода в Санкт-Петербурге. Многие епископы, отказавшиеся признать это подчинение, были отправлены в ссылку, а их епископские кафедры, оставшиеся вакантными, не замещались, поэтому к 1871 году епископы имелись только в трех из пятнадцати католических диоцезов российской части Польши161.

Сразу после Январского восстания в умах российских чиновников доминировал образ агрессивно миссионерствующего католицизма, и они считали своей первейшей задачей защитить простое православное население от миссионерских посягательств поляков162. Это был один из главных аргументов, приводимых в 70‐е годы в пользу окончательного упразднения униатской церкви. После того как в 1875 году последняя, Холмская ее епархия была насильственно объединена с Русской православной церковью, Греко-католическая церковь в Российской империи прекратила свое существование. «Возвратившимся» в православие прихожанам было законом запрещено переходить в католичество, а «упорствующие» униатские общины и индивиды, противящиеся принудительному объединению с Русской православной церковью, подвергались жестоким репрессиям163.

Но не только государственное управление, образовательная и церковная сферы подпали под репрессивно-унифицирующую политику Санкт-Петербурга. После Январского восстания схожие меры были применены к таким областям, как юстиция, здравоохранение и экономика. При этом влияние Петербурга часто происходило с задержкой и к тому же характеризовалось преднамеренной или бессознательной политикой пренебрежения, что особенно заметно демонстрировала реорганизация медицинского дела. Так, существовавшее с 1830 года и укомплектованное в основном польскими кадрами учреждениe – Главный опекунский совет, который заведовал больницами и прочими учреждениями здравоохранения в Царстве Польском, – былo распущенo только в 1870 году. Eгo преобразовали в советы по общественному призрению, которые подчинялись Министерству внутренних дел и, таким образом, были интегрированы в имперскую администрацию. Однако, поскольку эти инстанции, действовавшие на губернском и городском уровнях, страдали от хронического недофинансирования, а частная благотворительная деятельность в Польше в то время сократилась, потому что жертвователи не доверяли государственной администрации, система здравоохранения в Царстве Польском была печально знаменита прежде всего своими недостатками. Например, в Варшаве в 1902 году на душу городского населения приходилось значительно меньше больничных коек, чем в Санкт-Петербурге.