После нескольких месяцев путешествий Эрнст возвратился на родину, где продолжил свое обучение в Гёттингене. Его отчет о поездке, положенный в основу небольшой книги под названием «Горы, Будда и медведи», разошелся по всей Германии, принеся молодому студенту известность.

Тем временем в Берлине к власти пришел Адольф Гитлер. Политические события не обошли стороной и Эрнста Шефера. 1 ноября 1933 года по рекомендации обер-бургомистра Гёттингена он стал кандидатом в члены СС.

В январе 1934 года Шефер получил от Брука Долана приглашение присоединиться к небольшой экспедиции, которая направлялась в Центральную Азию. Много позже Эрнст напишет об этом:

Вторая экспедиция была не итогом тщательного планирования и результатом научных разработок, а следствием выходки сумасбродного американца, у которого было слишком много денег. Он пресытился обычной жизнью и не знал, куда деть свою энергию.

Третьим участником экспедиции должен был стать английский миссионер Дункан, который в совершенстве владел китайским и тибетским языками. Целью почти двухлетнего путешествия должно было стать исследование малоизученной горы Амне-Мачин, которая располагалась на китайско-тибетской границе, а также разведывание истоков реки Янцзы. Однако начавшаяся Японско-китайская война поставила жирный крест на планах: националистическое правительство в Нанкине отказало трем иностранцам во въезде. В итоге исследователям пришлось отказаться от посещения Тибета и попытаться добиться разрешения хотя бы на изучение Янцзы.

Несмотря на то, что между Доланом и Шефером установились дружеские связи, они взяли на себя определенные договорные обязательства. Так, например, Долан должен был первым сообщать в США обо всех открытиях, которые сделает экспедиция. Именно так произошло в случае с неизвестным видом барана, который в декабре 1934 года был обнаружен Эрнстом Шефером. Однако пальма первенства досталась Долану. И лишь по возвращении в Европу Шефер получил возможность доложить о своем открытии в научных кругах. Не исключено, что в СС знали о существовании экспедиционного договора. Ведь только так можно объяснить тот факт, что в шанхайском представительстве немецкой фирмы «AGFA», в котором трудилось немало резидентов немецких спецслужб, были сделаны дубликаты всех снимков, полученных во время экспедиции, и тут же отправлены в Германию.

В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, на несколько недель задержал экспедицию. Из-за этого развалилось все предприятие. Долан направился назад, чтобы получить новые разрешения и доверенности, однако к своему другу так и не вернулся. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил путь.

2 ноября 1935 года Эрнст Шефер прибыл в Шанхай с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом». Но здесь молодой ученый столкнулся с проблемой, которая предопределила его будущее: Долан, встретив его, потребовал себе все собранные материалы. Шеферу пришлось следовать букве подписанного договора. Он решил, что отправится с Доланом в США, где изучит коллекцию и сможет добиться финансирования новой экспедиции. Однако немецкий консул Герман Крибель, старый боец национал-социалистического движения, участвовавший еще в «пивном путче», убедил молодого ученого, что тот будет полезнее на родине. Благодаря письменным рекомендациям и поддержке Крибеля, Эрнст Шефер сделал быстрый карьерный взлет. Помимо шума, поднятого в прессе, и благожелательного отзыва ведущих зоологов, Шефер получил внеочередное офицерское звание унтерштурмфюрера СС. Больше того: сам Генрих Гиммлер рекомендовал исследователю поскорее вернуться в Германию.

В Берлине Эрнст Шефер продолжал работу над диссертацией, давал интервью для газет и писал популярные статьи. Но при этом он все больше оказывался втянутым в водоворот политических событий. Ему, орнитологу по образованию, приходилось осваивать национал-социалистический лексикон. К примеру, во время выступления в ноябре 1936 года в Мюнхене перед местной организацией национал-социалистических студентов он рассматривал высокогорный Тибет с точки зрения арийской мифологии. Газета «Народный наблюдатель» сообщала:

Его голос заполнял огромное помещение. Скоро стало ясно, что перед нами стоит истинный германец, который вещает о далеких землях. О том, как он смог выстоять там, где струсили американцы, в результате чего «случайно» стал руководителем экспедиции. Той самой экспедиции, которая не отступила и достигла своей цели. В конце выступления Шефер отметил, что теперь, когда весь мир ополчился на Германию, очень важно, чтобы немцы высоко несли свое национальное имя. Эта фраза сорвала аплодисменты. Пожалуй, никто из многочисленной публики не ушел недовольным рассказом этого смелого первопроходца немецкого духа.

Примечательно, что на публичные лекции Эрнст Шефер приходил в новенькой форме младшего офицера СС и старался увязывать свои рассказы с актуальными политическими задачами, фактически выступая агитатором нового, национал-социалистического образа жизни.

Шефер много времени уделял подготовке третьей экспедиции. Однако для ее осуществления ему требовались новые связи.

Во время благодарственного визита к Фрицу Штифе, начальнику управления культуры при Министерстве иностранных дел Германии, молодой ученый открыто попросил поддержать запланированную им экспедицию. О том же самом он говорил в Немецком исследовательском обществе, которое располагалось в Городском замке Берлина. Самым сложным моментом в проекте была финансовая поддержка. Предполагалось, что ее должно было предоставить Немецкое исследовательское общество, в том числе через систему ссуд от всевозможных научных структур. Но цель заслуживала подобных затрат: Шефер намеревался изучить Восточный Тибет – область, которая в то время была закрыта для европейцев.

Чтобы ввести свои исследовательские планы в контекст господствующей идеологии, Эрнст Шефер продвигал идею, что в Гималаях могут быть обнаружены остатки первоначальной арийской расы. При этом он опирался на теорию венского этнографа Вильгельма Шмидта-старшего, который пытался доказать, что в Тибете сохранились не только исчезнувшие в других местах виды растений и животных, но и продолжают существовать архаичные общественные формы древних арийских племен.

В течение 1937 года Шефер дважды выступал в Немецком исследовательском обществе с докладами. При этом он обращал внимание присутствовавших на то, что экспедиция будет проводиться по поручению рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Кроме этого, Генрих Гиммлер, который возлагал на молодого зоолога большие надежды, ввел Шефера в состав своего персонального штаба, где назначил ответственным за хозяйственные вопросы. По этой причине отдел экономической помощи персонального штаба рейхсфюрера СС также помогал Шеферу собирать деньги. Процесс подготовки еще упростился, когда проект Шефера был записан как экспедиция «Аненербе», хотя привязка была формальной и не отражала действительности.

Примечательно, что с самого начала планирования экспедиции ее участники оказались прочно связанными со всевозможными расовыми теориями, столь популярными в Третьем рейхе. Кроме антропологических исследований различных этнических групп, проживающих в Тибете, Гиммлер почти сразу же вменил в обязанность Шеферу провести расовое исследование разбойничьего племени нголок. Предполагалось выявить в антропологическом типе этих кочевников признаки западно-азиатского и даже нордического влияния. По этой причине антрополог, включенный в состав экспедиции, занимался бы расовыми замерами, фотосъемкой, исследованием межплеменных, а возможно, и межрасовых отношений. После обработки собранного материала он должен был сделать соответствующие выводы о значении и развитии нордической расы в данном регионе.