К концу мая советские части под командованием К.Е. Ворошилова, П.Е. Дыбенко, А.И. Егорова, М.К. Левандовского, А.Я. Пархоменко подавили восстание. Когда григорьевцы оказались под огнем пулеметов и пушек, боевой пыл их быстро угас. Тысячи повстанцев стали сдаваться при первом же приближении регулярных формирований Красной армии. Красноармейские части, поддержавшие Григорьева еще неделю назад, вернулись под «красное» командование. 19—20 мая григорьевцев выбили из Кременчуга, Черкасс, Кривого Рога. 21 мая войска атамана были разбиты под Киевом. 22 мая красные взяли Александрию — центр восставших, 23 мая — Знаменку, 26—31 мая части одесского направления вытеснили Григорьева из Николаева, Очакова, Херсона. В боях повстанцы понесли большие потери. Большинство григорьевцев разбежалось по домам. Остатки разбитых сил скрылись с оружием в степных селах и перешли к тактике партизанской войны. Тютюнник увел свой отряд на соединение с силами Петлюры (позднее он стал командиром 4-й киевской дивизии петлюровской армии).

Остатки повстанцев были локализованы в степных районах Херсонщины. Силами трех советских войсковых групп район восстания был окружен. Однако ликвидация повстанцев приняла длительный характер и потребовала значительного расхода сил и средств. Так, в начале июня на правом берегу Днепра кроме курсантских и специальных частей борьбу с последствиями григорьевского мятежа вели полевые войска численностью до 7000 штыков, а на левом берегу Днепра отряды, выполнявшие то же назначение, достигали 7024 штыков, 13 орудий, 600 сабель {2: 99}.

Атаман Григорьев скрывался на степных хуторах. В июне 1919 г. у него осталось чуть более трех тысяч. Главный отряд Григорьева совершал налеты на Александрию, перерезав основные железнодорожные пути с юга Украины на север. Григорьевцы захватили в это время значительное количество ценностей и военного имущества, нападая на эшелоны, которые шли из Крыма и Причерноморья. В Приднепровье бывшим григорьевским атаманам (Чайковский, Орлик, Сагайдачный) удавалось захватывать на короткое время города Борислав, Каховку, Никополь, станцию Долинская.

В июле 1919 г. в район, контролируемый григорьевскими повстанцами, пришли отряды батьки Махно. Махно встретился с Григорьевым и предложил ему военный союз против «белых и красных». Военные силы были объединены. Махно стал главой Повстанческого совета, Григорьев — командующим войсками, брат Махно Григорий — начальником объединенного штаба. Однако Махно раздражало нежелание Григорьева бороться против «белых» и враждебное отношение к еврейскому населению. В результате атаман Григорьев был убит махновцами 27 июля 1919 г. в селе Сентово Александрийского уезда Херсонской губернии по подозрению в тайных связях с деникинцами и за еврейские погромы. Основная часть григорьевских повстанцев пополнила повстанческую армию Махно.

Григорьевщина рассматривалась большевистским руководством в одной плоскости с махновщиной. Подобное утверждение нельзя воспринимать иначе, как вполне осознанное создание очередного советского идеологического мифа, автором которого был Л.Д. Троцкий. Сами махновцы оценили «Универсал» атамана Григорьева как проповедь национализма, антисемитизма, национальной вражды между трудящимися {3: 105}. Григорьев был убит по приказу Махно его ближайшим окружением, причем произошло это уже после разрыва отношений Махно с советской властью (о свершившемся событии Махно телеграфировал в Москву).

Отношение махновского руководства к григорьевщине обосновал один из идеологов махновщины П. Аршинов. Он подчеркивал: движение, подобное григорьевщине, создавало угрозу свободе трудящихся и поэтому являлось таким же враждебным махновщине, как и большевизм. Махновщина не могла объединиться с отдельными антибольшевистскими выступлениями на том только основании, что сама махновщина выступала против большевизма. По образному описанию Аршинова, возник «новый хищник в лице атамана Григорьева, который, каркая народу о его бедствиях, труде и угнетении, несет на самом деле старый разбойничий порядок, при котором труд народа будет порабощен, бедствия его возрастут, неволя закрепится, права упадут» {3: 108, 109}.

В противовес утверждениям Троцкого, Аршинов обвинял коммунистическую власть в порождении самого явления григорьевщины. Суть его рассуждений сводилась к следующему. Большевики установили диктатуру своей партии, как партии государственной, для управления народом. В результате создалась ситуация, в которой трудовой народ попал под надзор и управление органов власти, чуждых трудящимся, применявших методы произвола и насилия. Диктатура партии коммунистов-большевиков породила в народной массе озлобление, протест и враждебное настроение к существующему порядку. Этим воспользовался в своей авантюре Григорьев. Григорьев — предатель революции и враг народа, но именно партия коммунистов-большевиков своей безответственной диктатурой создала в массах озлобление, которым он воспользовался (аналогично данным обстоятельством может воспользоваться другой авантюрист). Обличая в предательстве Григорьева, Аршинов одновременно настаивал на обвинении коммунистической партии за появление григорьевского движения {3: 111—112}. Махно боролся с националистами-самостийниками, выступал также против антисемитизма: он усвоил анархистское отрицание национальности как таковой и сплочение трудящихся на интернациональной основе. Одной из причин убийства окружением Махно атамана Григорьева явились антисемитские погромы.

Беспочвенны также попытки провести аналогию григорьевщины с мятежным выступлением в августе—сентябре 1919 г. комбрига Донского казачьего корпуса Филиппа Кузьмича Миронова, который предпринял поход из Саранска с отрядом численностью менее кавалерийского полка в расположение Южного фронта на борьбу с Деникиным (самовольный поступок Миронова являлся грубейшим нарушением воинской дисциплины в условиях военного времени). Авторство данной пропагандистской кампании опять же принадлежит председателю РВСР Троцкому, создавшему мифы об «известном полковнике Миронове» и «мироновщине». В газете «Правда» 21 сентября 1919 г. была опубликована статья Троцкого «Уроки мироновщины». «Полковник Миронов», по пропагандистской легенде Троцкого, совершил преступление: якобы установив тайные связи с Деникиным, поднял восстание против Советской власти. Мотивация его поступков объяснялась желанием стать донским наказным атаманом. Григорьев и Миронов, утверждал Троцкий, похожи как родные братья. Однако мятежное выступление Миронова не было по содержанию и форме антисоветским восстанием, подобным Григорьеву. Оно продемонстрировало неподчинение партийному руководству, создав прецедент крупного мятежа в регулярной части Красной армии.

Стратегические последствия восстания Григорьева отразились на положении красного Южного фронта. Советское военное командование рассчитывало к июню 1919 г. перебросить с Украинского фронта на Южный фронт дополнительно до 30 тыс. штыков, 3 тыс. сабель и 60 орудий {4: 147}. Однако восстание Григорьева вывело из строя Украинского фронта основную часть этих сил, значительная часть была брошена на подавление восстания Григорьева. Последствием восстания стало упразднение относительной военной автономии Советской Украины. В июне 1919 г. был ликвидирован Украинский фронт, отстранены командующий фронтом В.А. Антонов-Овсеенко и член РВС фронта Е.А. Щаденко, командующие трех украинских човетских армий — С.К. Мацилевский, А.Е. Скачко, Н.А. Худяков. Все три украинские советские армии были переформированы в обычные номерные стрелковые дивизии. Против повстанцев Григорьева большевики бросили все резервы, собранные не только для борьбы с Деникиным, но и для красного похода в Румынию и Венгрию. Плану прорыва с Востока навстречу красным венграм, словакам и немцам не суждено было сбыться.