Как видим, традиционные научные структуры (в данной ситуации — «Фонд Фильхнера») мешали Шеферу в его деятельности. В итоге этот конфликт разгорелся не из-за частных научных вопросов, а из-за желания приобрести научно-политическое влияние в национал-социалистической системе. Но отвлечемся от данного сюжета и обратимся к собственно исследовательской деятельности Шефера в данный период.

Из тибетской экспедиции 1938–1939 годов Шефер кроме всего прочего привез огромную коллекцию уникальных растений и зерновых культур. После возращения в Германию они были рассортированы и подробно описаны. Исходя из этого, в 1943 году Шефер в обобщающем докладе ставил перспективные задачи своих дальнейших исследований: «Наши устремления всегда были сопряжены с целью собрать все то, что могло быть полезно для собственного народа. Упоминавшиеся здесь полторы тысячи образцов ячменной культуры, которые по большей части являются результатом примитивной селекции, могут иметь целый ряд очень важных наследственных факторов, как сопротивляемость засухе или устойчивость к морозам». Если Шефер понимал Тибет как анклав растительного мира, который идеально приспособился к враждебной для жизни среде, то с научной точки зрения скрещивание тибетских культур с европейскими было не просто логичным, но и весьма выгодным занятием. Следуя наследственным законам Менделя, надо было скрещивать европейские и азиатские растения, что с одной стороны, должно было привести к большим урожаям, а с другой, к неприхотливости и простоте их обработки. В конце лета 1942 годадляосуществленияданногопроектабыла найдена специальная территория, находившаяся под открытым небом. С учетом оккупации восточных территорий Европы мысль о возделывании тибетского ячменя, который созревал за 60 дней, приобретала не просто научный, а даже стратегический характер. В случае получения культуры хорошо переносящей жару и мороз, ее предполагалось распространить по всей Европе.

Никто не ставил под сомнение, что данное начинание имело едва ли не военное предназначение. Руководство СС ожидало от Шефера появления на свет «чудо-сортов» ячменя и пшеницы. Их культивирование позволило бы начать «германизацию» (или, другими словами, немецкую колонизацию) Восточной Европы, в основе которой должны были находиться сельские поселения. Но для начала руководству СС требовались зерновые культуры, которые могли без проблем использоваться в новыхклиматических условиях. Гиммлер ожидал, что скрещивание различных культур позволило бы в будущем немецких крестьянам получать по несколько урожаев за один год. Hq дело было не только в колонизации Востока. Гиммлер не мог отказаться от тщеславной и честолюбивой мысли, что именно под его патронажем оказалась бы решена продовольственная проблема Германии. Именно СС и их структуры должны были вывести обеспечение Германии зерном на принципиально новый уровень. Как видим, даже ботаника могла служить агрессивным военным целям Германии. Это был двоякий процесс. С одной стороны, сотрудники «Аненербе» осуществляли важную для государства деятельность, а стало быть, не призывались на военную службу, с другой стороны, само естествознание было поставлено на службу войне.

Еще во время своей тибетской экспедиции 1938–1939 годов Шефер уделял при сборе зерновых культур внимание тем образцам, которые хорошо прорастали на высоте более чем в 3 тысячи метров над уровнем моря. Шефер почти сразу же сообщил об этом Гиммлеру. После нескольких военных зим, связанных с немалыми волнениями, весной 1942 года глава СС отдал Шеферу как начальнику отдела экспедиции и Центральной Азии «Наследия предков» приказ готовиться к созданию Института сортов диких растений. Но осуществить данный проект было затруднительно. В те дни на работу отдела Шефера оказывало очень сильное влияние противостояние с «Фондом Фильхнера». Появление нового института грозило не меньшими проблемами. На этот раз против эсэсовских ученых могли «восстать» ботаники. После длительных переговоров и консультаций в местечке Туттенхоф (окрестности Вены) было решено ограничиться организацией специального учреждения, действовавшего при Берлинском обществе кайзера Вильгельма. Новой структурой, которая гордо называлась Институтом изучения растительных культур, руководил профессор фон Веттштейн. Гиммлеру пришлось смириться с корректировкой своих честолюбивых планов, так как профессор напрямую подчинялся имперскому министру продовольствия и сельского хозяйства. Понимая, что справиться еще с одним конфликтом ему не по силам, Шефер попытался избегать конкурентной ситуации с ученым, который вдобавок ко всему уже собрал богатейшую коллекцию зерновых культур со всей Европы. Более того, тесное сотрудничество с Веттштейном было санкционировано самим Гиммлером.

30 октября 1942 года Шефер начал переговоры с представителями Имперского министерства сельского хозяйства, Берлин — ского общества кайзера Вильгельма и располагавшегося в Тут-тенхофе нового института. Именно в тот день в разговоре тет-а-тет со статс-секретаремБаке Шеферу намекнули, что тот должен отказаться от идеи собственного института, но готовиться создать в «Наследии предков» исследовательский отдел диких растительных культур. Опять же акцент в предстоящем исследовании делался на восточные регионы. На это раз это была не Азия и Восточная Европа, это был Кавказ.

Как на практике должно было осуществляться запланированное сотрудничество всех этих структур с «Аненербе», остается непонятным. Возникает впечатление, что оно было весьма ограниченным. Шефер без каких-либо конфликтов предоставил в Туттенхоф образцы собранных им зерновых культур, а затем фактически не встречался с Веттштейном, равно как и почти не поддерживал контактов с Министерством сельского хозяйства. А может быть, Шефер рассматривал деятельность института в Туттенхофе лишь как временное явление. Действительно, в последних числах ноября 1942 года Главное управление СС объявило, что рейхсфюрер СС совместно с Берлинским обществом кайзера Вильгельма планирует создать «чрезвычайно важный для всей германской экономики Институт злаковой селекции. Но и на этот раз заведовать им стал не Шефер.

Руководителем его стал ботаник Брюхер. Не исключено, что это был некий жест доброй воли со стороны Гкммлера. Дело в том, что, несмотря на все старания Веттштейна, Брюхнеру никак не удавалось выправить «бронь». Участие в военно-стратегическом проекте автоматически освобождало его от призыва на фронт.

В конце января 1943 гада Эрнст Шефер встречался с отдельными служащими Министерства сельского хозяйства, чтобы поддержать хотя бы формально предписанное ему сотрудничество. Одновременно с этим поставил в известность берлинское правительственное учреждение о том, что Гиммлер по договоренности с начальником Главного хозяйственно-экономического управления СС обергруппенфюрером Освальдом Полем решил разместить Институт диких растительных культур в замке Ланнах близ Граца. Вероятно, было расположение Ланнаха в гористой местности для самого Шефера было более привлекательным, нежели в Туттенхоф е. О разработках в данном замке почти ничего не известно. Филиал отдела «Аненербе», возглавляемого Шефером, в Ланнахе был запланирован исследователем еще в 1939 году, но в жизнь этот план воплотился лишь в 1943 году. Шефер, не задумываясь, пошел на разрыв отношений со структурой в Тутгенхофе, так как стремился к максимально возможной независимости в своих действиях. По сути, филиал в Ланнахе стал еще одним отделом «Наследия предков», который имел военно-стратегическое значение. Хоть Шефер и не был селекционером, но эта структура нуждалась в его авторитете и репутации весьма активного, энергичного исследователя. Именно этот филиал «Аненербе» позволил Шеферу самостоятельно вести подготовку к поездке на Кавказ. Именно тогда он сосредотачивается на подготовке так называемой «Зондеркоманды К».