События развивались лавинообразно. Второй из «малюток» с бензином на борту в Севастополь прибыла М-32 под командованием Н.А. Колтыпина. Придя в Стрелецкую бухту, лодка выгрузила боезапас и откачала бензин. Однако его остатки обнаруживались в самых неожиданных местах по всей лодке. 23 июня в 2 часа подлодка отошла от пирса для дифферентовки и следования в Новороссийск. Через 15 минут, когда подлодка погрузилась и находилась на глубине 6 м, при задраенных переборках в третьем отсеке (центральный пост) произошел взрыв паров бензина. Горение продолжалось 3–5 секунд. В результате взрыва были повреждены радиорубка и некоторое радиооборудование; шесть человек личного состава получили ожоги 1-й и 2-й степени.

Сложность обстановки усугублялась тем, что лодка не могла выйти из бухты в светлое время суток, так как сразу попала бы под огонь батарей и удары самолетов противника. А до наступления темноты оставалось еще 16 часов. Условия внутри лодки стали чрезвычайно тяжелыми, воздух в помещениях лодки насыщался парами бензина, но другого выхода не было. Командир, найдя 35-метровую глубину у выхода из Стрелецкой бухты, лег на грунт. Кроме экипажа на лодке находились два корреспондента, два офицера гидрографического отдела флота, два раненых офицера и две женщины, взятые из Севастополя. Командир приказал всем лежать и лишних движений не делать. А сам до 10 часов проверял отсеки и беседовал с людьми, а затем заснул в центральном посту. Воздух в лодке сильно насытился парами бензина, люди стали дуреть, терять сознание. В 12 часов командира разбудили, так как ситуация становилась критической, в работоспособном состоянии осталось буквально несколько человек. Акустик Кантемиров лежал на настиле и плакал, приговаривая непонятные слова. Моторист Бабич кричал и плясал. Электрик Кижаев медленно ходил по отсекам и кричал: «Что это все значит». Большинство людей лежало в обморочном состоянии. Женщины уговаривали командира всплыть, а когда им объяснили, что этого нельзя сделать, им показалось, что экипаж лодки почему-то решил коллективно умереть, и просили застрелить их. Фактически к 13 часам способность соображать и действовать сохранилась только у трех человек: командира, старшины группы Пустовойтенко и краснофлотца Сидорова. До 17 часов командир ходил, спал, временами терял сознание. Когда он почувствовал, что дальше не выдержит, то приказал Пустовойтенко не спать, считая боевой задачей во что бы то ни стало продержаться до 21 часа и тогда разбудить командира, который лег во втором отсеке. Несколько раз командир просыпался и напоминал Пустовойтенко о его задаче. В это время взятый в поход вместо штатного командир БЧ-5 Медведев, будучи не в себе, несколько раз ходил в первый и шестой отсеки и пытался открыть входные люки. За ним спокойно ходил Сидоров и за ноги оттаскивал его от люков. Механику все же удалось незаметно отдраить люк в кормовом отсеке, но 35-метровое давление плотно прижимало люк к корпусу. В конце концов командир БЧ-5 также уснул.

Старшина продержался, но добудиться командира в 21 час не смог, также не смог он привести в чувство командира БЧ-5, которого на руках перенес в центральный пост. Тогда Пустовойтенко решил перенести в центральный пост командира лодки, самому продуть балласт и, когда лодка всплывет, вынести командира наверх, надеясь, что на свежем воздухе он быстро очнется. Старшина продул среднюю цистерну, и лодка всплыла под рубку. Затем он открыл люк, но от свежего воздуха тоже стал терять сознание. Чувствуя это, он успел задраить люк и упал вниз. В таком состоянии лодка оставалась на протяжении двух часов. Через отдраенный механиком люк в кормовой отсек стала поступать вода, заполнившая трюм отсека и залившая главный электромотор. Течением воды лодку отнесло на каменистый берег к Херсонесскому маяку. Когда Пустовойтенко пришел в себя, он открыл рубочный люк и вытащил наверх командира лодки. Н.Л. Колтыпин очнулся, но управлять лодкой еще долго не мог. Старшина за это время пустил судовую вентиляцию, задраил люк в кормовом отсеке и откачал воду из трюма, продул главный балласт. Затем вынес наверх электрика Кижаева, привел его в чувство, отнес обратно и поставил на вахту к электростанции.

После того как командир стал способен управлять кораблем, он попытался снять стоящую носом к берегу лодку с мели. Для этого он скомандовал «задний ход», но электрик Кижаев, не придя еще в полное сознание, вместо «назад» дал ход «вперед». Командир спустился вниз и попытался выяснить, почему электрик не выполнил команду, на что тот ответил: «Наша лодка должна идти только вперед, назад нельзя: там фашисты». Пришлось командиру около электрика поставить Пустовойтенко, чтобы тот «обеспечил правильное исполнение команд». Больше проблем с моторами не возникало.

От ударов о камни М-32 сломала вертикальный руль, и он мог перекладываться только влево. Батарея разрядилась. Короче говоря, сняться с камней не могли. Командир, не до конца еще придя в себя, не находил правильного решения. В этот тяжелый для лодки момент к нему подошел матрос Гузий и предложил запустить дизель. Пустовойтенко и моторист Щелкунов приготовили мотор и дали сразу 600 оборотов. Лодка пошла по камням и вышла на чистую воду, а затем, обогнув Херсонесский маяк, прошла по фарватеру за минное поле и взяла курс на Новороссийск.

За сутки до этого, 22 июня, другая «малютка», М-60, под командованием Б.В. Кудрявцева в Новороссийске приняла на борт мины, противотанковые патроны и мясные консервы общим весом 7 т, а в 4-ю цистерну — бензин. Когда прием топлива почти завершили, во всех отсеках произошел взрыв паров. Из рубочного люка вырвался большой столб пламени с густым черным дымом. Из центрального поста выскочили наверх сильно обгоревшие люди и по приказу командира бросились в воду. Командир отделения А.А. Власенко, весь в огне (горела одежда и волосы), перед прыжком в воду крикнул командиру: «Закройте судовую вентиляцию, внизу горят мины». Командир БЧ-5 старший техник-лейтенант А.П. Кокин, находившийся на верхней палубе, услышав это, бросился во второй отсек и вместе со старшиной группы электриков Глебовым вынес наверх два ящика с горящими минами. Обследовав весь отсек и убедившись, что горящих мин больше нет, они вышли наверх. Естественно, лодка уже никуда не пошла.

А вот М-33 успела выйти в море, имея на борту 7 т боезапаса в отсеках и 6 т бензина в 4-й балластной цистерне. Учитывая все произошедшее с М-32 и М-60, ее возвращают в Новороссийск и приказывают откачать топливо. Не успев как следует очистить лодку от растекшегося по всем трюмам бензина и провентилировать отсеки, вышли на дифферентовку, в ходе которой произошел взрыв паров бензина. Пламя вспыхнуло в центральном посту и распространилось по всем отсекам, кроме концевых. Люди, находившиеся внизу, особенно в центральном посту, получили сильные ожоги. Но, несмотря на это, они продолжали выполнять свои обязанности, и лодка ни на минуту не теряла управление. Люди выскочили наверх с горящей на них одеждой, обгоревшими лицами и не только, так как многие работали раздетыми до пояса. Командир приказал морякам прыгать в воду, а своему помощнику лейтенанту Рузову спуститься вниз и осмотреть, задраены ли переборки. Внизу стоял черный дым и невыносимая жара. Дышать было нечем. Командир отделения мотористов Бувалко спустился во второй и четвертый отсеки для проверки состояния загруженных минометных мин. Командир БЧ-5 инженер-лейтенант Сапегин, сильно обгоревший в момент взрыва, без какого-либо приказания командира обошел все отсеки, и только после полного осмотра лодки поднялся наверх, доложил командиру, что очагов пожара в отсеках нет, и тут же потерял сознание.