Продвижение Дальнейшей Реформации и последовавшее давление с целью изменения морали и образа жизни заставило критиков задаться вопросом, по какому праву официальная Церковь и ее союзники в светских органах власти пытались управлять жизнью общества и отдельной личности. Самым влиятельным оппонентом власти консисторий был утрехтский регент и медик, Ламберт ван Велтхёйзен (1622-85 гг.). Хотя номинально он принадлежал к реформатской Церкви, он был энергичным сторонником веротерпимости, другом коллегиантов и ревностным картезианцем.

В нескольких трактатах 1650-х и 1660-х гг. Велтхёйзен доказывал, что ни один церковный орган не имеет власти навязывать свои взгляды личности, и что принуждение в гражданском обществе на законных основаниях может исходить только от светских властей. Он считал обязательным строгое подчинение консисторий городским советам.

Конфликт между соперничавшими идеологическими блоками в нидерландской политической среде в середине XVII в. не был состязанием в учтивости. Слишком многое было поставлено на карту, и обе стороны часто не стеснялись в выражениях. Воэцианцы называли партию Штатов «лицемерами, либертинцами и еретиками», тогда как их оппоненты величали воэцианцев адвокатами женевского ига, врагами свободы и союзниками аморальных штатгальтеров. «Лувестейнцы» вовсе не стремились бросить тень на Вильгельма Молчаливого и Фредерика-Хендрика, которые защищали свободу и противились многим требованиям официальной Церкви. Но именно те штатгальтеры, Мориц и Вильгельм II, которые были защитниками дела Церкви и которых прославляли ортодоксы, были более чем уязвимыми для критики. Юрист Йоханн Уйтенхаж де Мист, друг Питера де ла Кура, намекал, в нескольких своих трактатах республиканского характера, на половую распущенность Морица и Вильгельма II, принцев, чья необузданная похоть была притчей во языцех в Гааге. Общественности предлагалось задуматься, могли ли они испытывать доверие к кальвинистскому пылу проповедников, которые заявляли, что почитают таких людей.

Ни один независимый монарх (к немалому огорчению Липсия) больше не обладал суверенной властью в северных Нидерландах после 1672 г. В этом году правительственные обязанности приняли на себя Штаты Голландии, поручив принцу Оранскому руководство военными действиями и исполнительную власть, но с условием действовать только в режиме консультаций со Штатами, «которые лучше знают обстановку в стране и умонастроения людей». Голландия, с Зеландией и Утрехтом, в отличие от Брабанта и Фрисландии, наотрез отказалась передать суверенную власть принцу Анжуйскому. Несмотря на это, правительство на севере в 1572-87 гг. еще не было полностью республиканским по своему характеру. Это было вызвано не столько тем, что Филипп II еще теоретически признавался сувереном, сколько тем, что принц Оранский — и, на короткое время, также принц Анжуйский и Лестер — властно вмешивались в процессы принятия политических решений, военного командования, и назначения на государственные должности. Только после отъезда Лестера в 1587 г. сложилась полностью республиканская система правления, в которой роль главного правительственного органа страны — на практике, если не в теории, — перешла к Штатам Голландии во главе с Олденбарневелтом. Более того, в этот первый период подлинно республиканского правления возникла и политическая философия, нашедшая свое яркое выражение в сочинениях Гроция, написанных до 1618 г., а также в примечательном трактате «De Republica Ebraeorum» (1617 г.) лейденского профессора Петра Кунеуса, который называли «самым сильным общественным манифестом республиканской теории в ранние годы Нидерландской Республики». Но эта начальная фаза республиканского правления потерпела крах, несмотря на ее многочисленные успехи. Она закончилась через тридцать лет coup d'etat (государственным переворотом (фр.)) Морица в 1618 г., который фундаментально изменил структуру власти Соединенных Провинций на всех уровнях, заменив полностью республиканскую модель квазиреспубликанской «цезарианской» системой. Он также остановил поток сочинений в духе Гроция и Кунеуса. Отныне штатгальтер контролировал политику и систему назначения на государственные должности посредством узкого круга своих доверенных лиц и фаворитов, главным образом, выходцев из дворянского сословия и военных, и политическая среда Нидерландской Республики изменилась соответствующим образом.

Учрежденная Морицем система принятия решений, клиентелы и влияния продолжалась при Фредерике-Хендрике, хотя и в модифицированной форме, без теологической базы Морица и с предоставлением некоторой степени самостоятельности Голландии. Но Голландия оставалась, тем не менее, в подчиненном положении, и большинство назначений и решений осуществлял штатгальтер и его фавориты. Распределение влияния в Соединенных Провинциях при оранжистском режиме, другими словами, в корне отличалось от того, которое существовало при республиканской системе, восстановленной в 1650 г. Дворы иностранных держав и дипломаты в Европе середины XVIII в. были прекрасно осведомлены о разнице между этими контрастирующими системами Нидерландской Республики, так как при режиме штатгальтера последний эффективно контролировал нидерландскую дипломатию (несмотря на то, что официально послы вели переговоры с Генеральными Штатами) и принимал большинство военных решений (кроме выделения денежных средств на содержание армии), тогда как при противоположной системе, восстановленной в 1650 г., контроль над дипломатией и армией перешел к Штатам Голландии.

Режим штатгальтеров, несомненно, позволял быстрее принимать политические решения, чем более консультативная и формализованная республиканская альтернатива, и давал возможность Нидерландскому государству держать в секрете свои политические решения высшего порядка. Но, с другой стороны, ему были присущи очевидные слабые стороны. В период правления штатгальтеров большей частью власти и влияния в Республике обладала маленькая клика, зачастую — дворяне, связанные со двором штатгальтера, не представлявшая ни одной широкой группы населения и не имевшая тесных связей с ним, и ответственная, на практике, только перед штатгальтером. Соответственно, правительство было и оставалось отделено от гражданского общества, которое создавало богатство Республики и обеспечивало ее существование во всех сферах. Неизбежным последствием такой системы управления было то, что военные вопросы, имевшие жизненно важное значение для штатгальтера и его фаворитов, получали более высокий, а морские интересы Голландии — заниженный приоритет, чем это было при республиканской системе, в которой Голландия не только предоставляла ресурсы, но и контролировала их использование.

Еще одним результатом концентрации влияния в руках узкого круга людей при штатгальтерах было то, что политика становилась более подверженной коррупции извне, чем при республиканской системе. Правда, при республиканской системе коррупция также была обычным явлением, и после 1650 г. коридоры власти в Гааге обрели дурную славу за торговлю государственными должностями и секретами, а в городах коррупционные сделки при распределении должностей и благ достигли угрожающих масштабов. Но в данном случае коррупция носила в большей степени внутренний характер, так что Республика оставалась существенно менее уязвимой для связанных с подкупом махинаций иностранных дворов, чем при штатгальтерах. Чудовищно коррумпированная личность, такая как Корнелис Мус, секретарь Генеральных Штатов при Фредерике-Хендрике, сколотивший состояние, главным образом, за счет своего влияния в сфере дипломатии, был типичным симптомом оранжистской системы. Французский посол Шану отмечал это различие в 1653 г., признавая, что при Морице и Фредерике-Хендрике иностранный дипломат в Гааге всегда знал, «qui distribuoient les charges et les graces» («кто распределяет должности и блага» (фр.)), так что подкуп в высших эшелонах власти был вполне подходящим средством ведения дипломатии; напротив, при партиифракции Штатов власть — и, таким образом, также власть коррупции — была более рассредоточена, в результате чего такой подкуп стал менее эффективным инструментом. «Aujourd'hui, — заключал Шану, — cette dépense serait infinie et unfructueuse» («а теперь эти расходы являются бесконечными и бесплодными» (фр.)).