7 мая 1919 г. комдив Григорьев получил приказ советского командования сосредоточиться вдоль реки Днестр, на румынской границе. Однако Григорьев отказался выполнить приказ о перемещении 6-й дивизии на Румынский фронт. Опираясь на недовольство крестьянства юга Украины продразверсткой, он поднял восстание в тылу Красной армии против большевистской диктатуры. Подражая гетманам эпохи Хмельницкого и Мазепы, 8 мая 1919 г. атаман выпустил знаменитый «Универсал» «К украинскому народу {Его начало}» — политический манифест мятежников, который всколыхнул в мае 1919 г. всю Украину: украинский народ призывался восстать против коммуны, чрезвычайки и комиссаров. Григорьев объявил мобилизацию в трехдневный срок всех, кто способен владеть оружием.

Повстанцы выдвинули лозунги: «Власть Советам народа Украины без коммунистов!», «Украина для украинцев!», «Свободная торговля хлебом!» Текст «Универсала» противопоставил партийную диктатуру диктатуре трудового народа «правам трудящегося люда». Крестьянство призывалось к немедленной организации народной власти. В каждом селе предлагалось выбрать крестьянский совет, в каждой волости — волостной совет, в каждой губернии — губернский совет. В совет имели право быть избранными представители всех партий на советской платформе, беспартийные, поддерживающие советскую власть. Устанавливалось национально-пропорциональное представительство в Советах: 80% для украинцев, 15% для русских, 5% для евреев. Высшим народным органом объявлялся Всеукраинский съезд Советов, назначающий правительство. Преступными деяниями определялись убийства без народного суда, мародерство, бесчинства, «вторжения в чужое хозяйство», незаконные реквизиции, агитация против отдельных национальностей, которые подлежали наказанию «на месте силой оружия». «Универсал», подписанный «атаманом партизан Херсонщины и Таврии» Н. Григорьевым, распространялся в частях 6-й стрелковой дивизии и среди населения Елизаветградщины. Идеологом григорьевского «Универсала» являлся Юрий Тютюнник. Высокопарные обращения к трудовому народу («народ украинский, от тебя зависит судьба твоя» и т.п.) и призывы к установлению народной власти на Украине в первые же дни восстания оказались опровергнуты на практике, а также в последующих «универсалах» атамана.

Невежество и антисемитизм Григорьева и его соратников воплотились в серии жестоких и кровавых еврейских погромов, в ходе которых погибло около 5 тыс. человек. Повстанцы, подогретые антисемитской пропагандой, срывали свою ненависть к диктатуре коммунистов на евреях, которых считали большевиками и виновниками всех своих несчастий. 15 мая в Елизаветграде было уничтожено более трех тысяч евреев; вчерашние красноармейцы убивали женщин, детей, стариков. Среди убитых был младший брат будущего руководителя Коминтерна Григория Зиновьева, местный анархист Миша Злой. Погром коснулся и так называемых «пришельцев с Севера» — русских, несколько сот которых были зверски убиты. Волна погромов прокатилась также по другим городам: Умани, Кременчугу, Черкассам, Екатеринославу. В очередном «универсале» Григорьев обрушился на «горбоносых комиссаров» и призвал грабить Одессу — город с большим еврейским населением — до тех пор, пока оно не станет маленьким.

По свидетельству очевидца событий Ивана Бунина, изложенному в «Окаянных днях», в мае 1919 г. григорьевщиной была охвачена почти вся Малороссия. Григорьевщина распространилась на большей территории Херсонской и Екатеринославской губерний.

9 мая Григорьев начал наступление из района Знаменка — Александрия по нескольким направлениям: на Екатеринослав (ныне Днепропетровск) двигалась группа начальника штаба Тютюнника, на Киев — во главе с командиром бригады Павловым, на Черкассы — во главе с казачьим атаманом Уваровым. Елизаветградом овладела группа под командованием атамана Горбенко. В городе были разогнаны Совет и ЧК, обезоружены воинские части, производились расстрелы коммунистов. Власть в уездном городе оказалась в руках григорьевского ревкома. Повстанцы захватили Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Елизаветград, Херсон, Николаев и другие города.

Первоначально военные силы повстанцев имели 16 тыс. штыков, 52 орудия, 7 бронепоездов и около 500 пулеметов. С развитием восстания количество повстанцев превысило 20 тыс. человек. В середине мая успех сопутствовал восставшим: их поддерживало крестьянство центра Украины и часть красноармейцев, преимущественно украинского происхождения. Перед крестьянами Григорьев выступал как защитник православной веры и украинского народа. Появилась реальная опасность перехода всех украинских советских армий на сторону Григорьева. В своем очередном «универсале» атаман поспешил объявить, что коммунисты уже разбиты на всех фронтах, а ленинское правительство бежит за границу через Полтавщину.

Восстание Григорьева произошло в период ожесточенных сражений красного Южного фронта с наступающими армиями Деникина— этим и объясняются первоначальные успехи атамана. Для борьбы с восстанием советскому военному командованию пришлось срочно высвобождать с фронта воинские части. 10 мая 1919 г. Григорьев был объявлен вне закона. 14 мая три группы советских войск общим количеством 30 тыс. солдат начали наступление из Киева, Полтавы и Одессы. 15 мая группа АЛ. Пархоменко отбила у григорьевцев Екатеринослав, причем город трижды переходил из рук в руки. 16 мая 1919 г. в бронированном поезде на Украину прибыл председатель РВСР Л.Д. Троцкий. Каждый десятый пленный повстанец был расстрелян.

Стремясь сохранить инициативу в своих руках, Григорьев использовал тактику «молниеносной эшелонной войны». Посадив большую часть своих войск в эшелоны, он двинул их на Полтаву, Киев, Екатеринослав. Однако «эшелонная война» выявила роковую для атамана перспективу: вооруженная сила повстанцев распылилась без определения направления главного удара, растворилась в огромном пространстве Украины. Повстанцы наводнили огромный регион от Днестра до Днепра, от Черного моря до окрестностей Киева. Григорьев переоценил собственные возможности стратега и политика. Он оказался бездарным полководцем и политиком, не сумевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий. Через пять дней его наступление выдохлось. Среди повстанцев Григорьева нарастал процесс внутреннего разложения.

Мятежный атаман рассчитывал объединить действия своих отрядов с выступлениями других украинских атаманов, в первую очередь батьки Махно и атамана Зеленого. Надеясь на поддержку поднявшего в марте 1919 г. восстание Зеленого (Терпило), Григорьев рассчитывал захватить юг Киевской губернии. Однако к 8 мая атаман Зеленый был разбит советскими войсками. Нестор Махно пользовался большой популярностью в украинских советских армиях. В мае 1919 г. он еще воевал на стороне красных в составе 3-й украинской советской армии, но отношения между ним и большевиками находились на грани разрыва.

Однако Запорожью угрожали белогвардейцы — Махно все свои силы бросил против наступавших белых. Он заявил, что «распри» Григорьева с большевиками из-за власти не могут заставить открыть фронт для белогвардейцев. Махно не поддержал восстание и занял выжидательную позицию. В заявлении советскому правительству он сообщил, что у него нет точных данных о целях восставших, поэтому первоначально воздержался от выпуска воззвания против Григорьева «до получения ясных данных». 18 мая 1919 г. махновская комиссия посетила район восстания и сообщила комбригу, что григорьевцы громят и убивают евреев. После этого сообщения Махно издал воззвание «Кто такой Григорьев?», где объявил атамана «разбойником», «контрреволюционером», «авантюристом», «провокатором-погромщиком». «Григорьев-щина пахнет петлюровщиной», — сделал заключение Махно.