12 января 1857 г. состоялась первая из ежегодных встреч выпускников университета, которые далее станут традиционными. Осенью этого же года вследствие драки студентов с полицией, в которой погибли два человека, в университете начались массовые студенческие волнения.

В мае 1860 г. отменены годичные студенческие испытания, введены два полукурсовых экзамена на первых двух курсах и окончательный экзамен для специальных предметов на последних курсах. „В университете в аудиториях читались публичные общедоступные лекции, которые посещались московским обществом, вне университета стоящим… Возникли воскресные школы, и на фабриках, близ Москвы лежащих, учили грамоте все те же студенты разных факультетов и курсов…”

19 февраля 1861 г. в России отменено крепостное право. 31 мая введены „майские правила”, запрещавшие создание студенческих организаций, библиотек и сходки. Ночью 12 октября арестованы 20 „зачинщиков” волнений. Студенты, направившиеся к дому генерал-губернатора, были разогнаны полицией и конными жандармами в ходе столкновения напротив гостиницы „Дрезден” на Тверской улице. В результате „Дрезденского сражения” пострадало и было арестовано более 300 человек, четверо руководителей движения были высланы в отдаленные губернии, 13 исключены из университета.

1 июля 1862 г. вышло распоряжение о прекращении ношения в стенах университета студенческой формы. Еще через год в ходе либеральных реформ правительства Александра II утвержден новый университетский устав. По нему должности ректора и деканов стали выборными, расширился круг деятельности Совета университета, ограничивалась власть попечителя.

„Масса всяких родов молодежи в 1861 г. устремилась в университет. Особенно из провинции, семинаристов и поляков. Форма была отменена… Ввиду большого наплыва желающих поступить в университет, – много проваливалось… К дворянам, коих обзывали аристократами,… то беложилетниками, то белоподкладчиками, тех кто щеголял, – отношение явно было со стороны экзаменаторов неблагожелательное…”

В 1864 г. при университете сложился тайный пропагандистско-террористический революционный кружок „ишутинцев”. Через два года один из его членов, Каракозов, совершит покушение на императора Александра II.

22 января 1866 г. в университете против незаконной баллотировки в должность профессора Лешкова протестует группа профессоров юридического факультета. В 1875 г. тридцать пять профессоров университета пишут открытое письмо против деятельности профессора Любимова, призывавшего к отмене устава 1863 г.

В 1877 ректором университета избран профессор Н. С. Тихонравов, который „излагал лекции удивительным по красоте и меткости чистым русским языком. Он был первоклассным оратором. Он мог держать во власти своей речи любую аудиторию и умел, когда было нужно, переломить в свою пользу настроение слушающей его толпы… Однажды, когда разбушевалась одна из студенческих «историй», многочисленная сходка, собравшаяся в актовом зале, послала за Тихонравовым, причем в этом приглашении было сказано, что требует к себе ректора, чтобы побить его. Конечно, никто и не помышлял о том, что ректор явится на такое приглашение. Просто это была выходка разъярившейся толпы. А Тихонравов взял да и явился на сходку как ни в чем не бывало.

Толпа замерла при его появлении. Протеснившись к кафедре, он поднял руку в знак желания говорить. Среди водворившейся глубокой тишины зазвучал спокойный и уверенный голос Тихонравова. Надо заметить, что Тихонравов сильно шепелявил, свистящие согласные выговаривал как шипящие. Но, как Ключевскому легкое заикание не мешало очаровывать слушателей своей речью, так и шепелявость Тихонравова нисколько не вредила обаятельности его ораторского таланта. Говорил он на этот раз не особенно долго, красота каждой фразы соединялась с глубокой обдуманностью сказанного, проистекавшей из превосходного знания психологии студенческой толпы. В одном месте оратор прослезился. И когда он кончил, толпа, собиравшаяся его бить, с торжеством вынесла его на руках. Прямо из университета он поехал в Екатерининскую больницу, где собралась другая большая сходка, по большей части состоявшая из студентов-медиков. Тихонравов слово в слово повторил ту же речь и на том же самом месте прослезился. И такая же бурная овация была ему наградой и на этот раз…”

В университетских кругах того времени весьма популярны журфиксы – своего рода общественно-политические клубы. „Особенно уютны, непринужденны и симпатичны были собрания запросто некоторых особенно заинтересованных наукой слушателей (человек о 10–12) у своих профессоров. Происходило это так. Почти каждый из профессоров имел обычно приемные часы для всех желающих обратиться к нему за научными указаниями или советом студентов – большей частью раз в неделю у себя на квартире в дневной час. На эти приемные часы для краткого делового разговора могли приходить все студенты, имевшие в том нужду. Кроме того, профессор по личному своему выбору и усмотрению приглашал тех из своих слушателей, которые казались ему особенно развитыми и заинтересованными, приходить на чашку чая в более тесном кругу в определенный день недели – например, вторник или воскресенье. Приглашение это давалось не на один раз, а раз навсегда, причем пользоваться им студент мог, когда ему захочется. Он мог три недели не ходить, а прийти в четвертый раз; мог приходить каждые две недели, мог приходить чаще, мог приходить реже. Эти собрания у профессоров за чашкой чая, происходившие совершенно запросто, в духе почти товарищеской интимности между учителями и слушателями, причем темами служили не только разные научные вопросы, но и вопросы общей культурной жизни, – были глубоко воспитательны и приятны…”»

Глубоко воспитательны и приятны…

«3 апреля 1878 с криками „Бей их! Валяй!” торговцы и мясники Охотного ряда набросились на студентов, провожавших кареты с их арестованными товарищами, и чуть не ворвались в Университет. В том же году Совет университета открывает подписку на сооружение памятника в г. Тырново (Болгария) в честь врачей, фармацевтов и ветеринаров, погибших в войне 1877–1878 гг. Через год профессор Белопольский начинает наблюдения над планетой Марс для определения параллакса Солнца. В университет поступает будущий известный писатель Антон Павлович Чехов. Утверждены новые „Правила для студентов университета”, согласно которым усилена власть инспектора, запрещены курсовые собрания студентов, вспомогательные кассы, сходки. Введение Правил вызывает студенческие волнения.

1 марта 1881 г. произошло убийство императора Александра II народовольцами. На престол восходит император Александр III. Через три года после этого события утвержден новый университетский устав, ограничивающий автономию университета, усиливающий власть правительственной администрации и отменяющий выборность ректоров и деканов. Устав предписывает ношение формы для студентов, уничтожает корпоративные права студенчества, вводит инспекцию с полицейскими функциями, повышение платы за обучение. По новому уставу абитуриенты должны были представить свидетельство о политической благонадежности. „Строгому преследованию подвергались, например, аплодисменты после лекции. В них усматривали почему-то нечто, свидетельствующее о неблагонадежности. После первой лекции Ключевского аудитория, восхищенная мастерским чтением, непроизвольно разразилась рукоплесканиями. За это некоторые студенты были посажены в карцер…”»