Манштейн, получив доклад о советских десантах, посчитал их вначале отвлекающим маневром, призванным облегчить положение защитников Севастополя. Он приказал командиру 42-го корпуса генералу Шпонеку сосредоточить все силы 46-й пехотной дивизии и сбросить русских в море, а для прикрытия Феодосии направить 4-ю горную, 8-ю кавалерийскую румынские бригады и один немецкий пехотный полк — свои последние резервы. Остальные силы 11-й армии были втянуты в жестокие бои за Севастополь, казалось, что нужно предпринять последнее усилие, и крепость падет. Поэтому 28 декабря немцы продолжили штурм.

В ночь на 29-е группа кораблей — два легких крейсера и три эсминца — под командованием капитана 1-го ранга Н.Е. Басистого подошла к Феодосии и открыла огонь по порту из всех орудий, выпустив по берегу более 2000 артиллерийских снарядов. Артиллерийский огонь велся по площади и оказался малоэффективным. Но он позволил незамеченными подобраться к входу в гавань катерам с первой волной десанта. Около 2.30 на сторожевых катерах и малых тральщиках в порт ворвалась штурмовая группа из 600 морских пехотинцев под командованием старшего лейтенанта А.Ф. Айдинова. Они овладели прибрежной полосой и маяком. Все это было полной неожиданностью для праздновавшего Рождество немецкого гарнизона, который состоял из саперного батальона, одной береговой батареи, имевшей 4 орудия калибра 105 мм, и противотанкового дивизиона.

В 4.30 в гавань вошли эсминцы и крейсера. Прямо на причалы с боевых кораблей и транспортных судов началась высадка войск. Немцы сопротивлялись отчаянно. Хотя, по утверждению адмирала А. Зубкова, вражеские артиллеристы «после рождественской пьянки» открыли огонь с опозданием, они сумели потопить 4 катера и нанести серьезные повреждения всем кораблям отряда. Эсминец «Шаумян» потерял грот-мачту, на «Железнякове» разнесло кают-компанию, а «Незаможник», стремясь побыстрее выйти из-под обстрела, въехал носом в стенку, разворотил себе форштевень и вынужден был вернуться в Новороссийск.

В крейсер «Красный Крым», стоявший на рейде, попало восемь снарядов и три мины. Дважды снаряды поразили тральщик «Щит». Крейсер «Красный Кавказ» более двух часов швартовался у внешней стороны мола: мешал сильный отжимной ветер, а наличия в составе передового отряда хотя бы одного буксира не предусмотрели. За это время корабль получил 17 попаданий снарядов и мин и, не закончив выгрузку артиллерии и автомашин, вынужден был отойти на рейд. Его командир позднее докладывал, что «крейсер подавлял вражеские батареи, бил прямой наводкой по бронепоезду (?), по танкам (?). При этом досталось и ему самому». Кто был пьян, а кто тверез?

Тем не менее к 11.30 на берегу оказалось более 5000 бойцов штурмовых отрядов при 20 орудиях и минометах. За три последующих дня флот перебросил в Феодосию личный состав трех стрелковых дивизий: 23 000 солдат и офицеров, 151 орудие и миномет, 34 танка, 326 автомашин и тягачей, 1550 лошадей, более 1000 тонн боеприпасов и других грузов. Выбив к исходу 29 января немцев из города (заодно прикончили 160 раненых в госпитале, многих просто выбросили из окон на мороз. Расстрелы военнопленных не были чрезвычайщиной или трагической случайностью, а утвержденной нормой. Иногда их сначала фотографировали корреспонденты «красных звезд», дабы опровергнуть «измышления геббельсовской пропаганды» о том, что русские пленных не берут. Так, Мехлис докладывал Ставке из Керчи: «Кровь стынет от злости и жажды мстить. Фашистских пленных я приказываю кончать». Кончали не только в Крыму, «мстили» на всех фронтах, что дало основание генералу Э. Раусу отметить: «В первый период войны русские, судя по всему, пытались подорвать моральный дух германских солдат, совершая против них многочисленные акты жестокости») и, отбросив две подошедшие румынские бригады, части 44-й армии начали развивать наступление в северном направлении.

На следующий день 51-я армия освободила Керчь и двинулась на запад. Вернее сказать, советские разведчики проникли в город и выяснили, что он оставлен противником. Генерал Шпонек, опасаясь быть отрезанным, несмотря на категорический приказ штаба армии держать оборону, велел своим войскам очистить Керченский полуостров. Отход 46-й дивизии больше походил на бегство, ее части, бросив большую часть артиллерии и боевой техники, форсированным маршем отступили на Ак–Монайский перешеек (за самовольный отход граф Шпонек был предан суду военного трибунала и позднее расстрелян, а личный состав 46-й пехотной дивизии Гитлер запретил представлять к каким бы то ни было наградам).

В результате немецкая армия оказалась в критической ситуации. Как признавал Манштейн: «Если бы противник использовал выгоду создавшегося положения и быстро стал бы преследовать 46-ю пд от Керчи, а также ударил решительно вслед отходившим от Феодосии румынам, то создалась бы обстановка, безнадежная не только для этого вновь возникшего участка… Решалась бы судьба всей 11-й армии. Более решительный противник мог бы стремительным прорывом на Джанкой парализовать все снабжение армии… Но противник не сумел использовать благоприятный момент. Либо командование противника не поняло своих преимуществ в этой обстановке, либо оно не решилось немедленно их использовать». Между тем на переброску немецких войск от Севастополя к вновь возникшему фронту требовалось не менее двух недель.

Наступавшая через Керчь 51-я армия вела преследование очень вяло, а войска Первушина, к удивлению Манштейна, от Феодосии основными силами двинулись не на запад, а на восток, навстречу 51-й армии: «Противник явно видел перед собой только свою тактическую цель — уничтожение наших сил на Керченском полуострове — и совершенно упустил из виду оперативную цель — пересечение основной жизненной артерии 11-й армии». Это позволило немцам создать из измотанной 46-й дивизии, одного свежего пехотного полка и румынских частей непрочный фронт прикрытия протяженностью в 32 км на рубеже отроги Яйлы — побережье Сиваша западнее Ак–Монай. На укрепление румынских частей были посланы все офицеры, унтер-офицеры и солдаты, которых смогли наскрести по тыловым подразделениям, в том числе и из штаба армии.

К исходу 2 января 1942 года советские войска продвинулись на 100–110 км и очистили от немцев Керченский полуостров. Однако главные задачи выполнены не были: уничтожить немецкую группировку и ворваться на плечах разбитого противника в глубь Крыма не удалось. Обстановка требовала немедленного развития Кавказским фронтом активных действий, пока Манштейн не успел еще создать прочной обороны, слабость его сил на этом участке создавала исключительно выгодные условия для развития наступления. Ставка указала генералу Козлову на необходимость скорейшего выхода к Перекопу, а также нанесения ударов в тыл севастопольской группировке противника.

Но командующий фронтом под предлогом неготовности войск оттягивал переход к наступательным действиям. Его сомнения можно понять: в ходе десантной операции было потеряно более половины участвовавших в ней войск — 41 935 человек, из них около 32 тысяч убитыми, замерзшими и пропавшими без вести, 35 танков, 133 орудия и миномета. В донесении от 2 января Козлов сообщал, что наступление может быть назначено не ранее чем на 12 января. Затем срок наступления был перенесен на 16-е число, однако оно так и не состоялось, хотя в распоряжении Козлова к этому времени имелась 181 тысяча бойцов и офицеров.