Поведение французов вызвало ненависть у большинства местного населения. Началась партизанская война.

В марте 1896 г. в северных и южных районах Имерины образовалось несколько повстанческих отрядов, совершивших набеги на французские военные посты. Среди повстанцев — меналамба, как их именовало население, — было немало солдат бывшей малагасийской армии, вооруженных европейскими винтовками, которые были надежно спрятаны, когда французы разоружали малагасийскую армию.

В районы, охваченные повстанческим движением, было направлено девять рот французских войск — около тысячи штыков. Полковник Комб, руководивший карательной экспедицией в бассейнах рек Бецибока и Махажамба, «разорил, предал огню и залил кровью» все деревни, через которые прошли французские войска. Тем не менее большая часть повстанцев, отступивших с боями к окраинам Имерина, сохранила свои силы. После того как карательная экспедиция Комба вернулась в Тананариве, бассейны рек Бецибока и Махажамба вновь перешли под контроль меналамба.

По данным французской администрации, в рядах меналамба в этот период находилось 7 — 8 тысяч человек, вооруженных порядка 3,5 тысячи ружей. Повстанцы избрали тактику партизанской войны и постоянно прерывали коммуникации между французскими гарнизонами в Имерине. Для того чтобы контролировать дорогу Тананариве — Таматаве, французы создали многочисленные военные посты, которые, подвергаясь постоянным нападениям, несли большие потери. За первые 3 — 4 месяца восстания французы потеряли убитыми около 190 человек.

Для французского правительства становилось очевидным, что 4,5-тысячное войско, дислоцированное на Мадагаскаре, не в силах подавить восстание. Поэтому во второй половине 1896 г. на остров были направлены подкрепления: шесть рот Иностранного легиона и две роты реюньонцев (1200 штыков). Генеральный резидент Франции на Мадагаскаре Ларош был смещен со своего поста, и на его место был назначен генерал Галлиени, который приступил фактически к геноциду малагасийского народа. Так, Галлиени поучал своих офицеров: «Не следует забывать, что имеешь дело с дикарями, которых нужно дрессировать и приручать, как животных...»

В конце 1896 г. Галлиени сосредоточил большую часть французских войск в центральных районах острова, которые были поделены на шесть военных округов. Командующие округами должны были разбить воинские подразделения на небольшие отряды по 50 — 60 человек, в задачу которых входило создать непрерывную цепь, способную оттеснить повстанцев к границам Имерины. В каждый округ также направлялись войска, набранные среди малагасийцев путем принудительной мобилизации. Чтобы предотвратить возможность перехода малагасийских стрелков на сторону повстанцев, Галлиени широко применял принцип «разделяй и властвуй». Для подавления восстания мерина использовались подразделения, сформированные 1896 — 1897 гг. из бецимизарака и сакалава. А когда французы начали военные действия в областях, населенных сакалава, туда были переброшены войска, состоявшие из мерина.

Французы расправлялись с восставшими с невероятной жестокостью. Кровавые репрессии были направлены не только против самих повстанцев, но и против всех мирных жителей Имерины. Французские войска уничтожали запасы продовольствия, заливали водой рисовые поля, обрекая на голод районы, охваченные восстанием. Французские отряды прочесывали деревни и арестовывали всех, кто был заподозрен в сочувствии повстанцам. Очевидец рассказывал: «В Амбатоманга (центр одного из округов) прибывали лишь те, кого захватили якобы с оружием в руках. Им отрубали головы или расстреливали без допроса и без какого-либо суда... Вокруг деревни были расставлены колы с головами. Эти головы постоянно заменялись новыми, так как казнили почти ежедневно».

Репрессии не обошли стороной и малагасийскую знать. Так, в октябре 1896 г. были расстреляны несколько высших королевских чиновников, поддерживавших связь с повстанцами.

Французские войска получили приказ уничтожать все на своем пути, и в первую очередь урожай. Так в стране искусственно был вызван голод.

Особенно ожесточенное сопротивление французские войска встретили в стране сакалава, где в сентябре — октябре 1897 г. вспыхнуло восстание, продолжавшееся до марта 1900 г., а в отдельных районах — и до июля 1901 г. Галлиени писал: «В сентябре 1900 г. две обширные области оставались еще не подчиненными и даже не затронутыми проникновением. На востоке страны — лесная зона, идущая параллельно побережью вдоль границ провинций Фианаранцуа, Фарафангана, и округ Бара (от Икунгу на севере до округа Форт-Дофин на юге); на юге — страна Михафали и Антандруи. Эти области были не единственными, где умиротворение не было завершено».

В этих областях в течение всего 1901 г. французские войска вели ожесточенные бои с партизанскими отрядами.

Французское командование в 1902 г. заявило о полном умиротворении страны. По словам французского исследователя П. Буато, один из современников, побывавших на Мадагаскаре в конце XIX в., «оценивал в 100 тыс. число погибших в годы "умиротворения". Другие авторы говорили о 300 тыс. и даже о 700 тыс. жертв, считая тех, кто погиб не только вследствие репрессий, но и от голода»{35}.

Но вот в 1904 г. вновь вспыхнуло восстание на юге острова — на территории антайфаси, антайсака, антанузи, антандруи, частью танала и бара (этнические группы малагасийского народа). Восстание перекинулось в округ Икунгу. И снова на подавление малагасийцев были двинуты значительные подразделения колониальных войск. Разрозненные вспышки сопротивления продолжались вплоть до 1915 г.

Следует заметить, что борьба малагасийского народа не была напрасной. Французские колонизаторы были вынуждены сохранить старую систему крестьянского землевладения и землепользования. Наконец, именно национально-освободительное движение стало важнейшей причиной, помешавшей превращению острова в переселенческую колонию.

С 1897 г. на Мадагаскаре утвердилась система прямого управления. Вся территория острова, кроме его южных и восточных районов, где периодически вспыхивали антиколониальные восстания, была разбита на двадцать провинций. Некоторые из них подчинялись непосредственно генерал-губернатору, а другие — командующим военных округов. В провинциях были созданы советы нотаблей, то есть местной знати. По представлению этих советов колониальная администрация назначала малагасийских чиновников на различные должности от «туземных» губернаторов провинций до старост деревень. Власть «туземных» губернаторов, находившихся под контролем французских резидентов, была лишь номинальной. Но, по словам Галлиени, эта власть должна была быть сохранена, так как, «укрывшись за ней, нам лете маневрировать».

Прямое управление на Мадагаскаре основывалось на принципе разделения отдельных малагасийских племен и противопоставления их друг другу. Так, единые в этническом отношении территории были разделены на несколько провинций, имевших свой административный аппарат. Чиновники мерина были удалены со всех постов, которые они занимали за пределами центральной части острова, а на их места назначены представители знати бецилеу, бецимизарака, антаймуру и других народностей.