В январе 1932 г. Политбюро и Совнарком утвердили объем строительных работ и установили срок пуска упомянутых линий протяженностью 58,4 км — до конца 1935 г. Срок завершения технического проекта был продлен до начала мая 1932 г. Госплану поручалось заготовить необходимые стройматериалы. К разработке проекта и производству строительных работ намечалось привлечь иностранных специалистов.

12 февраля 1932 г. на опытном участке произошла авария: при проходке неожиданно натолкнулись на грунтовые воды, что привело к понижению их уровня. В результате на соседних зданиях появились трещины, лопнула труба водопровода, снабжавшего близлежащую фабрику минеральных вод, шахту полностью залило водой, а фабрика остановилась. Шахта оказалась потеряна, нужно было закладывать новую на другом месте. При расследовании аварии было установлено, что в этой местности раньше было много прудов, засыпанных в XIX в., некоторые сохранившиеся подземные водные потоки пересекли трассу метро, и было признано необходимым считаться с подобными неожиданностями и в будущем. Геологическое бурение производилось с частотой 50 м, и никто не мог с уверенностью сказать, каково состояние грунта между двумя скважинами.

Проблемы с опытным участком строительства закрытым способом усугубляла позиция Ротерта, отдававшего предпочтение берлинскому методу прокладки метро открытым способом или в перекрытом сверху котловане. Этот метод облегчал развертывание широкого фронта работ и к тому же в высоком темпе, не требовал квалифицированных рабочих для прокладки тоннелей и позволял без крупных затрат провести наружную гидроизоляцию. Впрочем, пришлось бы перенести некоторые коммунальные линии, пересекавшие трассу метро. Парижский метод Ротерт. считал непригодным и опасным из-за неблагоприятных геологических условий. Щитовой способ прокладки тоннелей, практиковавшийся в Англии и Америке, хотя и облегчал проходку в водоносных слоях, но технически был весьма сложен и требовал импорта дорогостоящего оборудования.

Пока не был готов проект, нельзя было приступить и к эффективному строительству. Наряду с опытным участком велись также работы открытым способом, но деятельность Метростроя концентрировалась пока на проектировании и возведении складов, гаражей, мастерских, вспомогательных предприятий и жилья для рабочих. Следовало обеспечить стройку электроэнергией; в радиусе 150 км от Москвы Метрострой приобретал прежние или заводил новые каменоломни и песчаные карьеры.

Фаза проектирования затянулась до начала 1932 г., когда между инженерами Метростроя вспыхнула полемика о способе строительства. Молодой инженер Технического отдела В. Л. Маковский выразил несогласие с решением о строительстве открытым способом и предложил руководству Метростроя прокладывать линии по американскому образцу на большой глубине щитовым методом. Его предложение не встретило одобрения других инженеров. Большинство стояло на стороне Ротерта, меньшая часть поддерживала профессора Розанова, склоняясь к парижскому способу.

Маковский, который не был ни членом парии, ни комсомольцем, обратился, минуя непосредственное начальство, к городскому комитету ВКП(б) и смог увлечь своей идеей Хрущева. 1 марта 1932 г. в «Правде» вышла статья Маковского, вызвавшая оживленную дискуссию. Автор отстаивал щитовой метод проходки тоннелей на глубине 20-30 м, где, по данным геологических изысканий, находились стабильные слои осадочных пород юрского периода[42], и облицовку тоннелей железобетонными тюбингами[43]. Против берлинского способа он, в частности, приводил аргумент, что тот требует громадной работы по перемещению городских коммуникаций, необходимо перекрывать уличное движение, зимой обогревать строительные котлованы, и к тому же линии метро будут связаны с направлением существующих улиц. Парижский метод из-за неблагоприятных условий залегания грунтов в Москве Маковский считал слишком опасным.

В Метрострое Маковский оказался в полной изоляции. Спустя несколько дней после выхода статьи, остальные инженеры приняли резолюцию, в которой отвергли предложение Маковского как нецелесообразное. Пробы грунта обнаружили, что отложения юрского периода имелись не на всем протяжении трасс метро и были слишком тонки для прокладки тоннелей. С технической точки зрения признавалась возможной прокладка тоннеля щитовым способом только на участке под Мясницкой ул. и Каланчевской пл. общей длиной 2 км. Помимо всего прочего, щитовое оборудование надо заказывать за границей, что потребует расхода валюты и на год затянет сдачу линии в эксплуатацию. Приводились и принципиальные возражение против тоннелей глубокого залегания: пример Лондонского метро показал, что на станциях, расположенных глубоко под землей, пассажиры вынуждены терять много времени для подъема и спуска на лифтах и эскалаторах. В Москве стремились не повторить этой ошибки.

Московский горком партии, однако, воспринял аргументы Маковского положительно. Каганович и Хрущев придавали большое значение тому, чтобы строительные работы как можно меньше сказались на жизни города и движении транспорта в Москве. Щитовая проходка на большой глубине являлась единственным методом, который отвечал этому требованию. Маковского поддерживал и ряд ученых, например проф. Пассек из Ленинградского института инженеров транспорта, который работал в Метрострое в качестве консультанта.

В середине апреля в Московском горкоме партии состоялось совещание по поводу метода строительства, созванное Кагановичем и Хрущевым. Маковский и Пассек изложили свою позицию и были поддержаны Хрущевым. Ротерт., Шелюбский и другие инженеры отстаивали проект строительства по берлинскому способу, который находился в завершающей стадии. Ротерт. полемизировал ангажированно и остро, назвав тех, кто требовал подготовки нового проекта, «могильщиками» и «вредителями». Отказ от прежних планов, на его взгляд, означал бы позор на весь мир.

Ввиду расхождений между отечественными проектантами Политбюро в конце апреля постановило привлечь для консультаций специалистов из Англии, Франции, Америки и Германии, выделив на эти расходы 50 тыс. долларов США. 1 мая 1932 г. Метрострой представил технический проект сооружения первой очереди метро по берлинскому способу. Однако 9 мая 1932 г. от Московского горкома партии последовало поручение Метрострою в течение недели разработать альтернативный эскизный проект прокладки линий глубокого залегания, что было выполнено в срок с напряжением всех сил.

20 мая 1932 г. горком партии отдал распоряжение Метрострою перестроить работу на принципах прокладки линий глубокого залегания и — не дожидаясь окончания разработки проекта — начать строительство на отдельных, хорошо обследованных участках. Поскольку же Ротерт. продолжал настаивать на прежнем проекте, в дело вмешалось Политбюро. Сталин отверг довод Ротерта, что строительство метро закрытым способом обойдется чересчур дорого. Судить об этом — прерогатива правительства. 23 мая 1932 г. Политбюро постановило строить закрытым способом на большой глубине весь участок от Сокольников до пл. Свердлова (бывшей Театральной), а для решения по поводу других участков привлечь советских и иностранных экспертов. Одновременно Политбюро подчеркнуло, что Метрострой следует рассматривать как важнейшую государственную стройку, которую в первую очередь необходимо снабжать строительными материалами.