В Москве сложилась самая широкая коалиция против Шуйских. В нее входили люди, казалось бы, самых разных политических предпочтений: патриоты, тушинцы, сторонники королевича Владислава на русском престоле. Душой заговора стал Прокопий Ляпунов – известный представитель рязанского дворянства, принимавший участие еще в апрельских беспорядках в Москве в 1584 г. Сам он опасался ехать из Рязани в Москву, но его представлял в столице брат Захар, поддержанный большой группой дворян-земляков. Самое активное участие в заговоре принял глава Боярской думы князь Федор Мстиславский, сторонник воцарения в Москве Владислава Вазы. Пока речь шла об устранении с престола Шуйского, Мстиславского поддерживали Голицыны и Салтыковы – фамилии, хорошо известные в XVII веке уже при Романовых, и, в той или иной степени, являющиеся Романовым родней. Принял участие в готовящемся перевороте и сам глава семейства Романовых, Филарет, купивший у Лжедмитрия II должность тушинского патриарха за огромный самоцвет ценой в бочонок золота.

После бегства из лагеря Тушинского вора, Филарет вступил в соглашение с Сигизмундом III и попытался укрыться в его лагере под Смоленском. Он выехал из Тушина с последними польскими отрядами, но в бою под Волоколамском попал в плен к русским («освобожден», как говорили впоследствии романовские историографы) и был отправлен в Москву, где, по словам Р. Г. Скрынникова, стал вторым по значимости после патриарха Гермогена человеком в Церкви и самым опасным врагом Шуйского.

Активно действовала в Москве и польская агентура, работавшая в тесном контакте с некоторыми из заговорщиков. Медленно продвигаясь к Москве, гетман Жолкевский, по его собственному признанию, посылал тайные письма боярам. Одни письма адресовались сторонникам Владислава, другие разбрасывались по улицам. Письма обличали Шуйского и сулили населению щедрые милости после воцарения королевича Владислава. В письмах Сигизмунду III Жолкевский подчеркивал, что глава Боярской думы князь Мстиславский «сильно действует в пользу королевича». В ответ король старался через гетмана обнадежить боярина «в большой награде». В результате польской пропаганды часть москвичей ходила толпой под окна царского дворца, требуя «поймать Шуйского и отослать его королю».

Шуйский, досиживая в Кремле свое правление, практически уже ничем не руководил. Реальных рычагов власти у него не осталось. Дворянское ополчение устало воевать, дворяне, питавшиеся и вооружавшиеся со своих земельных поместий, во время Смуты обнищали, остались без коней и оружия. Многие дворяне не просто покидали лагерь Шуйского, но и принимали участие в боевых действиях против царя, как это было во время похода Лжедмитрия II на Москву. В середине июля 1610 г. самозванец с «литвой» и казаками подступил к стенам столицы. По смоленской дороге наступал Жолкевский. На Красной площади толпа москвичей скандировала: «Ты нам больше не царь!»

Воспользовавшись беспорядками, участники заговора Захар Ляпунов и Федор Хомутов «на Лобное место выехаша, и з своими советники, завопиша на Лобном месте, чтоб отставить царя Василья». Мятежники захватили патриарха Гермогена и потащили его в свой лагерь у Серпуховских ворот. Там, под крики толпы, решилась судьба царя и всего рода Шуйских. Выступления сторонников царя заглушили крики толпы. Патриарх Гермоген так и не смог переубедить собравшихся мятежников и покинул лагерь. Как утверждает Р. Г. Скрынников, «Патриарх Гермоген мог бы повлиять на исход дела, если бы получил поддержку священного собора. Однако Гермогену противостояли Филарет Романов и другие духовные лица. С авторитетом Романова считались и духовенство, и дума. Митрополит Ростовский действовал, оставаясь в тени. Но его позиция повлияла на исход переворота».[148] Так что Филарет играл ведущую роль в свержении Василия Шуйского.

Восторжествовали Мстиславский, Воротынский, Голицын и Романов. Победители послали в Кремль Воротынского, который должен был предъявить Василию Шуйскому ультиматум: «Послали от себя из обозу из-за Москвы-реки к царю Василью Ивановичу всеа Русии боярина князя Ивана Михайловича Воротынского, чтоб он, государь царь Василей Иванович всеа Русии… государьство Московское отказал и посох царьской отдал для (из-за) пролития между у со бные крови христьянской». От имени думы бояре обещали «промыслить» Шуйскому особое удельное княжество со столицей в Нижнем Новгороде. Согласно Разрядным записям, «на том ему (царю Василью) бояре и все люди крест целовали по записи, что над ним никакого дурна не учинить и из московских людей на государство никого не обирать».

Правда, и эта крестоцеловальная клятва, как и все, которые давались на Руси в течение предыдущих смутных лет, была нарушена. Зачинщики мятежа беспрепятственно прошли во дворец, захватили царскую семью и силой свели на старый двор бояр Шуйских. Братьям царя запретили показываться в думе, позже их взяли под стражу.

19 июля Ляпунов и его сообщники явились на двор к Шуйским в сопровождении чудовских монахов. Они предложили низложенному царю принять постриг. Тот отказался подчиниться. Тогда его постригли насильно. Дворяне держали бившегося в их руках самодержца, пока монах совершал обряд пострижения. Участь царя Василия разделила царица, ее принудительно постригли в монахини. После пострижения царя Василия – «инока Варлаама» – вытащили из хором и в крытой телеге отвезли в Чудов монастырь, где к нему приставили стражу. Его жену Марию определили в Ивановский монастырь.

В сентябре 1610 г. Василий Шуйский был выдан польскому гетману Жолкевскому, который вывез его и его братьев Дмитрия и Ивана в октябре под Смоленск, а позднее в Польшу.

Бывший царь Василий умер в заключении в Гостынинском замке, в 130 верстах от Варшавы, через несколько дней там же умер его брат Дмитрий. Третий брат, Иван Иванович Шуйский, впоследствии вернулся в Россию. В 1635 году по просьбе царя Михаила Федоровича останки Василия Шуйского были возвращены поляками в Россию (гордые шляхтичи не побрезговали взять за покойника выкуп золотом и соболями). Погребли Василия Ивановича в Архангельском соборе Московского Кремля.

Василий Шуйский сам загнал себя в угол, когда его жажда властолюбия и аристократическое отвращение к «демократическим процедурам» помешали ему собрать Земский собор, чтобы победить в мирных дебатах своих соперников и получить всенародное одобрение и поддержку своему царствованию.

Однако мог ли он поступить иначе? Скорее всего, его сторонники не были столь многочисленны и сильны, чтобы победить на соборе, особенно если учесть, что за кандидатами на престол от «новой» элиты стояли многочисленные выборные от поместного дворянства. Да и народ, неоднократно обманутый Шуйскими (публично выступая перед населением московских посадов, Василий Шуйский не раз менял, на диаметрально противоположные, свои клятвенные заверения по обстоятельствам смерти царевича Дмитрия, а во время переворота 1606 г. обманул москвичей призывом «защищать царя Дмитрия Ивановича от поляков», в то время когда сам принимал непосредственное участие в убийстве самозванца), не забыл ему ни этих обманов, ни лживых писем о «соборном» избрании царя Василия Ивановича на царство. Видимо, у Шуйского не было ни малейшего шанса стать царем через утверждение Земским собором. А без Земского собора он, пусть и Рюрикович, стал таким же самозванцем, как и «названный Дмитрий».