Каганович принял решение на основе множества совещаний и технических консультаций, для участия в которых привлек в партийный комитет авторитетных геологов и других ученых. Насколько позволяют судить источники, для Кагановича в первую очередь важно было определиться со способом строительства, который в минимальной мере затрагивал бы городскую жизнь, вероятно, чтобы не настроить население города против стройки. Возможно, свою роль сыграли и военные соображения: в самом начале дискуссии инженер Маковский обратил внимание Хрущева на то обстоятельство, что в случае войны тоннели глубокого залегания смогут служить надежными бомбоубежищами, чем привлек Хрущева на свою сторону. По свидетельству внука одного из метростроевцев, Каганович приказал на военном полигоне проложить фрагменты метротоннелей на различной глубине и бомбардировать их с воздуха, чтобы проверить пригодность в качестве защитных сооружений. В газете «Вечерняя Москва» в начале 1933 г. появилась статья с требованием соблюдать при строительстве метро правила противовоздушной обороны и потому прокладывать тоннели глубокого залегания, оборудовав ряд станций газонепроницаемыми переборками.

Еще до принятия окончательного решения партией о способе строительства, руководство Метростроя в начале ноября распорядилось о прекращении работ глубокого залегания. Экспериментальный участок, теперь шахта № 29, был перестроен на первоначальную глубину. Прочие шахты были ликвидированы, и вновь перешли к открытому методу строительства.

Итог деятельности Метростроя к концу 1932 г. выглядел неутешительно: с момента создания организации прошло 16 месяцев, а до сих пор не было утвержденного технического проекта, на основе которого можно было бы начать детальное проектирование, не говоря уже о самом строительстве. Там, где, несмотря на отсутствие необходимых предпосылок, попытались приступить к прокладке шахт, потерпели неудачу. Инженеры и рабочие были разочарованы. Инженер Кучеренко вспоминал, что люди сидели у шахт и плакали. Он сам, инженер-мостостроитель и специалист по кессонной технике, трудился на постройке бараков на Арбатском участке, где царила полная неразбериха: «Ничего не знают, опять занялись бараками. Основные работы стояли. Никто не знал, каким способом строить: открытым ли, закрытым или траншейным. Идет дискуссия, идет борьба, а установки никакой нет. Посовещаемся вечером, посовещаемся днем, придешь, посмотришь на этот барак, и в конце концов досовещались до того, что законсервировали Арбат как ненужный участок. Закрыли, ликвидировали его».

Разочарованный ходом дела, заместитель начальника Метростроя инженер Осколков осенью 1932 г. написал заявление об уходе, заметив, что дешевле купить каждому десятому москвичу автомобиль, чем построить метро. Тогда люди могли бы реально ездить, в то время как при теперешних темпах проектирования и производства работ неизвестно, когда же метрополитен вступит в строй.

Помимо волокиты из-за дискуссии о способе строительства явно не на высоте были организация и снабжение стройки: Ротерт. обустраивал трассу, как на обычной железной дороге, т. е. с разделением на пять участков, на каждом своя администрация с обширным аппаратом. Участки делились на дистанции, дистанции — на шахты, так что между начальником Метростроя и рабочим на стройплощадке находились четыре административные инстанции. Получили развитие параллелизм в руководстве и безответственность. Участки стали рассадником мелких строительных начальников. В июле 1932 г. на стройке было занято 5299 рабочих и инженерно-технических служащих, которым противостояла раздутая армия управленцев в количестве 2217 чел.

В декабре 1932 г. впервые был подсчитан объем предстоящих и осуществленных работ, а также составлена смета потребности в рабочей силе, материалах, деньгах и транспортных средствах. Количественные параметры, только теперь появившиеся на свет, застали руководство Метростроя врасплох и вынудили самым серьезным образом взяться за строительство. Уже нельзя было рассчитывать на то, чтобы до конца 1935 г. сдать в эксплуатацию требуемые 58 км путей, как надеялись еще в июле 1932 г.

Тот образ действий, которому в 1931/32 г. следовали строители московского метро, не был единичным случаем. Множество новостроек первой пятилетки было заложено до разработки планов строительства. Когда план оказывался наконец завершен, все приходилось менять или даже начинать заново. В конце 1934 г. правительство запретило приступать к строительству до тех пор, пока не будут утверждены план и механизм финансирования стройки. Проблема эта, очевидно, так и не была изжита, поскольку даже в 1936 г. в прессе продолжали клеймить такого рода недостатки.

После провальных попыток начать стройку и бесконечных дискуссий в 1933 г. было принято несколько важных решений, на основе которых впервые смогли приступить к планомерным строительным работам. В декабре 1932 г. Каганович вызвал к себе руководство Метростроя, начальников участков, шахт и дистанций, а также секретарей парторганизаций с отчетом о проделанной работе. Он потребовал от них прекратить дискуссию о способах строительства и назвать реальные сроки сдачи участков в эксплуатацию.

Резолюция московского городского и областного комитета партии «О ходе работ по строительству метрополитена», принятая 28 февраля 1933 г. совместно с президиумом Моссовета, обозначила переход ко второй, более эффективной фазе строительства. Руководству Метро-строя поручалось на основе принципа единоначалия ввести строжайшую дисциплину в управленческом аппарате и на строительных объектах, а также представить к 1 марта 1933 г. технический проект. Были одобрены предложенные Метростроем календарные планы работ по отдельным участкам. Что же касается способа строительства, то в резолюции молчаливо пересматривалось решение Политбюро от 23 мая 1932 г. Партия поддалась давлению аргументов Ротерта и для участков Сокольники — Красные ворота и Дворец Советов — Крымская пл. признала целесообразным открытый способ строительства. На трассе же Красные ворота — Смоленская пл. предусматривался закрытый способ. Сверх всего прочего Метрострой обязывался реорганизовать свой аппарат, сократив к 1 марта 1933 г. штат управленцев на треть.

В дополнительной резолюции перечислялись конкретные меры: руководители строительства отныне должны минимум половину своего рабочего времени проводить непосредственно на объекте, а не в конторе. От начальников требовалось полностью использовать предоставленные им административные права, не разводя «мелкобуржуазный демократизм». Ротерту приказали в течение месяца представить план механизации работ. В качестве стимулирующего фактора для рабочих вводилась сдельная оплата, причем рабочим, занятым в шахте, устанавливалась оплата на 25% выше по сравнению с обычным уровнем зарплаты в строительной отрасли. Руководство Метростроя и профсоюзный комитет обязывались организовать техническое обучение рабочих. Каждый принимаемый на шахту рабочий обязан был впредь пройти курс обучения, необходимый для усвоения «технического минимума». Партийному комитету Метростроя поручалось проверить распределение коммунистов и комсомольцев в шахтах и позаботиться о том, чтобы в каждой рабочей смене имелось твердое ядро коммунистов и комсомольцев, способное вести за собой остальных рабочих. Московская организация комсомола должна была с этой целью мобилизовать на строительство метро 1 тысячу комсомольцев московских предприятий. Перед Моссоветом была поставлена задача улучшения условий жизни метростроевцев. Для придания постановлению местных партийных органов большего веса оно было представлено на утверждение Центральному комитету ВКП(б).