В XI веке тюрки входили в мир ислама, и не только в качестве захваченных или купленных рабов, но и за счет переселения целых племен свободных тюрков-кочевников, все еще организованных традиционным для них образом. Укрепление империи Сун в Китае после беспорядков междуцарствия отрезало путь для экспансии в Китай и заставило кочевников Центральной Азии обратиться к западному направлению. Эти захватчики принадлежали к племенам огузов и прославились под именем сельджуков, это название они получили по возглавлявшей их военной династии.

Сельджуки вошли на территорию халифата около 970 года и вскоре обратились в ислам. За короткое время они завоевали большую часть Ирана, а в 1055 году Тогрул-бек вступил в Багдад, разгромив Буидов и включив Ирак в сельджукское царство. Через несколько лет сельджуки вырвали Сирию и Палестину из рук местных правителей и пришедших в упадок Фатимидов и преуспели там, где арабы прежде потерпели неудачу, отвоевав у византийцев большую часть Анатолии, которая стала и осталась мусульманской и турецкой землей.

Сельджуки были мусульманами-суннитами, и многие расценили захват ими Багдада как освобождение от шиитов Буидов. Халифы остались номинальными правителями, но настоящими владыками империи, большая часть которой на тот момент была объединена под единой властью впервые с начала халифата, были великие султаны сельджуков, победивших и византийцев, и Фатимидов на западе.

Новые правители империи в администрации в основном полагались на иранцев и иранскую бюрократию. Одной из самых заметных фигур той эпохи был великий иранский министр Низам аль-Мульк, систематизировавший феодальные тенденции, которые уже были присущи практике откупа предшествующего периода. Случаи злоупотребления предыдущей эпохи стали правилом нового общественного и административного порядка, в основе которого лежала земля, а не деньги. Чиновникам предоставлялись земельные наделы. Взамен они обеспечивали содержание некоторого числа солдат. С наделами чиновники получали права не только на комиссию с собранных налогов, но и на сами доходы. Хотя иногда за счет узурпации они становились наследственными, в теории, да и в обычной практике они предоставлялись только на определенный срок и их всегда могли отобрать. Историк Имад ад-Дин, писавший в эпоху сельджуков, указывает, что это был единственный способ внушить беспокойным тюркским кочевникам и воинам заинтересованность в процветающем сельском хозяйстве, а также замечает: «По обычаю деньги собирали с земли и выплачивали их воинам, и ни у кого раньше не было наделов. Низам аль-Мульк увидел, что деньги не поступают по причине разрухи и что в доходе нет уверенности из-за беспорядка. Поэтому он разделил земли между воинами, отдав их им в наделы и сделав источником дохода. Им стало выгодно развивать землю, и к ней быстро вернулось процветание». В этих нескольких простых словах он описал длинный переход от денежной к феодальной экономике.

Общественные потрясения в такую эпоху перемен были неизбежны. Землевладельцы старого режима стали терять свою важность и вытесняться новыми, которые стали таковыми благодаря завоевателям. Найденные в Скандинавии монетные клады в определенной степени свидетельствуют об упадке торговли или, во всяком случае, международной торговли. В IX и X веках арабские и персидские монеты встречаются там очень часто и даже преобладают. В XI веке их становится намного меньше, а затем они и вовсе исчезают.

Главным оппозиционным движением в этот период вновь стали исмаилиты, только в новой измененной форме. В 1078 году Хасан ибн Саббах, вождь персидских исмаилитов, побывал в столице Фатимидов Каире. Там он вступил в конфликт с военачальником-деспотом, который фактически правил фатимидским царством от имени имама. После смерти фатимидского халифа Аль-Мустансира в 1094 году Хасан ибн Саббах и его приверженцы в Иране отказались признать преемника, выдвинутого военачальником, и разорвали связи с выхолощенной каирской организацией. Восточные исмаилиты тем временем объявили о своей верности Низару, старшему сыну Аль-Мустансира, которого обошли при назначении преемника, и вступили в новый период активной деятельности во владениях сельджуков. Последователи «Нового призыва», как назвали реформированный исмаилизм Хасана ибн Саббаха, известны под именем хашишинов или ассасинов, от арабского слова хашиши. Это оскорбительное прозвище, которое дали исмаилитам их соседи в Сирии, крестоносцы привезли в Европу. Современный смысл слова, который оно приобрело на Западе, происходит от политической тактики этой секты.

В 1090 году Хасан ибн Саббах завладел неприступной горной крепостью Аламут на севере Персии. Здесь, как и в аналогичных оплотах, созданных в Сирии в следующем веке, Старец Горы, как называли главу секты, командовал бандами своих преданных и фанатичных приверженцев, ведя кампанию террора и убийств против правителей и сановников ислама во имя таинственного скрытого имама. Эмиссары Старца осуществили серию дерзких убийств видных мусульманских деятелей и военачальников, в том числе и самого Низам аль-Мулька в 1092 году.

Западные летописцы Крестовых походов ярко живописуют страх, который ассасины внушали в Сирии и мусульманам, и крестоносцам, и именно благодаря этим описаниям их имя прославилось и вызывало ужас даже в Европе. Страх перед ассасинами исчез лишь после монгольских нашествий XIII века, после чего в исмаилизме наступил застой и он превратился в мелкую еретическую секту.

Экономическая перестройка эпохи ранних сельджуков происходила параллельно с аналогичной перестройкой религиозной жизни. В Багдаде и других городах были основаны религиозные школы – медресе, которые стали образцом для множества других, появившихся затем в мусульманском мире. Багдадская Низамия, названная так в честь основавшего ее великого министра, и ее аналоги были центрами ортодоксального ислама, а именно возрожденного традиционализма, который начал распространяться повсеместно, и его задача в значительной мере состояла в том, чтобы противостоять подрывному влиянию учения исмаилитов и интеллектуального радикализма предыдущего периода. Некоторое время там преподавал Аль-Газали (1059–1111), один из величайших мусульманских религиозных мыслителей. В его трудах содержатся опровержения как философии, так и ереси.

После смерти Низам аль-Мулька вернулась политическая раздробленность Ближнего и Среднего Востока. Сельджукская империя распалась на ряд небольших государств-преемников, которыми правили представители или чиновники Сельджукской династии. Именно в этот период ослабления в 1096 году на Ближний Восток прибыли крестоносцы.

В наши дни Крестовые походы часто изображаются как ранний опыт экспансионистского империализма – провозвестника современных европейских империй. Для людей того времени, как мусульман, так и христиан, это было не так. Когда крестоносцы прибыли в Иерусалим, едва прошло четыреста лет с тех пор, как этот город вместе с остальной частью Леванта и Северной Африки войска ислама вырвали из рук христианских правителей, а их жителей-христиан насильственно включили в новую мусульманскую империю. Крестовый поход был запоздалой реакцией на джихад, священную войну за ислам, а его цель состояла в том, чтобы с помощью войны вернуть то, что было потеряно в результате войны же: освободить святые для христиан места и снова открыть их для беспрепятственного паломничества.