Еще во время своей второй азиатской экспедиции Эрнст Шефер очень внимательно изучал живущих на воле лошадей. После начала агрессии против Советского Союза Шеферу представилась возможность попробовать себя в роли зоолога-селекционера, которому надо было вывести новую породу лошадей, не восприимчивых к суровым российским зимам. По этому вопросу сохранилось не так уж много материалов. Большинство из них вышло из стен эсэсовских структур, прежде всего созданного при «Аненэрбе» «Института военно-научных целевых исследований». Некоторые документы были адресованы Главному хозяйственно-экономическому управлению СС, которым командовал уже упоминавшийся нами Освальд Поль. Одновременно с этим Эрнст Шефер поддерживал контакты с Рудольфом Брандтом, который помогал ему подбирать необходимых ученых и специалистов.

Опыты по селекции лошадей предпринимались, по крайней мере, в 1942–1943 годах. При этом Шефер делал ставку на монгольских лошадей и лошадей Пржевальского. К сожалению, в архивах отсутствуют документы, которые позволили бы детально проследить весь этот процесс, как с содержательной, так и с организационной точки зрения. Разумеется, и этот проект, курируемый Шефером, получил статус «военно-стратегического». Выведение новой породы лошадей было очень важным для дальнейшего ведения войны.

Где осуществлялись работы по селекции, можно установить лишь приблизительно. Можно только суверенностью говорить, что они проходили в Восточной Европе, на оккупированных Германией территориях. По мере отступления немецкой армии обратно на запад, в 1944 году Шефер принял решение перевести всех лошадей на конезавод в Познани. Оттуда они должны были отправиться в новое место. При помощи Освальда Поля он стал планировать их перевозку в Венгрию, где уже было подготовлено три специальных предприятия. Не исключалось, что речь могла идти о сотнях лошадей. В силу недостатка документов и источников сложно сказать, каких результатов удалось добиться Эрнсту Шеферу. Не стоило забывать, что к 1944 году руководство Третьего рейха волновали другие проблемы, нежели появление новой породы лошадей. Можно лишь сказать, что Шефер очень внимательно относился к данному проекту. С одной стороны, это было как бы логичным продолжением его азиатских экспедиций, но с другой стороны, этот проект был ориентирован исключительно на потребности войны, что делало его военнозначимым и актуальным для руководства СС. Кроме этого разведение лошадей позволяло еще целому ряду сотрудников «Аненэрбе» уклониться от призыва в ряды вермахта или Ваффен-СС.

Но перейдем к другим сюжетам. Итак, в 1939 году тибетская экспедиции СС успешно вернулась из Азии в Германию. Вопреки всем трудностям и непредвиденным обстоятельствам, немцам удалось полностью выполнить запланированную рабочую программу Более того, им даже удалось в качестве первых немцев попасть в закрытый почти для всех европейцев город Лхасу. Во время экспедиции Краузе снимал почти каждый шаг путешественников, естественно, когда это было возможно. Почти сразу же после возвращения возникла идея создать из отснятых материалов (более 50 часов) документальный фильм, который способствовал повышению общественного интереса к таинственной стране и сенсационной экспедиции.

На первый взгляд кажется странным, что смонтированный фильм показали впервые только в 1943 году. Произошло это в Мюнхене в присутствии именитого гостя — Свена Хедина. Лишь после этого начался прокат фильма во всех германских кинотеатрах. В итоге он выполнял не только просветительную, но и некую психологическую функцию. Картины далекой, непостижимой экзотической страны должны были отвлекать немцев от не внушавшего особых надежд германского «сегодня». Причины, почему прокат фильма начался так поздно, могли быть самыми банальными. В 1940–1941 годах, когда патинировалась разведывательная экспедиция в Тибет, а затем и военная акция, руководство СС не хотело привлекать излишнего внимания к данной стране. Да и собственно «Аненэрбе» не слишком стремилось афишировать свою деятельность в данном направлении. Примечательно, насколько сдержанно и непримечательно в фильме «Тайны Тибета» рассказывалось о самой экспедиции Шефера. Сделано это было по личному приказу Гиммлера. Подобный подход не совсем устраивал Эрнста Шефера, который тесно увязывал свою дальнейшую научную карьеру с успехом тибетской экспедиции.

Осенью 1939 года киноматериалы на проявку и обработку были переданы в берлинскую фирму «Тобис фильмкунст». Шефер был заинтересован в выходе фильма на экраны хотя бы по экономическим причинам, но лента предварительно должна была пройти цензуру. Всю последующую историю возникновения фильма можно проследить по переписке, шедшей между Шефером и начальником персонального штаба рейхсфюрера СС Рудольфом Брандтом. Сразу же стало ясно, что не было возможности сохранять работы по обработке киноматериалов в тайне. В итоге Брандт предупредил Тобиса, чья кинофирма располагалась в Берлине на Фридрихштрассе, что не должно быть ни одного упоминания о данной киноленте до того момента, пока рейхсфюрер СС лично не даст приказ провести ее первый кинопоказ. В тайне должны были сохраняться не только работы Тобиса. Уже в конце января 1940 года Гиммлер издал директиву, в которой требовал согласовывать с ним лично текст всех публикаций и докладов, которые были посвящены тибетской экспедиции СС. В итоге на момент планирования военно-стратегической операции СС в Тибете в 1939–1940 годах, а также во время подготовки создания института Свена Хедина, почти все сведения об экспедиции 1938–1939 годов ограничивались общими декларациями и заявлениями о ее сенсационности. Но во всех этих публикациях чувствовался недостаток фактов. Кое-где мельком было упомянуто, что участники экспедиции планировали подготовить фильм, посвященный этому предприятию. Но ни о дате, ни о его приблизительном содержании в этих заметках ничего не говорилось. Шефер должен был предпринимать максимум осторожности, так как его постоянно приглашали в различные радиопередачи, предлагали дать интервью, просили написать статью или сделать доклад.

После консультации с Гиммлером Шеферу почти во всех случаях приходилось отказываться от всех этих предложений. Это больно ударяло по самолюбию ученого. Так, например, Брюссельское энциклопедическое общество пригласило весной 1940 года Шефера сделать доклад о прошедшей экспедиции и запланированных на будущее исследованиях. Шефер, как начальник одного из отделов «Аненэрбе», согласно распоряжению Брандта должен был тут же проинформировать рейхсфюрера СС о поступившем предложении. Несмотря на то что официально не было запрета на чтение докладов за рубежом, Гиммлер попросил исследователя сказаться больным и вежливо отказаться от приглашения. В итоге Рудольф Брандт должен был передать в Брюссель следующую информацию: «К великому сожалению, в настоящее время д-р Шефер страдает тяжелой болезнью глаз, для лечения которой он направлен в мюнхенскую клинику Поданной причине подготовка доклада временно не является возможной». Для пущей правдоподобности Шефер должен был найти какое-нибудь глазное заболевание, которое было широко распространено на Востоке. Даже в этой ситуации Гиммлер хотел, чтобы все выглядело как можно правдоподобнее. В итоге, к великому сожалению Шефера, широкая публика так и не узнала о сути его исследований. Стремление Гиммлера сохранить тайну было настолько огромным, что он принуждал Шефера врать и изворачиваться. Возможно, в подобные моменты Шефер сожалел, что находился под патронажем рейхсфюрера СС.