В начале 1609 года эйфория среди тушинских героев от успехов своей военно-карательной кампании поутихла. В Новгороде Михаил Скопин-Шуйский соединялся со шведами идти на Москву, появились первые серьезные очаги сопротивления воровскому нашествию. Филарет видел, что складывается примерное равенство сил между Тушино Лжедмитрия II и Москвой Шуйского. В столь неопределенной ситуации не в обычаях Филарета обнаруживать явное предпочтение одной стороне. Оптимальный выход — минимум резких движений, минимум сведений о своей особе. В Москве считают его пленником — пусть считают. Понятно, что Шуйскому не выгодно записывать столь важную персону в число своих противников, не будем в этом мешать августейшему Василию Ивановичу. В Тушине величают его патриархом — пусть величают: «царику» и его окружению льстит, что их воровскую ватагу окормляет свой патриарх. Быть по сему. А он будет ждать. Филарет продолжал добросовестно исполнять первосвятительские обязанности: рассылал патриаршьи грамоты по епархиям, благочиниям и приходам, поминал на ектенье Вора и его дражайшую супругу царицу Марину Юрьевну, перебравшуюся к «законному супругу».

Наконец, в декабре 1609 года в Тушино объявились польские послы, прибывшие из королевского лагеря под осажденным Смоленском. Они через голову Вора обратились к боярам и Филарету с предложениями о переговорах. «Царик» смекнул, что его дела плохи. В начале 1610 года с большей частью войска он покинул загаженный донельзя тушинский холм и вместе со своими сторонниками обосновался в Калуге. Можно было отправиться вслед за ним в новую воровскую «столицу» или вернуться в Москву к Шуйскому. Но Филарет остался: он понял, что настало время действовать. Фактически «патриарх» становится во главе тушинского правительства, договаривается с оставшимися в лагере не отъезжать к Шуйскому и не желать царя из московских бояр.

В январе 1610 года в лагере Сигизмунда появляется Иван Салтыков, который бьет челом королю от имени Филарета. «Мы, Филарет, патриарх московский и Всея Руси, и архиепископы, и епископы и весь освященный собор, слыша его королевского величества о святой нашей православной вере раденье и о христианском освобожденьи подвиг, Бога молим и челом бьем…. А мы, бояре, окольничьи и т. д., его королевской милости челом бьем и на преславном Московском государстве его королевское величество и потомство милостивыми государями видеть хотим». Завязываются сношения между королевской ставкой и Филаретом. В феврале стороны подписывают договор, в котором обрисованы контуры будущего царствования Владислава «Жигимонтовича». «С этих страниц февральского договора веет духом опричнины и годуновского режима», — резюмирует С. Ф. Платонов. В частности, тушинские бояре отстаивали незыблемость крепостнических порядков, настойчиво рекомендуя «крестьянам на Руси выхода не давать».

После того как будущее России предрешено, в Тушине делать нечего. Остатки воровского сборища под водительством Филарета Романова направляются на запад — под стены осажденного Смоленска, под крыло короля Сигизмунда. Заметим, что уже никакие крайние обстоятельства не принуждают более Филарета разыгрывать из себя патриарха. Самое время вспомнить, что в Москве есть официальный глава церкви Гермоген, а он на самом деле смиренный ростовский архиерей. Но Романов предпочитает не вспоминать, предпочитает оставаться самозванцем-лжепатриархом. (Некоторое время на Руси в наличии имелось четыре предстоятеля церкви — годуновский Иов, отрепьевский Игнатий, тушинский Филарет и ставленник Шуйского Гермоген.) Однако непредвиденная конфузия — случайная встреча с отрядом Григория Валуева нарушила планы тушинского первосвятителя. Вместо Смоленска Филарет попадает в Москву. Впрочем, ему и в этот раз повезло. Наверное, первый раз в жизни он решился сделать недвусмысленный выбор, но судьба поправила его, позаботившись о том, чтобы столь решительный поступок остался без последствий. Доберись Филарет Никитич до Смоленска, он бы накрепко связал себя с поляками и кружком тушинских дельцов, скомпрометировав тем самым себя и свою родню.

В Москве Филарет, несомненно, выступил популяризатором идеи призвания королевича Владислава на царствование — идеи, находившей все более новых сторонников в столице. Тем самым российская элита, разделенная на различные лагеря, благодаря Филарету сошлась в одном важнейшем пункте, сформулированном еще в Тушине, — не выдвигать кандидатур государя из своего круга, оказав предпочтение польскому королевичу. В этой схеме не оставалось места Василию Шуйскому, падение которого становилось вопросом времени. Бывшие «перелеты», после того как «перелетать» стало некуда, свою нерастраченную энергию направили на попытки свержения царя Василия. «А житие его царьское было на престоле царьском всегда з бедами и с кручины, и с волнением мирским; зачастые миром приходящее и глаголаше ему снити с царьства, и за посох имаше, и позориша его многажды», — сокрушается Пискаревский летописец. Другой источник сообщает, что Шуйский «сидя на царстве своем, многие беды прия, и позор, и лай».

Тем временем Филарет возобновил сношения с Вором, обосновавшимся в Калуге. В июне 1610 года бывший «царик» получил обнадеживающее известие о том, что москвичи готовы целовать ему крест. Р. Г. Скрынников не сомневается, что грамота исходила от Филарета и воровских бояр. Исследователь считает, что Филарет вновь обратился к Вору после того, как калужский лагерь подкрепило войско их старого знакомца Яна Сапеги. «Пребывание под Смоленском убедило Михаила Салтыкова и Василия Рубца-Мосальского, что с ними никто не будет считаться, коль скоро они никого не представляют, и за их спиной нет военной силы. Перемены в Калужском лагере подали надежду Филарету и Салтыкову». Вероятно, эти предположения верны. Но не менее вероятно и другое объяснение: предусмотрительный Филарет клал яйца сразу во все корзины.

Мы еще обратимся к избранию его сына Михаила на царство, но одну из веских причин успеха романовской кандидатуры можно назвать уже сейчас. В бурное время взаимного ожесточения, недоверия и противостояния Филарет умудрился сохранить или, по крайней мере, не испортить окончательно отношения со всеми видными деятелями эпохи и всеми политическими группировками. Он единственный мог похвастаться контактами с королевской ставкой, в то же время он оставался своим для представителей тушинского табора и вместе с тем не порвал связь и с боярами, сидевшими в осаде вместе с Шуйским.

Даже с царем Василием — своим заклятым врагом бывший тушинский патриарх не вступал в противоборство, во всяком случае открытое. В то время как другой влиятельный вельможа Василий Голицын постоянно демонстрировал свои претензии на престол и намерение сместить Шуйского, Филарет действовал исподволь, через доверенных лиц. Причина не только в разнице темпераментов и тонкости политического чутья — Голицын не располагал сплоченной группой соратников, не имел надежных союзников в боярской среде, даже среди Гедеминовичей он не пользовался единодушной поддержкой. По этой причине многое ему приходилось делать самому, в то время когда Филарет неизменно оставался в тени за кулисами политической борьбы. В итоге Голицын-старший заработал среди москвичей репутацию властолюбца и интригана. «Беспокойная голова, нрав тиранский, сердце изменническое, а жизнь дурная», — так нелицеприятно отзывался о князе современник.